New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 744697 | 92 (0.940) | 8 (0.090) | 6/152 | NT | 7.5% | coding (1838/1980 nt) | melR_1 | Melibiose operon regulatory protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 744717 | 109 (1.170) | coding (1858/1980 nt) | melR_1 | Melibiose operon regulatory protein |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TTATCGAATATGTCTCGAAACCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTTATATAAATTTTAAAAACAATGTTTTAAACGATAAATA > USA300TCH1516_ALE/744607‑744787 | ttATCGAATATGTCTCGAAACCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTG < 1:2931654‑M1/91‑1 (MQ=255) tATCGAATATGTCTCGAAACCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTgg < 1:1697126/91‑1 (MQ=255) aTCGAATATGTCTCGAAACCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGc > 1:2402177/1‑91 (MQ=255) aTCGAATATGTCTCGAAACCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGc > 1:2347260/1‑91 (MQ=255) aTCGAATATGTCTCGAAACCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGc > 1:1969431/1‑91 (MQ=255) atatGTCTCGAAACCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTg < 1:979603/91‑1 (MQ=255) atatGTCTCGAAACCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTg > 1:2184690/1‑91 (MQ=255) atatGTCTCGAAACCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTg > 1:1817952/1‑91 (MQ=255) tatGTCTCGAAACCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGa > 1:45303/1‑91 (MQ=255) tatGTCTCGAAACCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGa > 1:2908092/1‑91 (MQ=255) gTCTCGAAACCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATag < 1:2547979/91‑1 (MQ=255) gTCTCGAAACCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATag < 1:2335362/91‑1 (MQ=255) cGAAACCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATagagag > 1:1514767/1‑91 (MQ=255) gAAACCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGc < 1:738189/91‑1 (MQ=255) aaCCAAAATGCGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCga < 1:3974618/91‑1 (MQ=255) aaCCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGtctcgctctctatcactc < 1:2890775‑M1/91‑19 (MQ=255) aaCCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGtctcgctctctatcactc < 1:1110737‑M1/91‑19 (MQ=255) aaCCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCga < 1:1646480/91‑1 (MQ=255) aaCCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCga < 1:2494408/91‑1 (MQ=255) aCCAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGtctcgctctctatcactcg < 1:1050820‑M1/91‑20 (MQ=255) ccAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGtctcgctctctatcactcgc < 1:1350328‑M1/91‑21 (MQ=255) cAAAATACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGtctcgctctctatcactcgcc < 1:2500419‑M1/91‑22 (MQ=255) aaaTACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGAcaa < 1:1203614‑M2/91‑4 (MQ=255) aaTACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGAcaat > 1:1162021‑M2/1‑87 (MQ=255) aaTACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCAAGTGATAGAGAGCGAGAcaat < 1:406176‑M2/91‑5 (MQ=255) aaTACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCAAGTGATAGAGAGCGAGAcaat < 1:406109‑M2/91‑5 (MQ=255) aaTACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCAAGTGATAGAGAGCGAGAcaat < 1:406074‑M2/91‑5 (MQ=255) aTACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAAtt > 1:2715286/1‑91 (MQ=255) aTACGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAAtt > 1:636961/1‑91 (MQ=255) cGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGtctcgctctctatcactcgccaatcata < 1:397161‑M1/91‑29 (MQ=255) cGAAAACAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATg > 1:1317927/1‑91 (MQ=255) aaaaCAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAg < 1:137131/91‑1 (MQ=255) aaaCAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGt > 1:1274201/1‑91 (MQ=255) aaaCAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGt > 1:3432032/1‑91 (MQ=255) cAGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAAt > 1:708698/1‑91 (MQ=255) aGTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAAtt < 1:960599/91‑1 (MQ=255) gTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGtctcgctctctatcactcgccaatcataaataacaa < 1:1064278‑M1/91‑37 (MQ=255) gTTATTATTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAAttt > 1:2706182/1‑91 (MQ=255) tattatTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTg > 1:1500543/1‑91 (MQ=255) tattatTCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTg > 1:1500509/1‑91 (MQ=255) ttattCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAg > 1:1478318/1‑91 (MQ=255) tattCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAgg < 1:4116844/91‑1 (MQ=255) tCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATa < 1:2940226/91‑1 (MQ=255) tCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATa < 1:1365804/91‑1 (MQ=255) tCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATa < 1:729948/91‑1 (MQ=255) tCTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATa > 1:1830476/1‑91 (MQ=255) cTATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAg < 1:801424/91‑1 (MQ=255) tATTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGt < 1:1437843/91‑1 (MQ=255) aTTTTTGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTc > 1:1783225/1‑91 (MQ=255) tttttGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCa < 1:1883638/91‑1 (MQ=255) ttttGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTGATTTTGAGGATAGTCaa > 1:3549344/1‑91 (MQ=255) ttttGATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCaa > 1:510337/1‑91 (MQ=255) ttttGACATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCaa > 1:3230066/1‑91 (MQ=255) gATATAGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGttt > 1:1432361/1‑91 (MQ=255) tataGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTtat > 1:1515567/1‑91 (MQ=255) tataGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTtat > 1:3656424/1‑91 (MQ=255) tataGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTtat < 1:1508153/91‑1 (MQ=255) tataGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTtat < 1:2433634/91‑1 (MQ=255) tataGAGAATTATTATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTtat > 1:792743/1‑91 (MQ=255) tataGAGAATTAATATTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTtat > 1:3173621/1‑91 (MQ=255) ataGAGAATTATTCTTGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGAGAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTtata < 1:4153350/91‑1 (MQ=255) taGAGAATTATTATTGTCTTGTTATGTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGGGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTtatat < 1:3876005/91‑1 (MQ=255) 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tattGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTTATATAAATTTTaaaa < 1:2298671/91‑1 (MQ=255) ttGTCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTTATATAAATTTTAAAAAc < 1:3383518/91‑1 (MQ=255) tCTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTTATATAAATTTTAAAAACAAt < 1:3051296/91‑1 (MQ=255) cTTGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTTATATAAATTTTAAAAACAATg > 1:1132839/1‑91 (MQ=255) ttGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGAcaatcataaataacaagacaataataattctctatatcaaaaatagaataataac < 1:1064278‑M2/91‑56 (MQ=255) tGTTATTTATGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAATAATTTTGAGGATAGTCAAGTTTATATAAATTTTAAAAACAATGtt < 1:3294727/91‑1 (MQ=255) tatttatGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTCTGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTTATATAAATTTTAAAAACAATGTTTTa > 1:3493262/1‑91 (MQ=255) ttatGATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTTATATAAATTTTAAAAACAATGTTTTAAAc > 1:2434812/1‑91 (MQ=255) 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gATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTTATATAAATTTTAAAAACAATGTTTTAAACGATa > 1:311965/1‑91 (MQ=255) gATTGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTTATATAAATTTTAAAAACAATGTTTTAAACGATa > 1:312058/1‑91 (MQ=255) aTTGtctcgctctctatcacttgccaatcataaataacaagacaataataattctctatatcaaaaatagaataataactgttttcgtatt < 1:406109‑M1/91‑88 (MQ=255) aTTGtctcgctctctatcacttgccaatcataaataacaagacaataataattctctatatcaaaaatagaataataactgttttcgtatt < 1:406074‑M1/91‑88 (MQ=255) aTTGtctcgctctctatcactcgccaatcataaataacaagacaataataattctctatatcaaaaatagaataataactgttttcgtatt > 1:1162021‑M1/1‑4 (MQ=255) aTTGtctcgctctctatcactcgccaatcataaataacaagacaataataattctctatatcaaaaatagaataataactgttttcgtatt > 1:1612587‑M1/1‑4 (MQ=255) ttGtctcgctctctatcactcgccaatcataaataacaagacaataataattctctatatcaaaaatagaataataactgttttcgtattt < 1:1203614‑M1/91‑89 (MQ=255) ttGGCGAGTGATAGAGAGCGAGACAATTATGAGTAATTTTGAGGATAGTCAAGTTTATATAAATTTTAAAAACAATGTTTTAAACGATaaa < 1:310082/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |