| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 705182 = | 102 (1.040) | 13 (0.150) | 6/142 | NT | 14.6% | intergenic (+932/+228) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 705222 = | 61 (0.700) | intergenic (+972/+188) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA | |||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
TCGCAGTTTAATCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGT > USA300TCH1516_ALE/705092‑705272 | cGCAGTTTAATCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAg < 1:2376964/91‑1 (MQ=34) cGCAGTTTAATCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAg < 1:2376947/91‑1 (MQ=34) cGCAGTTTAATCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAg > 1:1291577/1‑91 (MQ=34) aggctaatagtcccatatcgtgcgttaaatatatattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGa < 1:3124529‑M1/3‑1 (MQ=255) ggctaatagtcccatatcgtgcgttaaatatatattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGaa > 1:1439779‑M1/88‑91 (MQ=255) gctaatagtcccatatcgtgcgttaaatatatattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAAc > 1:505847‑M1/87‑91 (MQ=255) gctaatagtcccatatcgtgcgttaaatatatattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAAc > 1:507370‑M1/87‑91 (MQ=255) gTTTAATCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACt < 1:376303/91‑1 (MQ=34) tttAATCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACtt > 1:3082760/1‑91 (MQ=34) tttAATCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACtt < 1:2655330/91‑1 (MQ=34) ttAATCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTc < 1:3110372/91‑1 (MQ=34) ttAATCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTc < 1:3109532/91‑1 (MQ=34) aatagtcccatatcgtgcgttaaatatatattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAACTTc > 1:587545‑M1/84‑91 (MQ=255) aatagtcccatatcgtgcgttaaatatatattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAACTTc > 1:939824‑M1/84‑91 (MQ=255) aatagtcccatatcgtgcgttaaatatatattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAACTTc < 1:3683173‑M1/8‑1 (MQ=255) atagtcccatatcgtgcgttaaatatatattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAACTTCt < 1:3384586‑M1/9‑1 (MQ=255) aTCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAg > 1:3585707/1‑91 (MQ=34) tCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGc < 1:1024314/91‑1 (MQ=34) tCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGc < 1:1254620/91‑1 (MQ=34) cAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCt < 1:3007340/91‑1 (MQ=34) cAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCt > 1:1736465/1‑91 (MQ=34) aaaaCCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCtt < 1:1165433/91‑1 (MQ=34) aaaaCCACATAAAGCTTTTAACTTGACTTTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCtt < 1:1540058/91‑1 (MQ=16) aaaCCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCttt > 1:2081671/1‑91 (MQ=34) aaCCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCtttt > 1:2649112/1‑91 (MQ=33) aaCCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCtttt > 1:1759254/1‑91 (MQ=34) aaCCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCtttt > 1:1640648/1‑91 (MQ=34) aCCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTtc < 1:264261/91‑1 (MQ=34) ccACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTtct < 1:2152404/91‑1 (MQ=34) cacaTAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTtctc > 1:3608010/1‑91 (MQ=34) caTAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCtt < 1:2820883/91‑1 (MQ=34) caTAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCtt < 1:1153792/91‑1 (MQ=34) caTAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCtt > 1:977990/1‑91 (MQ=33) caTAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCtt > 1:980945/1‑91 (MQ=34) aTAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCttt > 1:2431916/1‑91 (MQ=34) aaaGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCg > 1:2638740/1‑91 (MQ=34) aGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCtttgaac < 1:1056525/91‑5 (MQ=18) tttAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCaaa < 1:1129267/91‑1 (MQ=34) 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aaCTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAagag > 1:641397/1‑91 (MQ=34) atattaccctcctattactatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGaa > 1:3556158‑M1/57‑91 (MQ=255) tattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAg > 1:2134040‑M1/56‑91 (MQ=255) tattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAg > 1:78945‑M1/56‑91 (MQ=255) tattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAg > 1:2134574‑M1/56‑91 (MQ=255) tattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAg > 1:3051124‑M1/56‑91 (MQ=255) ttACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGt < 1:2848613/91‑1 (MQ=34) attaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGt > 1:223974‑M1/55‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |