| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 774819 = | 89 (0.910) | 5 (0.060) | 4/134 | NT | 6.4% | intergenic (+110/‑198) | fruA/nagA | PTS system fructose‑specific EIIABC component/N‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 774873 = | 72 (0.870) | intergenic (+164/‑144) | fruA/nagA | PTS system fructose‑specific EIIABC component/N‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase | |||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACA > USA300TCH1516_ALE/774731‑774907 | gTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTaa > 1:2426228/1‑91 (MQ=255)gTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTaa > 1:2426446/1‑91 (MQ=255)gTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTaa > 1:2548496/1‑91 (MQ=255) ttAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTaaa < 1:1171242/91‑1 (MQ=255) tctgcttcgtttggcataactttttgcaaaatattaaaaaagtctatacatttgtggtgtctatttcttcattcatttatctaaaaataaa > 1:868251‑M1/88‑91 (MQ=255) tctgcttcgtttggcataactttttgcaaaatattaaaaaagtctatacatttgtggtgtctatttcttcattcatttatctaaaaataaa < 1:2693546‑M1/4‑1 (MQ=255) ctgcttcgtttggcataactttttgcaaaatattaaaaaagtctatacatttgtggtgtctatttcttcattcatttatctaaaaataaaa < 1:1494761‑M1/5‑1 (MQ=255) tgcttcgtttggcataactttttgcaaaatattaaaaaagtctatacatttgtggtgtctatttcttcattcatttatctaaaaataaaaa < 1:2957094‑M1/6‑1 (MQ=255) tgcttcgtttggcataactttttgcaaaatattaaaaaagtctatacatttgtggtgtctatttcatcattcatttatctaaaaataaaaa < 1:3856750‑M1/6‑1 (MQ=255) cAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAaca > 1:2937187/1‑91 (MQ=255) cAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAaca < 1:1734837/91‑1 (MQ=255) cAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATAGGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAaca < 1:1343083/91‑1 (MQ=255) tcgtttggcataactttttgcaaaatattaaaaaagtctatacatttgtggtgtctatttcttcattcatttatctaaaaaTAAAAACACt < 1:2713188‑M1/10‑1 (MQ=255) aaGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACt > 1:264320/1‑91 (MQ=255) cgtttggcataactttttgcaaaatattaaaaaagtctatacatttgtggtgtctatttcttcattcatttatctaaaaaTAAAAACACtt > 1:2136310‑M1/81‑91 (MQ=255) agagCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACtt < 1:1312461/91‑1 (MQ=255) tttggcataactttttgcaaaatattaaaaaagtctatacatttgtggtgtctatttcttcattcatttatctaaaaaTAAAAACACTTTc > 1:3726999‑M1/79‑91 (MQ=255) tttggcataactttttgcaaaatattaaaaaagtctatacatttgtggtgtctatttcttcattcatttatctaaaaaTAAAAACACTTTc > 1:3920864‑M1/79‑91 (MQ=255) agCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTc > 1:1397253/1‑91 (MQ=255) gCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCt > 1:3453789/1‑91 (MQ=255) cTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTa < 1:1484246/91‑1 (MQ=255) tCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTAtt > 1:1779896/1‑91 (MQ=255) cATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTa > 1:50228/1‑91 (MQ=255) cATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTa > 1:1385688/1‑91 (MQ=255) atatTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTaa > 1:1634873/1‑91 (MQ=255) atatTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTaa > 1:2179084/1‑91 (MQ=255) tatTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATCAAt < 1:2887716/91‑1 (MQ=255) tatTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATCAAt < 1:3219181/91‑1 (MQ=255) tatCAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATCAAt < 1:3218798/91‑1 (MQ=255) atTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAAtt < 1:3457590/91‑1 (MQ=255) atTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAAtt < 1:3457567/91‑1 (MQ=255) tAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCa < 1:2837644/91‑1 (MQ=255) aaGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAg > 1:2957443/1‑91 (MQ=255) gTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGtt < 1:2758632/91‑1 (MQ=255) gTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGtt < 1:81947/91‑1 (MQ=255) ttGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGttt < 1:2252066/91‑1 (MQ=255) gTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGttttt > 1:2436089/1‑91 (MQ=255) tATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTa < 1:3513446/91‑1 (MQ=255) aTGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTAt > 1:667608/1‑91 (MQ=255) aTGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTAt > 1:667653/1‑91 (MQ=255) cAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAAtt > 1:1598931/1‑91 (MQ=255) cAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAAtt > 1:356335/1‑91 (MQ=255) cAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAAtt < 1:1923157/91‑1 (MQ=255) aTGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGa > 1:604821/1‑91 (MQ=255) aTGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGa > 1:3632556/1‑91 (MQ=255) aTGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTAATGAATTGa > 1:3973111/1‑91 (MQ=255) tGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGat < 1:2451662/91‑1 (MQ=255) aaTATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGatat > 1:1497383/1‑91 (MQ=255) aaTATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTGATGAATTGatat < 1:3203699/91‑1 (MQ=255) atatatGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATg > 1:1283954/1‑91 (MQ=255) atatatGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATg > 1:3079237/1‑91 (MQ=255) tatatGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGa < 1:3509742/91‑1 (MQ=255) tatatGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGa < 1:2399961/91‑1 (MQ=255) tatatGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGa < 1:2399828/91‑1 (MQ=255) agtctatacatttgtggtgtctatttcttcattcatttatctaaaaaTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGaa > 1:2213934‑M1/48‑91 (MQ=255) tatGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGaaa < 1:4072032/91‑1 (MQ=255) tatGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGaaa < 1:2271197/91‑1 (MQ=255) tctatacatttgtggtgtctatttcttcattcatttatctaaaaaTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAg > 1:3280227‑M1/46‑91 (MQ=255) tGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAgt > 1:2576860/1‑91 (MQ=255) tAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGtt < 1:1921395/91‑1 (MQ=255) tAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGtt < 1:1940191/91‑1 (MQ=255) aGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGttt < 1:2886786/91‑1 (MQ=255) atttgtggtgtctatttcttcattcatttatctaaaaaTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGttttt > 1:2929849‑M1/39‑91 (MQ=255) atttgtggtgtctatttcttcattcatttatctaaaaaTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGttttt > 1:121046‑M1/39‑91 (MQ=255) ttATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGtttttat < 1:380358/91‑1 (MQ=255) tatatCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGtttttatttt > 1:2123432/1‑91 (MQ=255) tCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGa > 1:1109151/1‑91 (MQ=255) tCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGa < 1:1983225/91‑1 (MQ=255) tCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGa > 1:1358474/1‑91 (MQ=255) tCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGa > 1:604729/1‑91 (MQ=255) 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aaGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGacac < 1:3442509/91‑1 (MQ=255) aaGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGacac < 1:2741977/91‑1 (MQ=255) aaGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGacac < 1:2741784/91‑1 (MQ=255) aGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGAcacc < 1:813837/91‑1 (MQ=255) cTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGAcaccac < 1:2169498/91‑1 (MQ=255) tGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACcaca > 1:3770237/1‑91 (MQ=255) | GTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACA > USA300TCH1516_ALE/774731‑774907 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |