| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 705182 = | 102 (1.040) | 13 (0.150) | 6/142 | NT | 14.6% | intergenic (+932/+228) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 705222 = | 61 (0.700) | intergenic (+972/+188) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA | |||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTT > USA300TCH1516_ALE/705132‑705310 | tctTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTa < 1:387190/91‑1 (MQ=40) ctTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTaa > 1:2346519/1‑91 (MQ=255) ctTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTaa > 1:3785785/1‑91 (MQ=255) tttGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAAt < 1:787954/91‑1 (MQ=255) ttGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATa > 1:243211/1‑91 (MQ=255) tttAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATaccac < 1:384130/91‑1 (MQ=255) ttAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAGAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGTAGTTCTAATaccacc < 1:3535993/91‑1 (MQ=255) ttAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATaccacc < 1:464237/91‑1 (MQ=255) ttAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATaccacc < 1:4010461/91‑1 (MQ=255) gagTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATc < 1:2945625/91‑1 (MQ=255) gagTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATc > 1:3759201/1‑91 (MQ=255) agTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCg < 1:2450641/91‑1 (MQ=255) tGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTg > 1:2283429/1‑91 (MQ=255) gACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGc < 1:3675702/91‑1 (MQ=255) gACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGc < 1:3377645/91‑1 (MQ=255) cAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGa > 1:3746601/1‑91 (MQ=255) cAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGa > 1:1691839/1‑91 (MQ=255) cAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGa > 1:3746205/1‑91 (MQ=255) aaaTGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGAt > 1:2460403/1‑91 (MQ=255) aTGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCg < 1:643531/91‑1 (MQ=255) aTGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCg > 1:3415673/1‑91 (MQ=255) tGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCgg < 1:1924495/91‑1 (MQ=255) tGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCgg < 1:162545/91‑1 (MQ=255) tGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCgg < 1:388305/91‑1 (MQ=255) gTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCggg < 1:3399297/91‑1 (MQ=255) gTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCggg < 1:2486768/91‑1 (MQ=255) tACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAAc > 1:3821313/1‑91 (MQ=255) cAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACgg > 1:1085026/1‑91 (MQ=255) cAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACgg > 1:118087/1‑91 (MQ=255) cAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACgg < 1:1060767/91‑1 (MQ=255) aGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGt > 1:2323408/1‑91 (MQ=255) aGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGt < 1:1963163/91‑1 (MQ=255) gTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGta < 1:576132/91‑1 (MQ=255) ttaattaaAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGtata > 1:2628857/1‑91 (MQ=255) ttaattaaAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGtata < 1:2422917/91‑1 (MQ=255) ttaatt‑aaACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGtatat > 1:2297707/1‑91 (MQ=255) taattaaAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGtatat < 1:4114939/91‑1 (MQ=255) taattaaAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGtatat < 1:1588410/91‑1 (MQ=255) ttaaAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGtatatata < 1:1288746/91‑1 (MQ=255) aaaCTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTa < 1:4117235/91‑1 (MQ=255) aaCTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTaa > 1:1901170/1‑91 (MQ=255) aaCTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTaa > 1:828627/1‑91 (MQ=255) aaCTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTaa > 1:2668766/1‑91 (MQ=255) aaCTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTaa > 1:2668799/1‑91 (MQ=255) cTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATa > 1:951951/1‑91 (MQ=255) tGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATag < 1:3027781/91‑1 (MQ=255) AGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGt > 1:3000914‑M1/1‑91 (MQ=255) AGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGt > 1:665176‑M1/1‑91 (MQ=255) GAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTa > 1:2452018‑M1/1‑91 (MQ=255) GAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTa < 1:1420403‑M1/91‑1 (MQ=255) aacttctctttgaacgaaagagaaaagctagaagttctTATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTaa > 1:3599605‑M2/39‑91 (MQ=255) acttctctttgaacgaaagagaaaagctagaagttctAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAat > 1:223974‑M2/38‑91 (MQ=255) ACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAat > 1:1095075‑M1/1‑91 (MQ=255) ACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAat < 1:3273804‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAat > 1:1757445‑M1/1‑91 (MQ=255) cttctctttgaacgaaagagaaaagctagaagttctAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAata > 1:2134574‑M2/37‑91 (MQ=255) cttctctttgaacgaaagagaaaagctagaagttctAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAata > 1:3051124‑M2/37‑91 (MQ=255) cttctctttgaacgaaagagaaaagctagaagttctAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAata > 1:2134055‑M2/37‑91 (MQ=255) cttctctttgaacgaaagagaaaagctagaagttctAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAata > 1:78945‑M2/37‑91 (MQ=255) ttctctttgaacgaaagagaaaagctagaagttctAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATAGTAATAGGAGGGTAatat > 1:3556158‑M2/36‑91 (MQ=255) TTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAgtat < 1:3352423‑M1/91‑1 (MQ=255) TTCCAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTCatat > 1:3274381‑M1/1‑91 (MQ=255) 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gttctAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGc > 1:505847‑M2/6‑91 (MQ=255) ttctAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGcc > 1:1439779‑M2/5‑91 (MQ=255) ttctAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGcc < 1:962831‑M2/87‑1 (MQ=255) tctAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCt < 1:3124529‑M2/88‑1 (MQ=255) ctAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCtt > 1:3189245‑M2/3‑91 (MQ=255) ctAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTACTAGCCtt > 1:2076993‑M2/3‑91 (MQ=255) | TCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTT > USA300TCH1516_ALE/705132‑705310 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |