| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 720543 | 107 (1.090) | 12 (0.130) | 6/148 | NT | 10.7% | intergenic (+153/‑372) | nupG/USA300HOU_RS03495 | Purine nucleoside transport protein NupG/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 720571 | 101 (1.110) | intergenic (+181/‑344) | nupG/USA300HOU_RS03495 | Purine nucleoside transport protein NupG/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
TTGATATAGGTGAGATGCTTGGAC‑TTTTTT‑ATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAATATTATTGTACATATGACAGTAAGGACTAGGTACAGTCATAGTACT > USA300TCH1516_ALE/720454‑720633 | ttGATATAGGTGAGATGCTTGGAC‑TTTTTT‑ATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATaaaaa < 1:3923122/91‑1 (MQ=255) tGATATAGGTGAGATGCTTGGAC‑TTTTTT‑ATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAgc < 1:1119476‑M1/91‑3 (MQ=255) gATATAGGTGAGATGCTTGGAC‑TTTTTT‑ATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAAcc < 1:1271927/91‑1 (MQ=255) tataGGTGAGATGCTTGGAC‑TTTTTT‑ATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCaa > 1:2431059/1‑91 (MQ=255) tataGGTGAGATGCTTGGAC‑TTTTTT‑ATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCaa > 1:3612255/1‑91 (MQ=255) ataGGTGAGATGCTTGGAC‑TTTTTT‑ATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAg > 1:1612826/1‑91 (MQ=255) ataGGTGAGATGCTTGGAC‑TTTTTT‑ATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAg < 1:3234442/91‑1 (MQ=255) taGGTGAGATGCTTGGAC‑TTTTTT‑ATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGt > 1:3143377/1‑91 (MQ=255) taGGTGAGATGCTTGGAC‑TTTTTT‑ATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGt < 1:393798/91‑1 (MQ=255) aGGTGAGATGCTTGGAC‑TTTTTT‑ATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTg < 1:3644374/91‑1 (MQ=255) ggTGAGATGCTTGGAC‑TTTTTT‑ATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGc > 1:230312/1‑91 (MQ=255) ggTGAGATGCTTGGAC‑TTTTTT‑ATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGc > 1:230299/1‑91 (MQ=255) tGAGATGCTTGGAC‑TTTTTT‑ATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGcac < 1:162226/91‑1 (MQ=255) aTGCTTGGAC‑TTTTTT‑ATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATgg < 1:3746582/91‑1 (MQ=255) 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ttt‑ATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGc > 1:592746/1‑91 (MQ=255) tt‑attaTTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAgccaagtgtattaccatgtgcacttggtt < 1:2799033‑M1/91‑30 (MQ=255) tt‑attaTTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAgccaagtgtattaccatgtgcacttggtt < 1:2798905‑M1/91‑30 (MQ=255) tt‑attaTTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAgccaagtgtattaccatgtgcacttggtt < 1:1065007‑M1/91‑30 (MQ=255) tt‑attaTTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAgccaagtgtattaccatgtgcacttggtt < 1:1095944‑M1/91‑30 (MQ=255) tt‑attaTTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAgccaagtgtattaccatgtgcacttggtt < 1:1067945‑M1/91‑30 (MQ=255) tt‑attaTTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCt > 1:494407‑M2/1‑90 (MQ=255) tt‑attaTTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCt > 1:1655428‑M2/1‑90 (MQ=255) tt‑attaTTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAACACACTTGGCt > 1:135110‑M2/1‑90 (MQ=255) attattGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCttt > 1:1918324‑M2/1‑88 (MQ=255) attattGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCttt > 1:3712275‑M2/1‑88 (MQ=255) ttGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCTAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATg < 1:3687299/91‑1 (MQ=255) ttGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATg < 1:2272370/91‑1 (MQ=255) tGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATgg > 1:3582689/1‑91 (MQ=255) tGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATgg > 1:2671190/1‑91 (MQ=255) ataAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAgccaagtgtattaccatgtgcacttggtttttataatgct < 1:2689289‑M1/91‑41 (MQ=255) 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aagccaagtgtattaccatgtgcacttggtttttataatgcttcaatttcggtaactttaaaaatatttaaatacctttatatcaataata < 1:2364225‑M1/91‑90 (MQ=255) agccaagtgtattaccatgtgcacttggtttttataatgcttcaatttcggtaactttaaaaatatttaaatacctttatatcaataataa > 1:494407‑M1/1‑1 (MQ=255) agccaagtgtattaccatgtgcacttggtttttataatgcttcaatttcggtaactttaaaaatatttaaatacctttatatcaataataa > 1:1655428‑M1/1‑1 (MQ=255) agccaagtgtattaccatgtgcacttggtttttataatgcttcaatttcggtaactttaaaaatatttaaatacctttatatcaataataa > 1:1727959‑M1/1‑1 (MQ=255) aaCCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCttttataatgcttcaatttcggtaactttaaaaatatttaaatacctttatatcaataataa < 1:1151794‑M2/91‑63 (MQ=255) aaCCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAATATTATTGTACATATGACAGTAAGGACTAGGTACAGTCATAGTACt > 1:3045588/1‑91 (MQ=255) | TTGATATAGGTGAGATGCTTGGAC‑TTTTTT‑ATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAATATTATTGTACATATGACAGTAAGGACTAGGTACAGTCATAGTACT > USA300TCH1516_ALE/720454‑720633 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |