| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 783981 | 83 (0.840) | 12 (0.140) | 7/140 | NT | 13.4% | coding (683/714 nt) | queE_1 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 784017 | 82 (0.950) | coding (647/714 nt) | queE_1 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase | |||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TCAATTAATATATTGTTATTCATTAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATCCACCAACTGCTCGTAGCGTTCTAACAACTTTT > USA300TCH1516_ALE/783891‑784071 | tCAATTAATATATTGTTATTCATTAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATG < 1:48280‑M1/91‑1 (MQ=255) cAATTAATATATTGTTATTCATTAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGt < 1:2489265/91‑1 (MQ=255) cAATTAATATATTGTTATTCATTAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGt < 1:2489788/91‑1 (MQ=255) aTTAATATATTGTTATTCATTAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTAt < 1:3565422/91‑1 (MQ=255) aTTAATATATTGTTATTCATTAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTAt < 1:979071/91‑1 (MQ=255) aTTAATATATTGTTATTCATTAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTAt < 1:725485/91‑1 (MQ=255) tAATATATTGTTATTCATTAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGa < 1:916216/91‑1 (MQ=255) aaTATATTGTTATTCATTAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGaa > 1:3450752/1‑91 (MQ=255) tatTGTTATTCATTAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTtg < 1:3995879/91‑1 (MQ=255) gTTATTCATTAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGt < 1:310145/91‑1 (MQ=255) gTTATTCATTAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGt < 1:309663/91‑1 (MQ=255) tATTCATTAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTaa < 1:2333384/91‑1 (MQ=255) aTTCATTAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAac < 1:1585947/91‑1 (MQ=255) cATTAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAAcaca < 1:535979/91‑1 (MQ=255) ttAGGTATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATa < 1:3452889/91‑1 (MQ=255) ttAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATa < 1:2576095/91‑1 (MQ=255) ttAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATa < 1:3024310/91‑1 (MQ=255) tAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATaa < 1:2727362/91‑1 (MQ=255) tAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATaa > 1:1641704/1‑91 (MQ=255) atatGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACg < 1:2612341/91‑1 (MQ=255) tatGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGt > 1:2265018/1‑91 (MQ=255) tatGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGt > 1:2264659/1‑91 (MQ=255) tatGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGt > 1:1161414/1‑91 (MQ=255) gACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGAt > 1:1590111/1‑91 (MQ=255) aCTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTTTTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGCtt > 1:4051833/1‑91 (MQ=255) cTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTc < 1:1219277/91‑1 (MQ=255) ttGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCa > 1:1306004/1‑91 (MQ=255) ttGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCa > 1:388751/1‑91 (MQ=255) tGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCat < 1:3021829/91‑1 (MQ=255) gCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCata < 1:1303781/91‑1 (MQ=255) gCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCata < 1:1538211/91‑1 (MQ=255) cAAAAAGTAAAATGAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGatatgaatcacgtttatgtgttaccacaacttcata < 1:4151230‑M1/91‑37 (MQ=255) cAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCatat < 1:528172/91‑1 (MQ=255) aaaaaGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGatatgaatcacgtttatgtgttaccacaacttcatac < 1:749964‑M1/91‑38 (MQ=255) aaaaaGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGatatgaatcacgtttatgtgttaccacaacttcatac < 1:943966‑M1/91‑38 (MQ=255) aaaaaGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATc < 1:589885‑M2/91‑2 (MQ=255) aaaaGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATca > 1:3715356‑M2/1‑89 (MQ=255) aaGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGatatgaatcacgtttatgtgttaccacaacttcatacatt < 1:1640046‑M1/91‑41 (MQ=255) aaGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGatatgaatcacgtttatgtgttaccacaacttcatacatt < 1:1640066‑M1/91‑41 (MQ=255) gTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATcattac < 1:607140‑M2/91‑7 (MQ=255) aaTAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGatatgaatcacgtttatgtgttaccacaacttcatacattactttg < 1:499903‑M1/91‑47 (MQ=255) aaTAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGatatgaatcacgtttatgtgttaccacaacttcatacattactttg < 1:3195383‑M1/91‑47 (MQ=255) aaTAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATcattactttg < 1:3996988‑M2/91‑11 (MQ=255) aTAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGc < 1:1327776/91‑1 (MQ=255) aaGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCGAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCAt < 1:3528337/91‑1 (MQ=255) aaGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCAt > 1:2187726/1‑91 (MQ=255) aGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGatatgaatcacgtttatgtgttaccacaacttcatacattactttggagc < 1:1267538‑M1/91‑51 (MQ=255) aGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGatatgaatcacgtttatgtgttaccacaacttcatacattactttggagc < 1:1267218‑M1/91‑51 (MQ=255) ttATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAAc < 1:3012198/91‑1 (MQ=255) ttATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAAc < 1:923205/91‑1 (MQ=255) ttATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAAc < 1:2406291/91‑1 (MQ=255) tATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACt < 1:3154998/91‑1 (MQ=255) tATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACt < 1:2202753/91‑1 (MQ=255) tCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTaa < 1:988981/91‑1 (MQ=255) ataCACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATccac < 1:877696/91‑1 (MQ=255) acacCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATccacca > 1:1200930/1‑91 (MQ=255) acacCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATccacca > 1:1871856/1‑91 (MQ=255) cacCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATCCACCaa > 1:2405795/1‑91 (MQ=255) cacCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATCCACCaa < 1:2658308/91‑1 (MQ=255) ccTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATCCACCAACt > 1:3934834/1‑91 (MQ=255) cTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATCCACCAACTg > 1:454905/1‑91 (MQ=255) cTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATCCACCAACTg > 1:2989467/1‑91 (MQ=255) tttttATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATCCACCAACTGCt > 1:1583960/1‑91 (MQ=255) ttttATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATCCACCAACTGCTc > 1:3705066/1‑91 (MQ=255) tttcATTGCACCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATCCACCAACTGCTc < 1:3732849/91‑1 (MQ=255) ttATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATCCACCAACTGCTCGt > 1:1438870/1‑91 (MQ=255) aTTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATCCACCAACTGCTCGTAg < 1:1285865/91‑1 (MQ=255) aTTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATCCACCAACTGCTCGTAg < 1:2785676/91‑1 (MQ=255) aTTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATCCACCAACTGCTCGTAg > 1:3165765/1‑91 (MQ=255) tGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATCCACCAACTGCTCGTAGCg < 1:940026/91‑1 (MQ=255) 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tGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATCCACCAACTGCTCGTAGCGTTCTAACAACttt < 1:3944083/91‑1 (MQ=255) tGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATAGCATTACTTCGCATAACTAAATCCACCAACTGCTCGTAGCGTTCTAACAACttt > 1:3308811/1‑91 (MQ=255) tGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATACCATTACTTCGCATAACTAAATCCACCAACTGCTCGTAGCGTTCTAACAACttt > 1:3309860/1‑91 (MQ=255) gatatgaatcacgtttatgtgttaccacaacttcatacattactttggagcaataaaaaaggtgtataaaggataacttattttacttttt < 1:589885‑M1/91‑91 (MQ=255) gTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATcattactttggagcaataaaaaaggtgtataaaggataacttattttacttttt < 1:749963‑M2/91‑55 (MQ=255) gTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATcattactttggagcaataaaaaaggtgtataaaggataacttattttacttttt < 1:749964‑M2/91‑55 (MQ=255) | TCAATTAATATATTGTTATTCATTAGATATGACTTGCAAAAAGTAAAATAAGTTATCCTTTATACACCTTTTTTATTGCTCCAAAGTAATGTATGAAGTTGTGGTAACACATAAACGTGATTCATATCATTACTTTGCATAACTAAATCCACCAACTGCTCGTAGCGTTCTAACAACTTTT > USA300TCH1516_ALE/783891‑784071 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |