New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 789633 | 96 (0.980) | 8 (0.090) | 6/148 | NT | 8.0% | coding (137/1005 nt) | kipA_1 | KipI antagonist |
? | USA300TCH1516_ALE | = 789649 | 94 (1.030) | coding (153/1005 nt) | kipA_1 | KipI antagonist |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
ATATGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAGGGGGTAATGTCAAAGCTTAC > USA300TCH1516_ALE/789559‑789739 | atatGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGaa > 1:3836189/1‑91 (MQ=255) tatGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTCATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAg < 1:2520248‑M2/91‑2 (MQ=255) tatGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAg < 1:1137656‑M2/91‑2 (MQ=255) atGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAgc < 1:3420306‑M2/91‑3 (MQ=255) atGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAgc < 1:2750714‑M2/91‑3 (MQ=255) aaCATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAgcaac > 1:2865553‑M2/1‑86 (MQ=255) aCATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAgcaact < 1:1742482‑M2/91‑7 (MQ=255) aCATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAgcaact > 1:3514179‑M2/1‑85 (MQ=255) aCATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAgcaact < 1:1743311‑M2/91‑7 (MQ=255) cATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACtt > 1:3202780/1‑91 (MQ=255) atgGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGa < 1:2831998/91‑1 (MQ=255) atgGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGa > 1:733451/1‑91 (MQ=255) ggTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGaaa > 1:1975727/1‑91 (MQ=255) ggTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGaaa > 1:1664229/1‑91 (MQ=255) gtgtAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAAt > 1:1983268/1‑91 (MQ=255) tgtAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATg < 1:4057954/91‑1 (MQ=255) tAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGAc > 1:1353583/1‑91 (MQ=255) aaTTCGATGTGGTGCACTTGATACTATAGCACATGAAATGGCTAATCGATTAGGTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACt < 1:3861243/91‑1 (MQ=255) aaTTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACt < 1:364259/91‑1 (MQ=255) aaTTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACt < 1:488385/91‑1 (MQ=255) aTTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACta > 1:2462530/1‑91 (MQ=255) aTTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACta < 1:739680/91‑1 (MQ=255) ccATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACtaata < 1:1681644/91‑1 (MQ=255) aTGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATaaa > 1:618191/1‑91 (MQ=255) gtggtgCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAAt < 1:1713243/91‑1 (MQ=255) gtggtgCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAAt > 1:2293597/1‑91 (MQ=255) ggtgCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGATAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATgg < 1:3513301/91‑1 (MQ=255) ggtgCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATgg > 1:3385591/1‑91 (MQ=255) gtgCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGc < 1:1830324/91‑1 (MQ=255) tgCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCa > 1:1620610/1‑91 (MQ=255) cACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAAc > 1:537892/1‑91 (MQ=255) cTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGa < 1:1578662/91‑1 (MQ=255) cTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGa < 1:3332248/91‑1 (MQ=255) ttGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGAt < 1:132746/91‑1 (MQ=255) ttGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGAt < 1:2399206/91‑1 (MQ=255) ttGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGAt < 1:1931554/91‑1 (MQ=255) ttGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGAt < 1:603988/91‑1 (MQ=255) tACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGt > 1:3258390/1‑91 (MQ=255) ttAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTa < 1:2991114/91‑1 (MQ=255) ttAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTa > 1:1063912/1‑91 (MQ=255) tAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTAc > 1:290901/1‑91 (MQ=255) tAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTAc < 1:2791045/91‑1 (MQ=255) gCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAg > 1:2882182/1‑91 (MQ=255) gCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAg > 1:2882149/1‑91 (MQ=255) acaTGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGaa > 1:3062689/1‑91 (MQ=255) gAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTa > 1:3585150/1‑91 (MQ=255) gAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTa < 1:2506984/91‑1 (MQ=255) gAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTa < 1:1450151/91‑1 (MQ=255) aaaTTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTAc > 1:2320824/1‑91 (MQ=255) aaaTTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTAc > 1:2836736/1‑91 (MQ=255) aaTTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACg > 1:1370983/1‑91 (MQ=255) ttGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCt < 1:383687/91‑1 (MQ=255) ttGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCt > 1:1065201/1‑91 (MQ=255) tGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTg < 1:1540819/91‑1 (MQ=255) tGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTg < 1:1540938/91‑1 (MQ=255) gCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGa < 1:1510465/91‑1 (MQ=255) gCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGa > 1:3259561/1‑91 (MQ=255) gCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGa > 1:1452652/1‑91 (MQ=255) gCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGa < 1:3083852/91‑1 (MQ=255) cTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGAt < 1:3146287/91‑1 (MQ=255) cTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGAt < 1:1271054/91‑1 (MQ=255) aTCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGc < 1:3825030/91‑1 (MQ=255) 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aGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCa > 1:2138008/1‑91 (MQ=255) gTTGCAAATGACAAGAATGAAgcaactaatcgattagcaatttcatgtgctaaagtatcaagtgcaccacatggaattacaccatcatgtt < 1:2414110‑M2/91‑71 (MQ=255) gTTGCAAATGACAAGAATGAAgcaactaatcgattagcaatttcatgtgctaaagtatcaagtgcaccacatggaattacaccatcatgtt < 1:2414128‑M2/91‑71 (MQ=255) gTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAg > 1:203755/1‑91 (MQ=255) tGCAAATGACAAGAATGAAgcaactaatcgattagcaatttcatgtgctaaagtatcaagtgcaccacatggaattacaccatcatgttca < 1:2878207‑M2/91‑73 (MQ=255) tGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAggg > 1:1087648/1‑91 (MQ=255) gCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAgggg < 1:616988/91‑1 (MQ=255) cAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAggggg > 1:1999663/1‑91 (MQ=255) 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aCAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAGGGGGTAATGt > 1:817075/1‑91 (MQ=255) aCAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAGGGGGTAATGt < 1:750043/91‑1 (MQ=255) aCAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAGGGGGTAATGt > 1:3646428/1‑91 (MQ=255) aCAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAGGGGGTAATGt < 1:50845/91‑1 (MQ=255) aCAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAGGGGGTAATGt < 1:2266627/91‑1 (MQ=255) aaGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAGGGGGTAATGTCa > 1:4091061/1‑91 (MQ=255) aaGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAGGGGGTAACGTCa > 1:3462896/1‑91 (MQ=255) tGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAGGGGGTAATGTCAAAGCt < 1:2367257/91‑1 (MQ=255) tGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAGGGGGTAATGTCAAAGCt < 1:2549125/91‑1 (MQ=255) gAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAGGGGGTAATGTCAAAGCtt > 1:1565505/1‑91 (MQ=255) gAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAGGGGGTAATGTCAAAGCtt > 1:3775128/1‑91 (MQ=255) gAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAGGGGGTAATGTCAAAGCtt > 1:2234070/1‑91 (MQ=255) gAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAGGGGGTAATGTCAAAGCtt < 1:814609/91‑1 (MQ=255) aGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAGGGGGTAATGTCAAAGCTTac < 1:1830596/91‑1 (MQ=255) | ATATGAACATGATGGTGTAATTCCATGTGGTGCACTTGATACTTTAGCACATGAAATTGCTAATCGATTAGTTGCAAATGACAAGAATGAAGCAACTTTGGAAATGACTAATAAAATGGCAACGATTCGTTTTACAGAACCTACGCTGATTGCATTAGCAGGGGGTAATGTCAAAGCTTAC > USA300TCH1516_ALE/789559‑789739 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |