New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 781357 = | 93 (0.950) | 6 (0.070) | 5/146 | NT | 6.7% | coding (401/687 nt) | saeR | Response regulator SaeR |
? | USA300TCH1516_ALE | 781390 = | 83 (0.930) | coding (368/687 nt) | saeR | Response regulator SaeR |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
AAATACCACAATAACTCAAATTCCTTAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGAC > USA300TCH1516_ALE/781267‑781447 | aggtgcagatgactatgtcaaaaaaccatttagtccaagggaactcgttttacgtattaataatttacttacaagaatgaagaaataccat > 1:2671915‑M1/91‑91 (MQ=255) aggtgcagatgactatgtcaaaaaaccatttagtccaagggaactcgttttacgtattaataatttacttacaagaatgaagaaataccat < 1:139717‑M1/1‑1 (MQ=255) ggtgcagatgactatgtcaaaaaaccatttagtccaagggaactcgttttacgtattaataatttacttacaagaatgaagaaataccatc > 1:2414718‑M1/90‑91 (MQ=255) aaTACCACAATAACTCAAATTCCTTAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATtc < 1:1791677/91‑1 (MQ=255) gtgcagatgactatgtcaaaaaaccatttagtccaagggaactcgttttacgtattaataatttacttacaagaaggaagaaataccatca > 1:407012‑M1/89‑91 (MQ=255) aTACCACAATAACTCAAATTCCTTAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATtca > 1:2811280/1‑91 (MQ=255) tgcagatgactatgtcaaaaaaccatttagtccaagggaactcgttttacgtattaataatttacttacaagaatgaagaaataccatcat < 1:2295530‑M1/4‑1 (MQ=255) tgcagatgactatgtcaaaaaaccatttagtccaagggaactcgttttacgtattaataatttacttacaagaatgaagaaataccatcat < 1:869197‑M1/4‑1 (MQ=255) tACCACAATAACTCAAATTCCTTAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATtcat > 1:2088583/1‑91 (MQ=255) gcagatgactatgtcaaaaaaccatttagtccaagggaactcgttttacgtattaataatttacttacaagaatgaagaaataccatcatc > 1:524441‑M1/87‑91 (MQ=255) cagatgactatgtcaaaaaaccatttagtccaagggaactcgttttacgtattaataatttacttacaagaatgaagaaataccatcatca > 1:2892836‑M1/86‑91 (MQ=255) cagatgactatgtcaaaaaaccatttagtccaagggaactcgttttacgtattaataatttacttacaagaatgaagaaataccatcatca > 1:1082340‑M1/86‑91 (MQ=255) cacaATAACTCAAATTCCTTAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCaa < 1:1842900/91‑1 (MQ=255) aaTAACTCAAATTCCTTAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACg < 1:2272292/91‑1 (MQ=255) aTAACTCAAATTCCTTAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGa > 1:1580209/1‑91 (MQ=255) aaCTCAAATTCCTTAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACa < 1:1630855/91‑1 (MQ=255) aCTCAAATTCCTTAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAg < 1:3035306/91‑1 (MQ=255) aCTCAAATTCCTTAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAg < 1:1109614/91‑1 (MQ=255) aCTCAAATTCCTTAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAg < 1:1196280/91‑1 (MQ=255) aCTCAAATTCCTTAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAg < 1:2416221/91‑1 (MQ=255) cTCAAATTCCTTAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAgt < 1:3804303/91‑1 (MQ=255) cAAATTCCTTAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAgttg > 1:3052540/1‑91 (MQ=255) ttAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTg < 1:153244/91‑1 (MQ=255) tAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTgg < 1:2536384/91‑1 (MQ=255) tAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTgg > 1:4068219/1‑91 (MQ=255) tAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTgg > 1:383433/1‑91 (MQ=255) ccatttagtccaagggaactcgttttacgtattaataatttacttacaagaatgaataaataccaTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTgg > 1:1078852‑M1/66‑91 (MQ=255) aaTACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGt > 1:394303/1‑91 (MQ=255) aaTACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGt > 1:2694191/1‑91 (MQ=255) aTACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGtt < 1:2420134/91‑1 (MQ=255) tACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTtg > 1:458505/1‑91 (MQ=255) cGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCTAACGACAGTTGTTCAACTGGTtgat > 1:3880225/1‑91 (MQ=255) gCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTtgatg > 1:2591849/1‑91 (MQ=255) agtccaagggaactcgttttacgtattaataatttacttacaagaatgaagaaataccaTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTtgatg > 1:1804122‑M1/60‑91 (MQ=255) aTAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTgatgat < 1:715167/91‑1 (MQ=255) tAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGatgatg < 1:1272115/91‑1 (MQ=255) tAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGatgatg < 1:1272188/91‑1 (MQ=255) tAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGatgatg < 1:217067/91‑1 (MQ=255) tAGGAACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGatcatg > 1:3267675/1‑91 (MQ=255) aGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATgg < 1:2326307/91‑1 (MQ=255) gggACATCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGCTAATAAGTGTTAACTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGt < 1:3855493/91‑1 (MQ=255) aagggaactcgttttacgtattaataatttacttacaagaatgaagaaataccaTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGt > 1:823956‑M1/55‑91 (MQ=255) aCTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTAtt > 1:1926782/1‑91 (MQ=255) aCTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTAtt > 1:1943281/1‑91 (MQ=255) gaactcgttttacgtattaataatttacttacaagaatgaagaaataccaTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTAttt > 1:3601456‑M1/51‑91 (MQ=255) ttCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttc > 1:3669758/1‑91 (MQ=255) ttCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttc > 1:1837552/1‑91 (MQ=255) ttCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttc < 1:11657/91‑1 (MQ=255) tCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttct < 1:2224822/91‑1 (MQ=255) tCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttct > 1:1759951/1‑91 (MQ=255) tCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGCGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttct > 1:1358218/1‑91 (MQ=255) cGTGACCGTTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttctt < 1:2084336/91‑1 (MQ=255) cGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttctt > 1:3053186/1‑91 (MQ=255) cGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttctt < 1:3267210/91‑1 (MQ=255) tttACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTg < 1:3302643/91‑1 (MQ=255) tACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTgta > 1:85842/1‑91 (MQ=255) aCAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTgtaa > 1:3019748/1‑91 (MQ=255) aCAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTgtaa < 1:515251/91‑1 (MQ=255) cAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTgtaag < 1:3520302/91‑1 (MQ=255) cAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTgtaag > 1:2809419/1‑91 (MQ=255) tCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTgtaactaa > 1:3216404/1‑91 (MQ=255) cacaACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTaaa > 1:898473/1‑91 (MQ=255) atttacttacaagaatgaagaaataccaTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAatta > 1:779241‑M1/29‑91 (MQ=255) aCTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAattat > 1:988759/1‑91 (MQ=255) cTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATACTTGTAAGTAAattatt < 1:2546714/91‑1 (MQ=255) tttACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAAttatta > 1:1625572/1‑91 (MQ=255) tttACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAAttatta > 1:2571327/1‑91 (MQ=255) ttACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTaa < 1:1358349/91‑1 (MQ=255) ttACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTaa < 1:285145/91‑1 (MQ=255) ttACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTaa < 1:4069302/91‑1 (MQ=255) tACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAAt < 1:3807040/91‑1 (MQ=255) tACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAAt > 1:1676327/1‑91 (MQ=255) aCTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATa > 1:858789/1‑91 (MQ=255) aCTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATa > 1:1518380/1‑91 (MQ=255) cTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTGAATTATTAATAc < 1:3173772/91‑1 (MQ=255) cTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATAc > 1:1260390/1‑91 (MQ=255) tAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGt < 1:2669440/91‑1 (MQ=255) aaGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTa < 1:747829/91‑1 (MQ=255) aGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTaa > 1:2242338/1‑91 (MQ=255) aataaGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACg < 1:27033/91‑1 (MQ=255) aataaGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACg < 1:607942/91‑1 (MQ=255) ataaGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGa < 1:1432847/91‑1 (MQ=255) ataaGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGa < 1:3228987/91‑1 (MQ=255) ataaGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGa < 1:2622968/91‑1 (MQ=255) aaGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGt > 1:955330/1‑91 (MQ=255) aaGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGt < 1:3783056/91‑1 (MQ=255) aGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTCTTTCTTCATTCTTGTAAGTACATTATTAATACGTAAAACGAGtt > 1:1243406/1‑91 (MQ=255) aGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGtt > 1:2934520/1‑91 (MQ=255) aGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGtt > 1:349279/1‑91 (MQ=255) aGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGtt > 1:1638877/1‑91 (MQ=255) aGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGtt > 1:1638878/1‑91 (MQ=255) gtgtTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTc < 1:742191/91‑1 (MQ=255) tgtTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTcc > 1:609927/1‑91 (MQ=255) gtTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTccc > 1:2778585/1‑91 (MQ=255) gtTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTccc > 1:376906/1‑91 (MQ=255) ttAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCt > 1:97332/1‑91 (MQ=255) ttAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCt > 1:99326/1‑91 (MQ=255) aTTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTgg < 1:1005348/91‑1 (MQ=255) ttCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGa > 1:3218344/1‑91 (MQ=255) TCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGAc > 1:1350995‑M1/1‑91 (MQ=255) | AAATACCACAATAACTCAAATTCCTTAATACGCATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGAC > USA300TCH1516_ALE/781267‑781447 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |