New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 712543 | 108 (1.100) | 13 (0.140) | 7/148 | NT | 11.2% | intergenic (+22/‑77) | tagG/tarB | Teichoic acid translocation permease protein TagG/Teichoic acid glycerol‑phosphate primase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 712566 | 107 (1.180) | intergenic (+45/‑54) | tagG/tarB | Teichoic acid translocation permease protein TagG/Teichoic acid glycerol‑phosphate primase |
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
GCCATTTTCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAAT > USA300TCH1516_ALE/712453‑712633 | gCCATTTTCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCC < 1:2246050‑M1/91‑1 (MQ=255) ccATTTTCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCg < 1:495510/91‑1 (MQ=255) cATTTTCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGc > 1:3104452/1‑91 (MQ=255) aTTTTCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGGAACCCCact < 1:1726686‑M1/91‑4 (MQ=255) tttCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTaa > 1:3790256/1‑91 (MQ=255) tttCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTaa > 1:3790242/1‑91 (MQ=255) ttCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAAc > 1:1643708/1‑91 (MQ=255) ttCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAAc > 1:2658791/1‑91 (MQ=255) tCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAAcc < 1:611651/91‑1 (MQ=255) tttGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCAt > 1:3339594/1‑91 (MQ=255) ttGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCAtt > 1:2675867/1‑91 (MQ=255) ttGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCAtt < 1:2874189/91‑1 (MQ=255) ttGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCAtt < 1:2874262/91‑1 (MQ=255) ttGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCAtt < 1:1440981/91‑1 (MQ=255) tGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAAt < 1:845476/91‑1 (MQ=255) ggTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATg > 1:2208874/1‑91 (MQ=255) gTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCacttccatttattaatggt > 1:3227528‑M1/1‑72 (MQ=255) tGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCacttccatttattaatggtt < 1:1555376‑M1/91‑21 (MQ=255) tGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCacttccatttattaatggtt < 1:2822254‑M1/91‑21 (MQ=255) gCGTACTTAGACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCacttccatttattaatggtta < 1:3969433‑M1/91‑22 (MQ=255) gCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCacttccatttattaatggtta < 1:1311006‑M1/91‑22 (MQ=255) gCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCacttccatttattaatggtta < 1:811481‑M1/91‑22 (MQ=255) gCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGaa > 1:916543/1‑91 (MQ=255) gCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGaa > 1:2622539/1‑91 (MQ=255) gCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGaa > 1:502440/1‑91 (MQ=255) cGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCacttccatttattaatggttag < 1:2985147‑M1/91‑23 (MQ=255) cGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAg < 1:3357913/91‑1 (MQ=255) tACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTg > 1:742504‑M2/1‑90 (MQ=255) tACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTg > 1:2527167‑M2/1‑90 (MQ=255) tACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTg > 1:2278885‑M2/1‑90 (MQ=255) aCTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCacttccatttattaatggttagcgg < 1:2161643‑M1/91‑26 (MQ=255) aCTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTgg > 1:1833943‑M2/1‑89 (MQ=255) tACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggt > 1:3418563‑M2/1‑86 (MQ=255) tACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggt > 1:656084‑M2/1‑86 (MQ=255) tACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggt > 1:1789908‑M2/1‑86 (MQ=255) tACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggt < 1:1830671‑M2/91‑6 (MQ=255) acacATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggtt < 1:2979153‑M2/91‑7 (MQ=255) acaTGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCa < 1:1890861/91‑1 (MQ=255) caTGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCAt < 1:3644398/91‑1 (MQ=255) tGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCAttt < 1:1175877/91‑1 (MQ=255) tGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGGTCAttt > 1:1635060/1‑91 (MQ=255) gAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCAtttt < 1:4067402/91‑1 (MQ=255) gAAATATAGAGATCAATTTACAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCAtttt < 1:355883/91‑1 (MQ=255) aaaTATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCAttttt > 1:425092/1‑91 (MQ=255) atatAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGt > 1:2499558/1‑91 (MQ=255) atatAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGt > 1:497045/1‑91 (MQ=255) tataGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGtt < 1:780147/91‑1 (MQ=255) ataGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGttt < 1:1293738/91‑1 (MQ=255) ataGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGttt < 1:780178/91‑1 (MQ=255) taGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTta < 1:2374366/91‑1 (MQ=255) agagATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTtat > 1:549561/1‑91 (MQ=255) agagATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTtat > 1:1190141/1‑91 (MQ=255) agaTCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATaa < 1:857828/91‑1 (MQ=255) gaTCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAAt < 1:1998290/91‑1 (MQ=255) aTTTGCAGACTTCTTGTAATATATTGATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAg < 1:3870491/91‑1 (MQ=255) tGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTaa > 1:1193719/1‑91 (MQ=255) gCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTaaa < 1:2833563/91‑1 (MQ=255) cAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAAt > 1:237042/1‑91 (MQ=255) aGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATa < 1:1478344/91‑1 (MQ=255) aCTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAAc < 1:882149/91‑1 (MQ=255) cttcttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACa > 1:1185247/1‑91 (MQ=255) ttcttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACat < 1:1798917/91‑1 (MQ=255) tcttGTAATATATTTATATGACGAATCCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACata < 1:3849553/91‑1 (MQ=255) cttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACatat < 1:2611047/91‑1 (MQ=255) ttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATAtt < 1:3762216/91‑1 (MQ=255) ttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATAtt > 1:3102274/1‑91 (MQ=255) ttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATAtt > 1:1357709/1‑91 (MQ=255) ttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATAtt > 1:2549059/1‑91 (MQ=255) tGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaat < 1:2565023‑M2/91‑42 (MQ=255) gTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTaa > 1:2441532/1‑91 (MQ=255) tAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAg > 1:3333585/1‑91 (MQ=255) aaTATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGt < 1:3577644/91‑1 (MQ=255) aaTATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGt < 1:3577652/91‑1 (MQ=255) tatatTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTg < 1:3786376/91‑1 (MQ=255) tatatTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTg > 1:2739510/1‑91 (MQ=255) tatTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGgt > 1:1276040/1‑91 (MQ=255) tttATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGgtgt > 1:1295932/1‑91 (MQ=255) tataTGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGtat < 1:2429752/91‑1 (MQ=255) atatGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGtatt > 1:2509135/1‑91 (MQ=255) atGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGtattat > 1:3063020/1‑91 (MQ=255) atGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGtattat > 1:3064397/1‑91 (MQ=255) atGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGtattat > 1:22547/1‑91 (MQ=255) gACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGa < 1:1532244/91‑1 (MQ=255) aCGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGaa < 1:1889474/91‑1 (MQ=255) aCGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGaa < 1:24022/91‑1 (MQ=255) gAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACg < 1:2666818/91‑1 (MQ=255) aaaCCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGt < 1:1353501/91‑1 (MQ=255) aaaCCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGt < 1:2580084/91‑1 (MQ=255) aCCCCacttccatttattaatggttagcggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgta > 1:986968‑M1/1‑5 (MQ=255) aCCCCacttccatttattaatggttagcggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgta > 1:656084‑M1/1‑5 (MQ=255) aCCCCacttccatttattaatggttagcggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgta < 1:1830671‑M1/91‑87 (MQ=255) aCCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGttt < 1:1018572/91‑1 (MQ=255) ccccacttccatatattaatggttagcggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgtaa > 1:3197184‑M1/1‑4 (MQ=255) cccGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTta < 1:1719731/91‑1 (MQ=255) ccGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTtaa > 1:1333862/1‑91 (MQ=255) ccGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTtaa > 1:1158195/1‑91 (MQ=255) cacttccatttattaatggttagcggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgtaagta > 1:742504‑M1/1‑1 (MQ=255) cacttccatttattaatggttagcggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgtaagta > 1:2278885‑M1/1‑1 (MQ=255) cGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTtaat > 1:3199124/1‑91 (MQ=255) cGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTtaat > 1:2893285/1‑91 (MQ=255) | GCCATTTTCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAAT > USA300TCH1516_ALE/712453‑712633 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |