| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 681141 | 93 (0.950) | 5 (0.060) | 4/136 | NT | 5.1% | coding (351/354 nt) | USA300TCH1516_00615 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 681169 | 107 (1.280) | coding (323/354 nt) | USA300TCH1516_00615 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TTTTTAGATTATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTA > USA300TCH1516_ALE/681052‑681231 | ttAGATTATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGa > 1:2181082/1‑91 (MQ=255) tAGATTATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGAc < 1:2301916/91‑1 (MQ=255) tAGATTATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGAc < 1:2468406/91‑1 (MQ=255) tAGATTATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGAc < 1:1479606/91‑1 (MQ=255) gATTATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACgg > 1:672897/1‑91 (MQ=255) gATTATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACgg > 1:2347501/1‑91 (MQ=255) gATTATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACgg > 1:2427126/1‑91 (MQ=255) tATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGtt < 1:2987439/91‑1 (MQ=255) aTGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCGTTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTc > 1:490195/1‑91 (MQ=255) aTGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTc > 1:489490/1‑91 (MQ=255) tGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCg < 1:2104327/91‑1 (MQ=255) ttttACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGcc < 1:247936/91‑1 (MQ=255) acatacaAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTcac < 1:399307/91‑1 (MQ=255) acatacaAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTcac < 1:1552100/91‑1 (MQ=255) catacaAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTcaca > 1:2561573/1‑91 (MQ=255) catacaAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTcaca > 1:816586/1‑91 (MQ=255) catacaAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTcaca < 1:1403850/91‑1 (MQ=255) atacaAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTcacac < 1:3990405/91‑1 (MQ=255) atacaAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTcacac < 1:1865322/91‑1 (MQ=255) tacaAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTcacaca < 1:1532091/91‑1 (MQ=255) acaAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAg < 1:101121/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTc < 1:3249524/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCAt < 1:130767/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCAt < 1:1037344/91‑1 (MQ=255) tttATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAAatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaatt < 1:1991680‑M1/91‑31 (MQ=255) tATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATttaa < 1:1560641‑M2/91‑5 (MQ=255) aTTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCACTTAGATTAACCTATATTAATTGACGCGTTCGTGCGTCACACAGTCATttgat < 1:2786234‑M2/91‑6 (MQ=255) tCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATttaatat < 1:3043308‑M2/91‑8 (MQ=255) tCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATttaatat < 1:3720475‑M2/91‑8 (MQ=255) tCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATttaatat < 1:734246‑M2/91‑8 (MQ=255) cGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATttaatata < 1:3159589‑M2/91‑9 (MQ=255) gtcatgtccgTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAAatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatatag < 1:3726793‑M1/91‑38 (MQ=255) cctgtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAAatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggt < 1:2207554‑M1/91‑40 (MQ=255) cctgtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAAatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggt < 1:602789‑M1/91‑40 (MQ=255) cctgtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATttaatataggt < 1:1369266‑M2/91‑12 (MQ=255) ctgtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAAatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggtt < 1:3919292‑M1/91‑41 (MQ=255) gtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTca < 1:3287345/91‑1 (MQ=255) gtcctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTca < 1:1752934/91‑1 (MQ=255) cctTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTcaca < 1:156374/91‑1 (MQ=255) tCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAAtt < 1:4006878/91‑1 (MQ=255) tCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCGTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAAtt < 1:3871504/91‑1 (MQ=255) ccGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAAttt < 1:4057878/91‑1 (MQ=255) ccGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAAttt < 1:2429097/91‑1 (MQ=255) cgcgCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAAtttt > 1:884650/1‑91 (MQ=255) cgcTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTtgt > 1:2411465/1‑91 (MQ=255) gcTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTtgtg < 1:183547/91‑1 (MQ=255) tCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTtgtgtg < 1:1917570/91‑1 (MQ=255) tCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTtgtgtg < 1:977566/91‑1 (MQ=255) cATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGc > 1:2036696/1‑91 (MQ=255) cATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGc < 1:52524/91‑1 (MQ=255) cATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGc > 1:71196/1‑91 (MQ=255) cATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTAACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGc < 1:3484972/91‑1 (MQ=255) aTTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCt < 1:3088091/91‑1 (MQ=255) aTTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCt < 1:3088169/91‑1 (MQ=255) ttGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCtt > 1:662441/1‑91 (MQ=255) tGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTa > 1:2151563/1‑91 (MQ=255) gTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTAc > 1:3169106/1‑91 (MQ=255) gTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTAc < 1:3490795/91‑1 (MQ=255) gTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTAc > 1:3168911/1‑91 (MQ=255) aaaCCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGTTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACAt < 1:187833/91‑1 (MQ=255) aaCCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATg < 1:1475343/91‑1 (MQ=255) aCCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATgg < 1:460735/91‑1 (MQ=255) aTTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTAc > 1:3341622/1‑91 (MQ=255) aTTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTAc > 1:3676428/1‑91 (MQ=255) aTTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTAc < 1:3924704/91‑1 (MQ=255) ttCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCCTTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACt > 1:1270220/1‑91 (MQ=255) cGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACttt > 1:2661217/1‑91 (MQ=255) cTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAg < 1:2696520/91‑1 (MQ=255) cTTAGATTAACCTATATTAATCGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAg > 1:3242048/1‑91 (MQ=255) ttAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGc > 1:531476/1‑91 (MQ=255) ttAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGc < 1:1224978/91‑1 (MQ=255) ttAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGc < 1:558110/91‑1 (MQ=255) aGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCAt > 1:4048606/1‑91 (MQ=255) tAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTcc < 1:2961888/91‑1 (MQ=255) tAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTcc < 1:2961937/91‑1 (MQ=255) aaCCTATATTAAatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttaatctaagcgaatggtttacaatgagcgcggaaggacag > 1:683318‑M1/1‑12 (MQ=255) aaCCTATATTAAatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttaatctaagcgaatggtttacaatgagcgcggaaggacag > 1:2188274‑M1/1‑12 (MQ=255) aaCCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATttaatataggttaatctaagcgaatggtttacaatgagcgcggaaggacag < 1:3919292‑M2/91‑52 (MQ=255) aaCCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACCATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCt > 1:758614/1‑91 (MQ=255) aCCTATATTAAatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttaatctaagcgaatggtttacaatgagcgcggaaggacagg < 1:1369266‑M1/91‑81 (MQ=255) aCCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATttaatataggttaatctaagcgaatggtttacaatgagcgcggaaggacagg < 1:602789‑M2/91‑53 (MQ=255) aCCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATttaatataggttaatctaagcgaatggtttacaatgagcgcggaaggacagg < 1:2207554‑M2/91‑53 (MQ=255) aCCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTc > 1:3115858/1‑91 (MQ=255) cTATATTAAatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttaatctaagcgaatggtttacaatgagcgcggaaggacaggac < 1:3893931‑M1/91‑83 (MQ=255) cTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCAc < 1:1406279/91‑1 (MQ=255) tataTTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACt > 1:2985203/1‑91 (MQ=255) tataTTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACt < 1:289926/91‑1 (MQ=255) atatTAAatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttaatctaagcgaatggtttacaatgagcgcggaaggacaggacga < 1:3720475‑M1/91‑85 (MQ=255) atatTAAatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttaatctaagcgaatggtttacaatgagcgcggaaggacaggacga < 1:3720344‑M1/91‑85 (MQ=255) atatTAAatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttaatctaagcgaatggtttacaatgagcgcggaaggacaggacga < 1:3043308‑M1/91‑85 (MQ=255) atatTAAatgacagtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttaatctaagcgaatggtttacaatgagcgcggaaggacaggacga < 1:854499‑M1/91‑85 (MQ=255) atatTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTc > 1:812699/1‑91 (MQ=255) tatTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCg > 1:1362206/1‑91 (MQ=255) atcaaatgactgtgtgacgcacgaacgcgtcaattaatataggttaatctaagtgaatggtttacaatgagcgcggaaggacaggacgaat < 1:2786234‑M1/88‑87 (MQ=255) atTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGa < 1:3453310/91‑1 (MQ=255) ttAAatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttaatctaagcgaatggtttacaatgagcgcggaaggacaggacgaata < 1:1560641‑M1/91‑88 (MQ=255) tAAatgactgtgtgaggcacgaacccgtcaattaatataggttaatctaagcgaatggtttacaatgagcgcggaaggacaggacgaataa > 1:1507539‑M1/1‑3 (MQ=255) aaTTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATttaatataggttaatctaagcgaatggtttacaatgagcgcggaaggacaggacgaataaa < 1:1991680‑M2/91‑62 (MQ=255) aaTTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGAttt < 1:707956/91‑1 (MQ=255) aaTTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGAttt < 1:507288/91‑1 (MQ=255) | TTTTTAGATTATGCATTTTACATACAAAATTTATTCGTCCTGTCCTTCCGCGCTCATTGTAAACCATTCGCTTAGATTAACCTATATTAATTGACGGGTTCGTGCCTCACACAGTCATTTAATATAGGTTCACAATTTTGTGTGCTTACATGGTACTTTAGCATTTCCTCACTCGATTTA > USA300TCH1516_ALE/681052‑681231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |