New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 720543 | 107 (1.090) | 12 (0.130) | 6/148 | NT | 10.7% | intergenic (+153/‑372) | nupG/USA300HOU_RS03495 | Purine nucleoside transport protein NupG/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 720571 | 101 (1.110) | intergenic (+181/‑344) | nupG/USA300HOU_RS03495 | Purine nucleoside transport protein NupG/hypothetical protein |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAATATTATTGTACATATGACAGTAAGGACTAGGTACAGTCATAGTACTTCGAGCAAAATTTGTTTTGTTATTATAA > USA300TCH1516_ALE/720481‑720661 | tttATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGc > 1:1088870/1‑91 (MQ=255) tttATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGc > 1:592746/1‑91 (MQ=255) ttattaTTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCt > 1:1727959‑M2/1‑90 (MQ=255) ttattaTTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCt > 1:1655428‑M2/1‑90 (MQ=255) ttattaTTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCt > 1:494407‑M2/1‑90 (MQ=255) ttattaTTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAACACACTTGGCt > 1:135110‑M2/1‑90 (MQ=255) tattatTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCtt < 1:2364225‑M2/91‑3 (MQ=255) attattGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCttt > 1:1018300‑M2/1‑88 (MQ=255) attattGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCttt > 1:3712275‑M2/1‑88 (MQ=255) attattGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCttt < 1:2316086‑M2/91‑4 (MQ=255) attGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCttttat < 1:2048325‑M2/91‑7 (MQ=255) attGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCttttat < 1:741611‑M2/91‑7 (MQ=255) ttGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCTAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATg < 1:3687299/91‑1 (MQ=255) ttGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATg < 1:2272390/91‑1 (MQ=255) 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tATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAatat > 1:3311266/1‑91 (MQ=255) tATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAatat > 1:3311267/1‑91 (MQ=255) aTTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAAtatt < 1:1934622/91‑1 (MQ=255) aTTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAAtatt < 1:946025/91‑1 (MQ=255) tttAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGCAATGAAtatta > 1:3754089/1‑91 (MQ=255) tttAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAAtatta > 1:2756767/1‑91 (MQ=255) tAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAATattatt > 1:1848239/1‑91 (MQ=255) tAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAATattatt > 1:3290101/1‑91 (MQ=255) tAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAATattatt > 1:1273262/1‑91 (MQ=255) aaaTATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAATATTATTg < 1:2905009/91‑1 (MQ=255) atatTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAATATTATTGTa < 1:1308054/91‑1 (MQ=255) tatTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAATATTATTGTAc > 1:3527355/1‑91 (MQ=255) tttttAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAATATTATTGTACat > 1:4131722/1‑91 (MQ=255) ttttAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAATATTATTGTACata > 1:1250165/1‑91 (MQ=255) tttAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAATATTATTGTACatat < 1:398604/91‑1 (MQ=255) tttAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAATATTATTGTACatat > 1:304782/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |