New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 781357 = | 93 (0.950) | 6 (0.070) | 5/146 | NT | 6.7% | coding (401/687 nt) | saeR | Response regulator SaeR |
? | USA300TCH1516_ALE | 781390 = | 83 (0.930) | coding (368/687 nt) | saeR | Response regulator SaeR |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
ATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGTCATCTGCACCTA > USA300TCH1516_ALE/781300‑781480 | tAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGatgatg > 1:638973/1‑91 (MQ=255) tAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGatgatg < 1:1272188/91‑1 (MQ=255) tAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGatgatg < 1:1272115/91‑1 (MQ=255) aGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATgg < 1:2326307/91‑1 (MQ=255) gggACATCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGCTAATAAGTGTTAACTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGt < 1:3855493/91‑1 (MQ=255) aagggaactcgttttacgtattaataatttacttacaagaatgaagaaataccaTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGt > 1:823956‑M1/55‑91 (MQ=255) aagggaactcgttttacgtattaataatttacttacaagaatgaagaaataccaTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGt > 1:2632416‑M1/55‑91 (MQ=255) aCTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTAtt > 1:1943281/1‑91 (MQ=255) aCTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTAtt > 1:1926782/1‑91 (MQ=255) gaactcgttttacgtattaataatttacttacaagaatgaagaaataccaTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTAttt > 1:3601456‑M1/51‑91 (MQ=255) ttCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTATGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttc < 1:1186991/91‑1 (MQ=255) ttCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttc > 1:3669758/1‑91 (MQ=255) ttCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttc < 1:11657/91‑1 (MQ=255) ttCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttc > 1:1837552/1‑91 (MQ=255) ttCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttc > 1:798993/1‑91 (MQ=255) tCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttct < 1:2224822/91‑1 (MQ=255) tCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttct > 1:1759951/1‑91 (MQ=255) tCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGCGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttct > 1:1358218/1‑91 (MQ=255) cGTGACCGTTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttctt < 1:2084336/91‑1 (MQ=255) cGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttctt < 1:3267210/91‑1 (MQ=255) cGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATttctt > 1:3053186/1‑91 (MQ=255) tttACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTg < 1:3302643/91‑1 (MQ=255) tACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTgta > 1:85842/1‑91 (MQ=255) tACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTgta < 1:2504994/91‑1 (MQ=255) aCAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTgtaa < 1:515251/91‑1 (MQ=255) aCAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTgtaa > 1:3019748/1‑91 (MQ=255) tCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTgtaactaa > 1:3216404/1‑91 (MQ=255) taatttacttacaagaatgaagaaataccatcatcaaccagttgaacaactgtcgtttgatgaTGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAat > 1:779241‑M2/64‑91 (MQ=255) aCTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAattat > 1:988759/1‑91 (MQ=255) cTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATACTTGTAAGTAAattatt < 1:2546714/91‑1 (MQ=255) tttACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAAttatta > 1:1625572/1‑91 (MQ=255) tttACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAAttatta > 1:2571327/1‑91 (MQ=255) ttACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTaa < 1:285145/91‑1 (MQ=255) ttACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTaa < 1:4069302/91‑1 (MQ=255) tACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAAt < 1:3807040/91‑1 (MQ=255) tACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAAt > 1:1676327/1‑91 (MQ=255) aCTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATa > 1:858789/1‑91 (MQ=255) cTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTGAATTATTAATAc < 1:3173772/91‑1 (MQ=255) cTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATAc > 1:1260390/1‑91 (MQ=255) aaGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTa < 1:747829/91‑1 (MQ=255) aaGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTa > 1:3266245/1‑91 (MQ=255) aGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTaa > 1:2242338/1‑91 (MQ=255) aataaGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACg < 1:27033/91‑1 (MQ=255) ataaGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGa < 1:2622968/91‑1 (MQ=255) aaGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGt > 1:955316/1‑91 (MQ=255) aaGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGt > 1:955330/1‑91 (MQ=255) aGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTCTTTCTTCATTCTTGTAAGTACATTATTAATACGTAAAACGAGtt > 1:1243406/1‑91 (MQ=255) aGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGtt > 1:349279/1‑91 (MQ=255) aGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGtt > 1:1638877/1‑91 (MQ=255) gtgtTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTc < 1:742191/91‑1 (MQ=255) aaataccatcatcaaccagttgaacaactgtcgtttgatgaTGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTc > 1:3601456‑M2/42‑91 (MQ=255) tgtTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTcc > 1:609927/1‑91 (MQ=255) gtTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTccc > 1:2778585/1‑91 (MQ=255) gtTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTccc > 1:376906/1‑91 (MQ=255) gtTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTccc > 1:1407523/1‑91 (MQ=255) ttAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCt < 1:1626124/91‑1 (MQ=255) ttAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCt > 1:97332/1‑91 (MQ=255) ttAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCt > 1:99326/1‑91 (MQ=255) accatcatcaaccagttgaacaactgtcgtttgatgaTGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCtt > 1:2632416‑M2/38‑91 (MQ=255) aTTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTgg < 1:1005348/91‑1 (MQ=255) ttCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGa > 1:3218344/1‑91 (MQ=255) TCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGAc > 1:1350995‑M1/1‑91 (MQ=255) ATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTa < 1:497575‑M1/91‑1 (MQ=255) ATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTa > 1:1258966‑M1/1‑91 (MQ=255) TCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTaa > 1:4111283‑M1/1‑91 (MQ=255) CAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTaaa > 1:1048449‑M1/1‑91 (MQ=255) CAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTaaa > 1:3303785‑M1/1‑91 (MQ=255) CAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTaaa > 1:1659920‑M1/1‑91 (MQ=255) ccagttgaacaactgtcgtttgatgaTGGTATTTATTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATgg > 1:1078852‑M2/27‑91 (MQ=255) aCGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATgg < 1:2300168/91‑1 (MQ=255) aCGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATgg < 1:2300089/91‑1 (MQ=255) cGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGt > 1:3000118/1‑91 (MQ=255) cGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGAAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGt > 1:149578/1‑91 (MQ=255) gACAGTTGTACAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGtt < 1:3732057/91‑1 (MQ=255) aGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGttttt > 1:3803097/1‑91 (MQ=255) aGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGttttt > 1:3382898/1‑91 (MQ=255) aGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGttttt > 1:421927/1‑91 (MQ=255) ttgttCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTg > 1:1406022/1‑91 (MQ=255) tgttCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGa > 1:1506488/1‑91 (MQ=255) tgttCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGa > 1:1343602/1‑91 (MQ=255) gttCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGAc < 1:3984038/91‑1 (MQ=255) caattGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATa < 1:1095498/87‑1 (MQ=255) cAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATa < 1:701785/91‑1 (MQ=255) cAACAGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATa > 1:3277227/1‑91 (MQ=255) aCTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGt > 1:3470404/1‑91 (MQ=255) aCTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGt < 1:726617/91‑1 (MQ=255) aCTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGt < 1:3717779/91‑1 (MQ=255) tGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGTCa > 1:2414983/1‑91 (MQ=255) tGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGTCa > 1:2033652/1‑91 (MQ=255) tgatgaTGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGTCATCTg > 1:2892836‑M2/7‑91 (MQ=255) gatgaTGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGTCATCTGc > 1:524441‑M2/6‑91 (MQ=255) atgaTGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGTCATCTGCa < 1:2295530‑M2/87‑1 (MQ=255) atgaTGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGTCATCTGCa < 1:869197‑M2/87‑1 (MQ=255) atgaTGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGTCATCTGCa < 1:1325099‑M2/87‑1 (MQ=255) atgaTGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGTCATCTGCa < 1:2921627‑M2/87‑1 (MQ=255) tgaTGGTATTTCTTCCTTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGTCATCTGCAc > 1:407012‑M2/4‑91 (MQ=255) gaTGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGTCATCTGCAcc > 1:2414718‑M2/3‑91 (MQ=255) aTGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGTCATCTGCACCt > 1:2671915‑M2/2‑91 (MQ=255) aTGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGTCATCTGCACCt < 1:139717‑M2/90‑1 (MQ=255) tgGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGTCATCTGCACCTa < 1:2127408/91‑1 (MQ=255) | ATAGGGACTTCGTGACCATTTACAGTCACAACTTTACTTAAGTTAATAAGTGTTAATTCATCAAACGACAGTTGTTCAACTGGTTGATGATGGTATTTCTTCATTCTTGTAAGTAAATTATTAATACGTAAAACGAGTTCCCTTGGACTAAATGGTTTTTTGACATAGTCATCTGCACCTA > USA300TCH1516_ALE/781300‑781480 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |