BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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CATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTACCACAACCAGTCAGAAAGAATGCA  >  USA300TCH1516_ALE/598708‑598886

taatgaaagtaaaggtattacagcgccacaccataatcccaaatttgatattgatgaaaaatcattAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTaa                                                                                          >  1:2232756‑M1/67‑91 (MQ=255)

cATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTaa                                                                                          >  1:2204091/1‑91 (MQ=255)

cATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTaa                                                                                          <  1:562215/91‑1 (MQ=255)

  tatCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATg                                                                                        <  1:1923468/91‑1 (MQ=255)

  tatCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATg                                                                                        <  1:3994060/91‑1 (MQ=255)

  tatCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATg                                                                                        <  1:2613185/91‑1 (MQ=255)

  tatCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATg                                                                                        <  1:1245393/91‑1 (MQ=255)

  tatCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATg                                                                                        <  1:1245408/91‑1 (MQ=255)

   atgaaagtaaaggtattacagcgccacaccataatcccaaatttgatattgatgaaaaatcattaaaatacagctacagcgtattttAATg                                                                                        <  1:588768‑M2/4‑1 (MQ=255)

   atCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGa                                                                                       >  1:651739/1‑91 (MQ=255)

   atCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGa                                                                                       >  1:650775/1‑91 (MQ=255)

   atCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGa                                                                                       <  1:2258133/91‑1 (MQ=255)

   anCTTTCAANTAATTTNAATNCTTAATTTGTTTTAAANACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGa                                                                                       <  1:2258024/91‑1 (MQ=255)

     cTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGAtt                                                                                     <  1:3132761/91‑1 (MQ=255)

     cTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGAtt                                                                                     >  1:2847383/1‑91 (MQ=255)

      tttCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGAttt                                                                                    >  1:1418724/1‑91 (MQ=255)

         cAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTtc                                                                                 <  1:3523646/91‑1 (MQ=255)

          aattaattTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTtca                                                                                >  1:1742827/1‑91 (MQ=255)

          aattaattTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTtca                                                                                <  1:849603/91‑1 (MQ=255)

               attTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAat                                                                           <  1:1653471/91‑1 (MQ=255)

               attTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAat                                                                           <  1:2806741/91‑1 (MQ=255)

                tttAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAata                                                                          <  1:2488360/91‑1 (MQ=255)

                tttAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAata                                                                          <  1:764201/91‑1 (MQ=255)

                tttAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAata                                                                          <  1:388336/91‑1 (MQ=255)

                 ttAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAatat                                                                         <  1:1076899/91‑1 (MQ=255)

                 ttAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAatat                                                                         >  1:803337/1‑91 (MQ=255)

                 attacagcgccacaccataatcccaaatttgatattgatgaaaaatcattaaaatacagctacagcgtattttAATGATTTTTCATCAata                                                                          <  1:4009675‑M2/18‑1 (MQ=255)

                   aaaTGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCa                                                                       >  1:1757885/1‑91 (MQ=255)

                    aaTGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCaa                                                                      >  1:817293/1‑91 (MQ=255)

                     aTGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCaaa                                                                     <  1:2685086/91‑1 (MQ=255)

                     aTGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCaaa                                                                     >  1:2546486/1‑91 (MQ=255)

                     aTGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCaaa                                                                     >  1:323460/1‑91 (MQ=255)

                     aTGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCaaa                                                                     >  1:2370564/1‑91 (MQ=255)

                     aTGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCaaa                                                                     >  1:2370524/1‑91 (MQ=255)

                       gCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAAtt                                                                   >  1:39978/1‑91 (MQ=255)

                       gCTTAATTTGTGTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAAtt                                                                   <  1:3759309/91‑1 (MQ=255)

                        cTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAAttt                                                                  <  1:1321390/91‑1 (MQ=255)

                        cTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAAttt                                                                  <  1:2583104/91‑1 (MQ=255)

                          tAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTgg                                                                >  1:4101602/1‑91 (MQ=255)

                          tAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTgg                                                                <  1:2929150/91‑1 (MQ=255)

                               tGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTa                                                           >  1:4012043/1‑91 (MQ=255)

                               cataatcccaaatttgatattgatgaaaaatcattAAAATAC‑GCTGTAGCTGTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTa                                                           <  1:217834‑M1/56‑1 (MQ=255)

                                  tttAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATgg                                                        <  1:376909/91‑1 (MQ=255)

                                    tAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGgtg                                                      <  1:1292165/91‑1 (MQ=255)

                                     aaaTACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGgtgt                                                     >  1:4087338/1‑91 (MQ=255)

                                     aaaTACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGgtgt                                                     <  1:1997035/91‑1 (MQ=255)

                                      aaTACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGtgtg                                                    <  1:758171/91‑1 (MQ=255)

                                      aaTACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGtgtg                                                    <  1:758201/91‑1 (MQ=255)

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                                                ctAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAAt                                          >  1:2031266/1‑91 (MQ=255)

                                                   aTTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATAcc                                       <  1:2955970/91‑1 (MQ=255)

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                                                   aTTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGGAATAcc                                       <  1:3703116/91‑1 (MQ=255)

                                                     tCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCtt                                     <  1:3215366/91‑1 (MQ=255)

                                                      cTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCttt                                    <  1:2431856/91‑1 (MQ=255)

                                                       tATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTa                                   <  1:3334279/91‑1 (MQ=255)

                                                       tATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTa                                   <  1:229898/91‑1 (MQ=255)

                                                        aaaaatcattAAAATAC‑GCTGTAGCTGTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTAc                                  <  1:624875‑M1/81‑1 (MQ=255)

                                                         tGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACt                                 <  1:451769/91‑1 (MQ=255)

                                                         tGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACt                                 >  1:3557068/1‑91 (MQ=255)

                                                          gATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACtt                                <  1:1205062/91‑1 (MQ=255)

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                                                            tttttAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTc                              >  1:3154056/1‑91 (MQ=255)

                                                            tttttAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTc                              >  1:3155065/1‑91 (MQ=255)

                                                             ttttAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCCATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCa                             >  1:3399443/1‑91 (MQ=255)

                                                              cattAAAATAC‑GCTGTAGCTGTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCAt                            <  1:588768‑M1/87‑1 (MQ=255)

                                                               ttAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCAtt                           >  1:1366128/1‑91 (MQ=255)

                                                               ttAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCAtt                           >  1:2218129/1‑91 (MQ=255)

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                                                                   AAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTACca                       >  1:1823949‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                   AAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTACca                       >  1:3030754‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                    AATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTACcac                      >  1:1843769‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                     ATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTACcaca                     <  1:1763164‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                      TACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTACCACaa                    >  1:3527205‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                      TACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTACCACaa                    <  1:3831610‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                       tacgctgtagctgtattttAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTACCACaa                    >  1:3082959‑M2/20‑91 (MQ=255)

                                                                       ACAGCTACAGC‑GTATTTGAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTACCACAAc                   >  1:3554455‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                          gctacagc‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTACCACAACCAg                >  1:1125585/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ctacagc‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTACCACAACCAGt               >  1:2397478/1‑91 (MQ=255)

                                                                               agc‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAGATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTGATACCTTTACTTTCATTACCACAACCAGTCaga           <  1:3310013/91‑1 (MQ=255)

                                                                                 c‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTACCACAACCAGTCagaaa         >  1:2823938/1‑91 (MQ=255)

                                                                                    tattttAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTACCACAACCAGTCagaaaga       <  1:1407595‑M2/85‑1 (MQ=255)

                                                                                      ttttAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCATTACTTTCATTACCACAACCAGTCAGAAAGAAt     >  1:3402890‑M2/5‑91 (MQ=255)

                                                                                         tAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTACCACAACCAGTCAGAAAGAATGCa  >  1:2472890‑M2/2‑91 (MQ=255)

CATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAATTTGTTTTAAATACTTGCTCTAATTCTATGATTTTTAAAAATACAGCTACAGC‑GTATTTTAATGATTTTTCATCAATATCAAATTTGGGATTATGGTGTGGCGCTGTAATACCTTTACTTTCATTACCACAACCAGTCAGAAAGAATGCA  >  USA300TCH1516_ALE/598708‑598886

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.