New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1303447 | 103 (1.050) | 8 (0.090) | 5/138 | NT | 8.0% | coding (61/1266 nt) | USA300HOU_RS06440 | putative zinc protease |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1303460 | 96 (1.130) | coding (74/1266 nt) | USA300HOU_RS06440 | putative zinc protease |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TAGAGGAGGCTATATATTTGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCAACTAAGAAATGGCC > USA300TCH1516_ALE/1303370‑1303550 | taGAGGAGGCTATATATTTGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGt > 1:612935/1‑91 (MQ=255) taGAGGAGGCTATATATTTGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGt < 1:3231246/91‑1 (MQ=255) agagGAGGCTATATATTTGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTt < 1:2869006‑M2/91‑2 (MQ=255) agagGAGGCTATATATTTGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTt < 1:2868848‑M2/91‑2 (MQ=255) aggaggCTATATATTTGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTttt > 1:592126‑M2/1‑88 (MQ=255) aggaggCTATATATTTGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTttt < 1:2943915‑M2/91‑4 (MQ=255) gaggCTATATATTTGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTtttta < 1:458411‑M2/91‑6 (MQ=255) gCTATATATTTGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTttttaaat < 1:3742586‑M2/91‑9 (MQ=255) gCTATATATTTGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTttttaaat > 1:1064237‑M2/1‑83 (MQ=255) atatTTGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATg < 1:135537/91‑1 (MQ=255) tatTTGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTACAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATgg > 1:3333078/1‑91 (MQ=255) tatTTGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATgg > 1:767712/1‑91 (MQ=255) tatTTGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATgg < 1:2850146/91‑1 (MQ=255) tatTTGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATgg < 1:1838167/91‑1 (MQ=255) tatTTGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATAAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATgg < 1:3816043/91‑1 (MQ=255) ttGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCAc < 1:960377/91‑1 (MQ=255) ttGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCAc < 1:1251377/91‑1 (MQ=255) aGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCtt < 1:577664/91‑1 (MQ=255) aGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCtt < 1:546114/91‑1 (MQ=255) gTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCttt < 1:2356675/91‑1 (MQ=255) gTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCttt < 1:275232/91‑1 (MQ=255) aGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAg > 1:4065968/1‑91 (MQ=255) aGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAg > 1:2758373/1‑91 (MQ=255) cAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAat > 1:3805032/1‑91 (MQ=255) cAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAat > 1:3613006/1‑91 (MQ=255) aaTCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAata > 1:2355649/1‑91 (MQ=255) aaTCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAata < 1:2025269/91‑1 (MQ=255) aaTCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAata < 1:2025140/91‑1 (MQ=255) aaTCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAata < 1:713540/91‑1 (MQ=255) aaTCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAata < 1:3798793/91‑1 (MQ=255) aTCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAatat > 1:3254857/1‑91 (MQ=255) aTCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAatat > 1:3254918/1‑91 (MQ=255) tcAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGac > 1:837818/1‑91 (MQ=255) tcAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGac < 1:1426371/91‑1 (MQ=255) tcAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGac > 1:517304/1‑91 (MQ=255) tcAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGac < 1:1426360/91‑1 (MQ=255) tcAACCAAATATACACAACACAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTATTTAAATTTCTGGCACCTATAGAATATGac > 1:1233940/1‑91 (MQ=255) aaCCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGacac < 1:2142072/91‑1 (MQ=255) aCCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGAcaca < 1:765931/91‑1 (MQ=255) aCCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGAcaca < 1:1180692/91‑1 (MQ=255) cAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACTCAAt > 1:3450489/1‑91 (MQ=255) aaTATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATaa < 1:2569378/91‑1 (MQ=255) ataCATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAg > 1:1914887/1‑91 (MQ=255) aCATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCt < 1:1967779/91‑1 (MQ=255) aCATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCt < 1:1967397/91‑1 (MQ=255) aCATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCt > 1:2257/1‑91 (MQ=255) atatCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAg < 1:4101634/91‑1 (MQ=255) atatCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAg < 1:3997804/91‑1 (MQ=255) tatCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGa < 1:2291427/91‑1 (MQ=255) tCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATc < 1:3687463/91‑1 (MQ=255) tCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATc > 1:1366656/1‑91 (MQ=255) tCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATc > 1:1366457/1‑91 (MQ=255) aaGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAACTTTATGGCACCTTTAGCATATGACACAATAACAGCTAGATCatt > 1:1718903/1‑91 (MQ=255) aaGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCatt > 1:1718419/1‑91 (MQ=255) tttCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCattatt < 1:1744973/91‑1 (MQ=255) tCACCGACAACTAAATTTAAAACAAGTACTATAGTTTTTCAATTTATGGCACCGTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTaa < 1:3863967/91‑1 (MQ=255) tCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTaa < 1:1196214/91‑1 (MQ=255) tCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTaa < 1:359871/91‑1 (MQ=255) tCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTaa > 1:4033779/1‑91 (MQ=255) cACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAg > 1:1333863/1‑91 (MQ=255) cACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAg > 1:237825/1‑91 (MQ=255) cACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAg > 1:1154220/1‑91 (MQ=255) aCCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGc > 1:3993417/1‑91 (MQ=255) ccAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCa > 1:1522503/1‑91 (MQ=255) ccAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCa > 1:2325501/1‑91 (MQ=255) caacaaCTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCaa > 1:2143263/1‑91 (MQ=255) caacTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAatt > 1:1149835/1‑91 (MQ=255) aacTAAATTTAACACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAatta > 1:3187958/1‑91 (MQ=255) aacTAAATTTAAAACAACTACTATAGTttttaaatttagttgttggtgaaactttgatatgtatatttggttgagattgtctactcaaata < 1:2017145‑M2/91‑65 (MQ=255) aacTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAatta > 1:2133564/1‑91 (MQ=255) cTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATTACAGCTAGATCATTATTAAGCAAattatt > 1:3303012/1‑91 (MQ=255) cTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAattatt < 1:3432688/91‑1 (MQ=255) tAAATTTAAAACAACTACTATAGTttttaaatttagttgttggtgacactttgatatgtatatttggttgagattgtctactcaaatatat < 1:3292966‑M2/91‑68 (MQ=255) tAAATTTAAAACAACTACTATAGTttttaaatttagttgttggtgacactttgatatgtatatttggttgagattgtctactcaaatatat < 1:3291282‑M2/91‑68 (MQ=255) aaaTTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAg < 1:1442656/91‑1 (MQ=255) aaaTTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAg < 1:82725/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAAACAACTACTATAGTttttaaatttagttgttggtgaaactttgatatgtatatttggttgagattgtctactcaaatatatag < 1:1231444‑M2/91‑70 (MQ=255) aaTTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGt > 1:3708724/1‑91 (MQ=255) aTTTAAAACAACTACTATAGTttttaaatttagttgttggtgaaactttgatatgtatatttggttgagattgtctactcaaatatatagc < 1:2267300‑M2/91‑71 (MQ=255) ttAAAACAACTACTATAGTttttaaatttagttgttggtgaaactttgatatgtatatttggttgagattgtctactcaaatatatagcct < 1:3878659‑M2/91‑73 (MQ=255) ttAAAACAACTACTATAGTttttaaatttagttgttggtgaaactttgatatgtatatttggttgagattgtctactcaaatatatagcct < 1:1601867‑M2/91‑73 (MQ=255) ttAAAACAACTACTATAGTttttaaatttagttgttggtgaaactttgatatgtatatttggttgagattgtctactcaaatatatagcct < 1:1601866‑M2/91‑73 (MQ=255) tAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGa < 1:911539/91‑1 (MQ=255) aaaCGACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCCAGc > 1:3271746/1‑91 (MQ=255) aacaacTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCa < 1:577040/91‑1 (MQ=255) aacaacTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCa < 1:1533815/91‑1 (MQ=255) aacaacTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCa > 1:950724/1‑91 (MQ=255) aacTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCAACt < 1:941453/91‑1 (MQ=255) aacTACTATAGTTTTTAAATTTATGACACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCAACt < 1:3859418/91‑1 (MQ=255) actactATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCAACTa > 1:3055101/1‑91 (MQ=255) actactATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCAACTa > 1:3999867/1‑91 (MQ=255) actactATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCAACTa > 1:3811959/1‑91 (MQ=255) ctactaTAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCAACTaa > 1:135694/1‑91 (MQ=255) actaTAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCAACTAAGa < 1:552113/91‑1 (MQ=255) ctaTAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCAACTAAGaa > 1:4104819/1‑91 (MQ=255) ataGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCAACTAAGAAAt > 1:1096143/1‑91 (MQ=255) ataGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCAACTAAGAAAt > 1:1090986/1‑91 (MQ=255) taGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCAACTAAGAAATg < 1:822214/91‑1 (MQ=255) aGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCAACTAAGAAATgg > 1:1651338/1‑91 (MQ=255) gTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCAACTAAGAAATGGc < 1:3497396/91‑1 (MQ=255) | TAGAGGAGGCTATATATTTGAGTAGACAATCTCAACCAAATATACATATCAAAGTTTCACCAACAACTAAATTTAAAACAACTACTATAGTTTTTAAATTTATGGCACCTTTAGAATATGACACAATAACAGCTAGATCATTATTAAGCAAATTATTAGTTCGAGCAACTAAGAAATGGCC > USA300TCH1516_ALE/1303370‑1303550 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |