New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 523911 | 75 (0.760) | 5 (0.060) | 5/130 | NT | 6.4% | coding (322/726 nt) | yfiC | tRNA1(Val) (adenine(37)‑N6)‑methyltransferase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 523926 | 85 (1.060) | coding (337/726 nt) | yfiC | tRNA1(Val) (adenine(37)‑N6)‑methyltransferase |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGA > USA300TCH1516_ALE/523838‑524016 | aTTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatact > 1:3096984‑M2/1‑86 (MQ=255) tttCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactt < 1:622346‑M2/91‑7 (MQ=255) tttCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactt > 1:143340‑M2/1‑85 (MQ=255) ttcaattcaaTGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatacttt < 1:1354804‑M2/91‑8 (MQ=255) attcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagta < 1:3719906‑M2/91‑12 (MQ=255) attcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagta > 1:3085909‑M2/1‑80 (MQ=255) ttcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaa < 1:626935‑M2/91‑13 (MQ=255) ttcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaa < 1:605219‑M2/91‑13 (MQ=255) ttcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaa < 1:4040213‑M2/91‑13 (MQ=255) caatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaacg < 1:1067498‑M2/91‑15 (MQ=255) caatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaacg > 1:2504740‑M2/1‑77 (MQ=255) atgatgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACgtg > 1:2469244/1‑91 (MQ=255) atgatgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACgtg > 1:2469430/1‑91 (MQ=255) atgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTaa > 1:2226919/1‑91 (MQ=255) tgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAAt > 1:735831/1‑91 (MQ=255) gTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATc > 1:2996114/1‑91 (MQ=255) ttGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATcc < 1:3259870/91‑1 (MQ=255) tgatgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCg < 1:2780517/91‑1 (MQ=255) tgatgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCg < 1:3877988/91‑1 (MQ=255) tgatgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCg < 1:3878165/91‑1 (MQ=255) gatgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGc > 1:4006012/1‑91 (MQ=255) gatgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGc > 1:1010326/1‑91 (MQ=255) atgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGcc < 1:169323/91‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 1:445910/91‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 1:3087924/91‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt > 1:1297046/1‑91 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 1:1399052/91‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 1:1671156/91‑1 (MQ=255) aaTATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTa < 1:1848909/91‑1 (MQ=255) atTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAttt < 1:2861829/91‑1 (MQ=255) atTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAttt > 1:888075/1‑91 (MQ=255) tttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTGACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAtttt < 1:3688328/91‑1 (MQ=255) ttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTa > 1:50675/1‑91 (MQ=255) tAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTaa > 1:327017/1‑91 (MQ=255) aaCAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTaaa > 1:40335/1‑91 (MQ=255) aaCAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTaaa < 1:1672198/91‑1 (MQ=255) aCAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAag < 1:3091813/91‑1 (MQ=255) aTGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAgaga < 1:175528/91‑1 (MQ=255) aTGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAgaga < 1:3138762/91‑1 (MQ=255) tGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGaa < 1:2473330/91‑1 (MQ=255) gCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTACAGTATTTAAACCTTCTCAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAAt > 1:2705323/1‑91 (MQ=255) gCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAAt > 1:1309265/1‑91 (MQ=255) gCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAAt < 1:3169951/91‑1 (MQ=255) cATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATc > 1:2276034/1‑91 (MQ=255) cATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATc > 1:2274730/1‑91 (MQ=255) tCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAg > 1:1916286/1‑91 (MQ=255) acaTGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCa < 1:1780202/91‑1 (MQ=255) aTGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAac < 1:2757699/91‑1 (MQ=255) gATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACAcc < 1:2771526/91‑1 (MQ=255) gATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACAcc > 1:3479196/1‑91 (MQ=255) tttGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCaa < 1:3834852/91‑1 (MQ=255) tGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACa < 1:2831368/91‑1 (MQ=255) gAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACAt < 1:3370626/91‑1 (MQ=255) gAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACAt < 1:1079284/91‑1 (MQ=255) aaaaaCGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATc > 1:600701/1‑91 (MQ=255) aCGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaaaa < 1:3780534/91‑1 (MQ=255) aCGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaaaa > 1:2565889/1‑91 (MQ=255) aCGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaaaa > 1:1201403/1‑91 (MQ=255) aCGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaaaa > 1:2565926/1‑91 (MQ=255) cGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattg < 1:1002796‑M2/91‑63 (MQ=255) cGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCaaaaa < 1:2145639/91‑1 (MQ=255) gTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaag > 1:3160395/1‑91 (MQ=255) ttACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaaga > 1:4008644/1‑91 (MQ=255) aCTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaagaag > 1:2139034/1‑91 (MQ=255) aCTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaagaag > 1:2138827/1‑91 (MQ=255) cTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaattg < 1:2124480‑M2/91‑68 (MQ=255) cTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGc > 1:4001128/1‑91 (MQ=255) cTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGc > 1:700618/1‑91 (MQ=255) aaGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGcaca < 1:899411/91‑1 (MQ=255) aaGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGcaca < 1:157886/91‑1 (MQ=255) aGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACAt < 1:1295049/91‑1 (MQ=255) gTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaacgttttacaaatccatgtgatgcattgataaattctcatcaacttctttgacttgaaatg < 1:1298623‑M2/91‑73 (MQ=255) gTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATa > 1:3612494/1‑91 (MQ=255) ttAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGAt > 1:1293645/1‑91 (MQ=255) tAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATa > 1:1846947/1‑91 (MQ=255) tAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATa > 1:463681/1‑91 (MQ=255) aaaCCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAg < 1:1295973/91‑1 (MQ=255) aCCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCg > 1:1727505/1‑91 (MQ=255) ttCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACAAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCgaga > 1:3528068/1‑91 (MQ=255) tCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGAc > 1:2981393/1‑91 (MQ=255) tCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGAc > 1:2981392/1‑91 (MQ=255) tCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGAc > 1:369913/1‑91 (MQ=255) tCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGAc > 1:1606113/1‑91 (MQ=255) cacaATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACa > 1:1359758/1‑91 (MQ=255) cacaATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACa < 1:4006166/91‑1 (MQ=255) cacaATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACa > 1:2874475/1‑91 (MQ=255) cacaATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACa > 1:660483/1‑91 (MQ=255) cacaATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACa < 1:2358755/91‑1 (MQ=255) cacaATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACa > 1:1087230/1‑91 (MQ=255) acaATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACAt > 1:1040264/1‑91 (MQ=255) caATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATg > 1:3124400/1‑91 (MQ=255) caATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATg > 1:3124322/1‑91 (MQ=255) aaTATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATga > 1:511955/1‑91 (MQ=255) aaTATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATga > 1:2670480/1‑91 (MQ=255) aaTATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATga < 1:4131084/91‑1 (MQ=255) aaTATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATga > 1:2672507/1‑91 (MQ=255) aaTATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATga > 1:1423522/1‑91 (MQ=255) atatACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATgag > 1:2232028/1‑91 (MQ=255) tataCTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATgaga > 1:201568/1‑91 (MQ=255) tataCTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATgaga > 1:2969668/1‑91 (MQ=255) | CACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGATAGCGAGACATGAGA > USA300TCH1516_ALE/523838‑524016 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |