BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	= 1227656	89 (0.910)	10 (0.110)	8/148	NT	10.7%	coding (125/489 nt)	def1	Peptide deformylase 1
*	?	USA300TCH1516_ALE	= 1227672	85 (0.930)	10 (0.110)	8/148	NT	10.7%	coding (141/489 nt)	def1	Peptide deformylase 1

Only 100 of 117 total aligned reads displayed.

CGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTGTTAATCCGAAAATTATT  >  USA300TCH1516_ALE/1227584‑1227762

cgcAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTAtg                                                                                          <  1:2175879‑M2/91‑3 (MQ=255)

cgcAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTAtg                                                                                          <  1:584033‑M2/91‑3 (MQ=255)

 gcAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTAtgt                                                                                         <  1:240231‑M2/91‑4 (MQ=255)

 gcAAGCAGTGAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTAtgt                                                                                         >  1:3979408‑M2/1‑88 (MQ=255)

  cAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTAtgtg                                                                                        >  1:1359309‑M2/1‑87 (MQ=255)

   aaGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTAtgtgc                                                                                       >  1:3822120‑M2/1‑86 (MQ=255)

   aaGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTAtgtgc                                                                                       <  1:2177395‑M2/91‑6 (MQ=255)

   aaGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTAtgtgc                                                                                       >  1:476959‑M2/1‑86 (MQ=255)

       aGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCt                                                                                   <  1:1086257/91‑1 (MQ=255)

       aGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCt                                                                                   <  1:4039013/91‑1 (MQ=255)

       aGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCt                                                                                   <  1:3829143/91‑1 (MQ=255)

       aGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCt                                                                                   <  1:3131831/91‑1 (MQ=255)

       aGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCt                                                                                   <  1:984350/91‑1 (MQ=255)

        gTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTc                                                                                  >  1:3066529/1‑91 (MQ=255)

          tAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCaa                                                                                <  1:110896/91‑1 (MQ=255)

            aaaCATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAAt                                                                              <  1:3388269/91‑1 (MQ=255)

              aCATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTa                                                                            <  1:3289926/91‑1 (MQ=255)

              aCATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTa                                                                            <  1:3290543/91‑1 (MQ=255)

                  ttGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCa                                                                        >  1:3346603/1‑91 (MQ=255)

                  ttGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCa                                                                        >  1:3345671/1‑91 (MQ=255)

                    gatgatTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGt                                                                      >  1:1718552/1‑91 (MQ=255)

                      tgatTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCa                                                                    <  1:1373996/91‑1 (MQ=255)

                           cGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCa                                                               <  1:3826098/91‑1 (MQ=255)

                             ttAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAg                                                             >  1:2235243/1‑91 (MQ=255)

                             ttAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAg                                                             >  1:2235453/1‑91 (MQ=255)

                             ttAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAg                                                             <  1:879663/91‑1 (MQ=255)

                              tAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGt                                                            <  1:3989745/91‑1 (MQ=255)

                              tAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGt                                                            <  1:3988176/91‑1 (MQ=255)

                               aaaaaGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTg                                                           <  1:3920951/91‑1 (MQ=255)

                               aaaaaGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTg                                                           <  1:3920823/91‑1 (MQ=255)

                               aaaaaGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTg                                                           >  1:55556/1‑91 (MQ=255)

                                 aaaGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGTAAGTGGc                                                         >  1:2064330/1‑91 (MQ=255)

                                 aaaGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGc                                                         >  1:1073939/1‑91 (MQ=255)

                                 aaaGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGc                                                         >  1:3844656/1‑91 (MQ=255)

                                 aaaGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGc                                                         >  1:1073728/1‑91 (MQ=255)

                                 aaaGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGc                                                         <  1:3960769/91‑1 (MQ=255)

                                  aaGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCa                                                        <  1:2398484/91‑1 (MQ=255)

                                  aaGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCa                                                        <  1:2218075/91‑1 (MQ=255)

                                   aGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCaa                                                       >  1:369821/1‑91 (MQ=255)

                                      ttattaCAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAatta                                                    >  1:2887958/1‑91 (MQ=255)

                                       tattaCAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAattat                                                   >  1:2723311/1‑91 (MQ=255)

                                       tattaCAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAattat                                                   >  1:2723321/1‑91 (MQ=255)

                                         ttaCAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAattaaat                                                 <  1:4011211/91‑4 (MQ=255)

                                          taCAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGa                                                >  1:2488353/1‑91 (MQ=255)

                                          taCAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGa                                                <  1:2687166/91‑1 (MQ=255)

                                          taCAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGa                                                <  1:2677294/91‑1 (MQ=255)

                                              aGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATatg                                            <  1:2620661/91‑1 (MQ=255)

                                              aGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATatg                                            <  1:3897422/91‑1 (MQ=255)

                                                aTTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATatgga                                          >  1:2268321/1‑91 (MQ=255)

                                                  ttAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATatggaaa                                        >  1:1677974/1‑91 (MQ=255)

                                                   tAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATatggaaat                                       >  1:2931562/1‑91 (MQ=255)

                                                    agaagaTACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATatggaaatg                                      >  1:849012/1‑91 (MQ=255)

                                                     gaagaTACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATatggaaatgg                                     >  1:1049672/1‑91 (MQ=255)

                                                     gaagaTACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATatggaaatgg                                     >  1:102456/1‑91 (MQ=255)

                                                         aTACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAgg                                 <  1:962285/91‑1 (MQ=255)

                                                         aTACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAgg                                 <  1:962254/91‑1 (MQ=255)

                                                         aTACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAgg                                 <  1:962215/91‑1 (MQ=255)

                                                         aTACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAgg                                 <  1:540344/91‑1 (MQ=255)

                                                            cAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGatt                              <  1:3616618/91‑1 (MQ=255)

                                                             aaTGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGatta                             <  1:2949062/91‑1 (MQ=255)

                                                             aaTGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGatta                             <  1:2948744/91‑1 (MQ=255)

                                                              aTGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTAtgtgcatacattgtatcttctaaatcttgtaataatctttttaacgaatcatcaaatgttttaa                            <  1:2187613‑M2/91‑65 (MQ=255)

                                                              aTGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGattat                            <  1:2100149/91‑1 (MQ=255)

                                                              aTGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGattat                            <  1:2100150/91‑1 (MQ=255)

                                                              aTGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGattat                            <  1:366582/91‑1 (MQ=255)

                                                               tGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGattatt                           <  1:752024/91‑1 (MQ=255)

                                                               tGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGattatt                           <  1:2039264/91‑1 (MQ=255)

                                                               tGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGattatt                           >  1:3446772/1‑91 (MQ=255)

                                                                gTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTAtgtgcatacattgtatcttctaaatcttgtaataatctttttaacgaatcatcaaatgttttaact                          <  1:1560184‑M2/91‑67 (MQ=255)

                                                                gTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTAtgtgcatacattgtatcttctaaatcttgtaataatctttttaacgaatcatcaaatgttttaact                          <  1:1559732‑M2/91‑67 (MQ=255)

                                                                gTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGAttatta                          <  1:3552027/91‑1 (MQ=255)

                                                                gTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGAttatta                          >  1:1711990/1‑91 (MQ=255)

                                                                gTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGAttatta                          <  1:3551850/91‑1 (MQ=255)

                                                                 tATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTAtgtgcatacattgtatcttctaaatcttgtaataatctttttaacgaatcatcaaatgttttaactg                         <  1:735077‑M2/91‑68 (MQ=255)

                                                                    gCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAAc                      >  1:915976/1‑91 (MQ=255)

                                                                    gCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAAc                      <  1:1593817/91‑1 (MQ=255)

                                                                     cacaAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGTAGGATTATTACAACt                     <  1:2179567/91‑1 (MQ=255)

                                                                      acaAGAAGCTGCTGGCTTAtgtgcatacattgtatcttctaaatcttgtaataatctttttaacgaatcatcaaatgttttaactgcttgc                    <  1:1918713‑M2/91‑73 (MQ=255)

                                                                      acaAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACtt                    >  1:3068725/1‑91 (MQ=255)

                                                                       caAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCCAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTg                   >  1:3284384/1‑91 (MQ=255)

                                                                       caAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTg                   <  1:621712/91‑1 (MQ=255)

                                                                          gaagCTGCTGGCTTAtgtgcatacattgtatcttctaaatcttgtaataatctttttaacgaatcatcaaatgttttaactgcttgcgctt                <  1:2934131‑M2/91‑77 (MQ=255)

                                                                           aagCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTGTTaa               >  1:2978634/1‑91 (MQ=255)

                                                                            agCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTGTTAAt              <  1:1256407/91‑1 (MQ=255)

                                                                             gctgctGGCTTAtgtgcatacattgtatcttctaaatcttgtaataatctttttaacgaatcatcaaatgttttaactgcttgcgcttttt             <  1:449781‑M2/91‑80 (MQ=255)

                                                                             gctgctGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTGTTAATc             >  1:7605/1‑91 (MQ=255)

                                                                             gctgctGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTGTTAATc             >  1:3135755/1‑91 (MQ=255)

                                                                              ctgctgGCTTAtgtgcatacattgtatcttctaaatcttgtaataatctttttaacgaatcatcaaatgttttaactgcttgcgctttttt            <  1:3693475‑M2/91‑81 (MQ=255)

                                                                              ctgctgGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTTATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTGTTAATcc            <  1:3510634/91‑1 (MQ=255)

                                                                               tgctgGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTGTTAATCCg           <  1:3486230/91‑1 (MQ=255)

                                                                               tgctgGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTGTTAATCCg           <  1:1786297/91‑1 (MQ=255)

                                                                               tgctgGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTGTTAATCCg           >  1:2819344/1‑91 (MQ=255)

                                                                                gctgGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTGTTAATCCGa          <  1:450022/91‑1 (MQ=255)

                                                                                gctgGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTGTTAATCCGa          >  1:1641878/1‑91 (MQ=255)

                                                                                gctgGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTGTTAATCCGa          >  1:2800621/1‑91 (MQ=255)

                                                                                gctgGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACATGTTAATCCGa          >  1:3767538/1‑91 (MQ=255)

                                                                                   ggCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTGTTAATCCGaaaa       <  1:3823300/91‑1 (MQ=255)

                                                                                     cTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTGTTAATCCGAAAatt     >  1:2349541/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       tATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTGTTAATCCGAAAattat   <  1:1905520/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        aTGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTGTTAATCCGAAAattatt  >  1:1462702/1‑91 (MQ=255)

CGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAGCTGCTGGCTTATGTGCACCTCAAATTAATCAGTCATTGCAAGTGGCAATTATTGATATGGAAATGGAAGGATTATTACAACTTGTTAATCCGAAAATTATT  >  USA300TCH1516_ALE/1227584‑1227762

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.