New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1119593 = | 104 (1.060) | 8 (0.100) | 4/136 | NT | 9.4% | intergenic (+12/+297) | typA/USA300HOU_RS05545 | GTP‑binding protein TypA/BipA/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1119635 = | 65 (0.780) | intergenic (+54/+255) | typA/USA300HOU_RS05545 | GTP‑binding protein TypA/BipA/hypothetical protein |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
AAGCGTATCAAACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACTTTCACATTTTCAAATTTCTAACTTGTTTATTCAGATATTAA > USA300TCH1516_ALE/1119546‑1119724 | aaGCGTATCAAACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTgg > 1:2229863/1‑91 (MQ=255) aaGCGTATCAAACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTgg < 1:1941103/91‑1 (MQ=255) aaGCGTATCAAACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTgg > 1:3734172/1‑91 (MQ=255) aaacaaaTGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATataata < 1:3653426/91‑1 (MQ=255) aaacaaaTGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATataata < 1:3653380/91‑1 (MQ=255) acaaaTGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATAtt > 1:2681810/1‑91 (MQ=255) caaaTGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATAttt < 1:3504557/91‑1 (MQ=255) caaaTGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATAttt < 1:3506488/91‑1 (MQ=255) aaaTGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTg < 1:3405070/91‑1 (MQ=255) aaTGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGa > 1:3943096/1‑91 (MQ=255) atgatgCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGaa < 1:316987/91‑1 (MQ=255) gatgCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGaaaa > 1:2571836/1‑91 (MQ=255) atgCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGaaaaa < 1:3280958/91‑1 (MQ=255) atgCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGaaaaa > 1:3261693/1‑91 (MQ=255) atgCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGaaaaa < 1:3280986/91‑1 (MQ=255) atgCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGaaaaa > 1:3515313/1‑91 (MQ=255) atgCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGaaaaa > 1:4118251/1‑91 (MQ=255) atgCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGaaaaa > 1:4118286/1‑91 (MQ=255) atgCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGaaaaa < 1:1445575/91‑1 (MQ=255) atgCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGaaaaa < 1:1446050/91‑1 (MQ=255) tgCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAg < 1:467527/91‑1 (MQ=255) gCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAgt > 1:3129791/1‑91 (MQ=255) gCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAgt > 1:3876439/1‑91 (MQ=255) cAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAgtg < 1:4127258/91‑1 (MQ=255) aaGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAgtgt < 1:538073/91‑1 (MQ=255) aGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGTAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGTCATATAATATTTGAAAAAGTGtt < 1:3284750/91‑1 (MQ=255) aaaaCGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTa < 1:71478/91‑1 (MQ=255) gAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGc < 1:580338/91‑1 (MQ=255) gAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGc < 1:2490124/91‑1 (MQ=255) aataatTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCt < 1:800740/91‑1 (MQ=255) aataatTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCt > 1:363418/1‑91 (MQ=255) ataatTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCta > 1:437754/1‑91 (MQ=255) ataatTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGATTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCta > 1:4137091/1‑91 (MQ=255) taatTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCtat < 1:2018075/91‑1 (MQ=255) taatTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCtat < 1:3670366/91‑1 (MQ=255) taatTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCtat > 1:3716056/1‑91 (MQ=255) taatTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCtat < 1:2576069/91‑1 (MQ=255) aatTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCtatt > 1:1945741/1‑91 (MQ=255) atTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCtatta < 1:2042507/91‑1 (MQ=255) atTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCtatta < 1:902264/91‑1 (MQ=255) tttAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCtattat > 1:1002149/1‑91 (MQ=255) tttAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCtattat > 1:549219/1‑91 (MQ=255) ttAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTattatt > 1:620707/1‑91 (MQ=255) tAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTAttt > 1:1405348/1‑91 (MQ=255) aCATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTcc < 1:3509635/91‑1 (MQ=255) cATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCt < 1:2841711/91‑1 (MQ=255) cATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCt < 1:3096656/91‑1 (MQ=255) aataaAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGtt > 1:2868722/1‑91 (MQ=255) ataaAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTa > 1:3049256/1‑91 (MQ=255) AAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACt > 1:3802767‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACt > 1:3610212‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACtt > 1:2683714‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACtt > 1:587949‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACttt > 1:2644974‑M1/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |