| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 789633 | 96 (0.980) | 8 (0.090) | 6/148 | NT | 8.0% | coding (137/1005 nt) | kipA_1 | KipI antagonist |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 789649 | 94 (1.030) | coding (153/1005 nt) | kipA_1 | KipI antagonist | |||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TGGCAGAAGGGGATATGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAGGGGG > USA300TCH1516_ALE/789547‑789723 | tGGCAGAAGGGGATATGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAAt < 1:2067468/91‑1 (MQ=255) gCAGAAGGGGATATGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGa < 1:2582699/91‑1 (MQ=255) gCAGAAGGGGATATGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGa > 1:3205077/1‑91 (MQ=255) gCAGAAGGGGATATGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGa > 1:195717/1‑91 (MQ=255) cAGAAGGGGATATGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGAc < 1:1045723/91‑1 (MQ=255) cAGAAGGGGATATGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGAc < 1:2839272/91‑1 (MQ=255) cAGAAGGGGATATGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGAc < 1:3094900/91‑1 (MQ=255) cAGAAGGGGATATGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGAc < 1:1260118/91‑1 (MQ=255) cAGAAGGGGATATGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGAc < 1:1260898/91‑1 (MQ=255) cAGAAGGGGATATGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGAc > 1:683191/1‑91 (MQ=255) gAAGGGGATATGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACaa < 1:890677/91‑1 (MQ=255) aGGGGATATGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGa > 1:1131992/1‑91 (MQ=255) gATATGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGa < 1:2922981/91‑1 (MQ=255) gATATGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGa < 1:3352574/91‑1 (MQ=255) atatGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGaa > 1:3836057/1‑91 (MQ=255) tatGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTCATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAg < 1:2520248‑M2/91‑2 (MQ=255) atGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAgc < 1:2750714‑M2/91‑3 (MQ=255) atGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAgc < 1:3420306‑M2/91‑3 (MQ=255) tGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCttcattcttgtcatttgca < 1:2878207‑M1/91‑20 (MQ=255) tttcatgATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAgcaa > 1:1766918‑M2/4‑87 (MQ=255) aaCATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCttcattcttgtcatttgcaac < 1:2414128‑M1/91‑22 (MQ=255) aaCATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCttcattcttgtcatttgcaac < 1:2413186‑M1/91‑22 (MQ=255) aaCATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAgcaac > 1:2865553‑M2/1‑86 (MQ=255) aaCATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAgcaac < 1:2231973‑M2/91‑6 (MQ=255) aCATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAgcaact < 1:1742482‑M2/91‑7 (MQ=255) aCATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAgcaact < 1:1743311‑M2/91‑7 (MQ=255) aCATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAgcaact > 1:3514179‑M2/1‑85 (MQ=255) cATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACtt < 1:911890/91‑1 (MQ=255) cATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACtt > 1:3202780/1‑91 (MQ=255) cATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGACACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACGAGAATGAAGCAACtt < 1:3542778/91‑1 (MQ=255) atgGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCttcattcttgtcatttgcaactaatcg < 1:3007896‑M1/91‑28 (MQ=255) atgGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGa < 1:2831998/91‑1 (MQ=255) atgGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGa > 1:733451/1‑91 (MQ=255) ggTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGaaa > 1:1975727/1‑91 (MQ=255) gtgtAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAAt > 1:1983268/1‑91 (MQ=255) gtgtAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAAt > 1:1154095/1‑91 (MQ=255) tgtAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATg < 1:4057954/91‑1 (MQ=255) tAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGAc < 1:137473/91‑1 (MQ=255) tAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGAc > 1:1353583/1‑91 (MQ=255) aaTTCGATGTGGTGCACTTGATACTATAGCACATGAAATGGCTAATCGATTAGGTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACt < 1:3861243/91‑1 (MQ=255) aaTTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACt < 1:488385/91‑1 (MQ=255) aTTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACta < 1:739680/91‑1 (MQ=255) aTTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACta > 1:2462530/1‑91 (MQ=255) ccATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACtaata < 1:1681644/91‑1 (MQ=255) aTGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATaaa > 1:618191/1‑91 (MQ=255) tgtgGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATaaaa < 1:1683052/91‑1 (MQ=255) ggtgCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATgg > 1:3385591/1‑91 (MQ=255) tgCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCa > 1:1620610/1‑91 (MQ=255) tgCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCa > 1:1620531/1‑91 (MQ=255) cACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAAc > 1:537892/1‑91 (MQ=255) cTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGa < 1:1578662/91‑1 (MQ=255) cTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGa < 1:3332248/91‑1 (MQ=255) ttGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGAt < 1:132746/91‑1 (MQ=255) ttGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGAt < 1:2399206/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |