New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE 598774 =116 (1.180)7 (0.080) 8/146 NT 6.6% coding (1135/1176 nt) yxeP_2 putative hydrolase YxeP
?USA300TCH1516_ALE 598797 = 93 (1.040)coding (1112/1176 nt) yxeP_2 putative hydrolase YxeP

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TTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTACC  >  USA300TCH1516_ALE/598684‑598864
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  tCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTaaaa                                                                                           >  1:3809593/1‑91 (MQ=255)
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                                                                             tCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCtt               <  1:3215366/91‑1 (MQ=255)
                                                                              cTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCttt              <  1:2431856/91‑1 (MQ=255)
                                                                               tATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTa             <  1:229898/91‑1 (MQ=255)
                                                                                aaaaatcattAAAATAC‑GCTGTAGCTGTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTAc            <  1:624875‑M1/81‑1 (MQ=255)
                                                                                aTGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTAc            >  1:3007368/1‑91 (MQ=255)
                                                                                 tGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACt           <  1:451769/91‑1 (MQ=255)
                                                                                  gATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACtt          <  1:1298028/91‑1 (MQ=255)
                                                                                  gATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACtt          <  1:1229082/91‑1 (MQ=255)
                                                                                    tttttAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTc        >  1:3155065/1‑91 (MQ=255)
                                                                                    tttttAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTc        >  1:3154022/1‑91 (MQ=255)
                                                                                     ttttAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCCATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCa       >  1:3399443/1‑91 (MQ=255)
                                                                                     ttttAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCa       >  1:2384065/1‑91 (MQ=255)
                                                                                      cattAAAATAC‑GCTGTAGCTGTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCAt      <  1:588768‑M1/87‑1 (MQ=255)
                                                                                       ttAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCAtt     <  1:458048/91‑1 (MQ=255)
                                                                                        tAAAAAGACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTa    >  1:3226263/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          AAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTAcc  >  1:2793748‑M1/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          |                                                                                           
TTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTACC  >  USA300TCH1516_ALE/598684‑598864

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.