New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1838263 | 89 (0.910) | 9 (0.100) | 7/140 | NT | 9.7% | intergenic (‑67/+40) | gph_2/nagE | Phosphoglycolate phosphatase/PTS system N‑acetylglucosamine‑specific EIICBA component |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1838279 | 90 (1.050) | intergenic (‑83/+24) | gph_2/nagE | Phosphoglycolate phosphatase/PTS system N‑acetylglucosamine‑specific EIICBA component |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TTCTTCACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAA > USA300TCH1516_ALE/1838189‑1838369 | ttcttcACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGa < 1:112374/91‑1 (MQ=255) ttcttcACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGa < 1:1612967/91‑1 (MQ=255) cttcACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtt < 1:2239800‑M2/91‑3 (MQ=255) cttcACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtt > 1:615635‑M2/1‑89 (MQ=255) cttcACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtt > 1:2417671‑M2/1‑89 (MQ=255) cttcACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTAAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtt > 1:2020700‑M2/1‑89 (MQ=255) ttcACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCATATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCGATTGAAGTTAGAttt > 1:3531796‑M2/1‑88 (MQ=255) acaATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtttgcg < 1:770366‑M2/91‑7 (MQ=255) caATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtttgcgc > 1:2031624‑M2/1‑84 (MQ=255) caATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtttgcgc < 1:1673718‑M2/91‑8 (MQ=255) aTCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtttgcgctt > 1:1372292‑M2/1‑82 (MQ=255) aTCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtttgcgctt > 1:2721473‑M2/1‑82 (MQ=255) tCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtttgcgcttt > 1:2924527‑M2/1‑81 (MQ=255) tCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGAtttgcgcttt > 1:2924452‑M2/1‑81 (MQ=255) ccccACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTa > 1:3449437/1‑91 (MQ=255) ccccACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTa < 1:2334491/91‑1 (MQ=255) ccACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGc > 1:1921151/1‑91 (MQ=255) ccACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGc > 1:2778305/1‑91 (MQ=255) cACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCt > 1:2211643/1‑91 (MQ=255) cACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCt > 1:3805634/1‑91 (MQ=255) cACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCt > 1:2357171/1‑91 (MQ=255) cACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCt > 1:196151/1‑91 (MQ=255) aCTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTg < 1:3697365/91‑1 (MQ=255) cTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGt < 1:2131955/91‑1 (MQ=255) cTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGt < 1:2438183/91‑1 (MQ=255) tCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGtt < 1:1928727/91‑1 (MQ=255) tCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGtt < 1:585093/91‑1 (MQ=255) tCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTAGTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGtt > 1:3504848/1‑91 (MQ=255) ccATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGttt < 1:2152886/91‑1 (MQ=255) ccATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGttt < 1:1993301/91‑1 (MQ=255) aTTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTaa < 1:1238299/91‑1 (MQ=255) ttCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAAt < 1:1034798/91‑1 (MQ=255) aaaaTTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTtat < 1:1046105/91‑1 (MQ=255) aaaaTTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTtat < 1:1252412/91‑1 (MQ=255) aaaTTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTtata < 1:987654/91‑1 (MQ=255) aaaTTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTtata < 1:987527/91‑1 (MQ=255) aaaTTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTtata < 1:3074767/91‑1 (MQ=255) aaTTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATaa < 1:1281473/91‑1 (MQ=255) aaTTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATaa < 1:2633030/91‑1 (MQ=255) cAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGt < 1:345567/91‑1 (MQ=255) cAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGt < 1:344821/91‑1 (MQ=255) gATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGttt < 1:3070235/91‑1 (MQ=255) atatAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGtttt < 1:2927557/91‑1 (MQ=255) atatAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGtttt > 1:25859/1‑91 (MQ=255) atatAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGtttt > 1:1363523/1‑91 (MQ=255) tataAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGttttt < 1:2911956/91‑1 (MQ=255) cATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtc < 1:3471140/91‑1 (MQ=255) cATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtc < 1:1789278/91‑1 (MQ=255) cATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtc < 1:1206080/91‑1 (MQ=255) ttCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtcat < 1:3448918/91‑1 (MQ=255) tCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtcatc > 1:36053/1‑91 (MQ=255) tCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtcatc > 1:2884161/1‑91 (MQ=255) tCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtcatc < 1:29310/91‑1 (MQ=255) ttGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACct < 1:1519322/91‑1 (MQ=255) 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aaaaaaGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTAc < 1:298360/91‑1 (MQ=255) aaaaGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACgt < 1:1738577/91‑1 (MQ=255) aaaGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACgtg > 1:2664066/1‑91 (MQ=255) aaGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACgtgt > 1:786048/1‑91 (MQ=255) aaGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTATAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACgtgt > 1:3600129/1‑91 (MQ=255) aGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACgtgtg > 1:344987/1‑91 (MQ=255) cgcAAACCCTATTGAAGTTAGAtttgcgctttttttagtcaaatagtagaatgatttatatctgaattttcagaaatggagtggggattgt < 1:314550‑M2/91‑70 (MQ=255) gcAAACCCTATTGAAGTTAGAtttgcgctttttttagtcaaatagtagaatgatttatatctgaattttcagaaatggagtggggattgtg < 1:3155256‑M2/91‑71 (MQ=255) gcAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTAc < 1:2925316/91‑1 (MQ=255) cAAACCCTATTGAAGTTAGAtttgcgctttttttagtcaaatagtagaatgatttatatctgaattttcagaaatggagtggggattgtga < 1:2911123‑M2/91‑72 (MQ=255) cAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTAcc > 1:841778/1‑91 (MQ=255) cAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTAcc > 1:668320/1‑91 (MQ=255) cAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTAcc < 1:1252053/91‑1 (MQ=255) cAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTAcc < 1:1644852/91‑1 (MQ=255) aaaCCCTATTGAAGTTAGAtttgcgctttttttagtcaaatagtagaatgatttatatctgaattttcagaaatggagtggggattgtgaa < 1:1381945‑M2/91‑73 (MQ=255) aaaCCCTATTGAAGTTAGAtttgcgctttttttagtcaaatagtagaatgatttatatctgaattttcagaaatggagtggggattgtgaa < 1:1381522‑M2/91‑73 (MQ=255) aaCCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGa > 1:3946992/1‑91 (MQ=255) aaCCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGa > 1:4057838/1‑91 (MQ=255) aaCCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCGTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGa < 1:3845510/91‑1 (MQ=255) aCCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGAc < 1:870421/91‑1 (MQ=255) aCCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGAc < 1:1451715/91‑1 (MQ=255) cccTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACa > 1:1457323/1‑91 (MQ=255) cccTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACa > 1:2644751/1‑91 (MQ=255) cccTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATCTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACa > 1:3400162/1‑91 (MQ=255) cTATTGAAGTTAGAtttgcgctttttttagtcaaatagtagaatgatttatatctgaattttcagaaatggagtggggattgtgaagaaaa < 1:1425220‑M2/91‑78 (MQ=255) aTTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATaa > 1:363846/1‑91 (MQ=255) tGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACt < 1:1957325/91‑1 (MQ=255) aaGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTg > 1:2769976/1‑91 (MQ=255) gTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAg < 1:3039172/91‑1 (MQ=255) ttAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGt > 1:1827940/1‑91 (MQ=255) ttAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGt > 1:3924399/1‑91 (MQ=255) ttAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGt < 1:2275875/91‑1 (MQ=255) tAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGtt < 1:3633056/91‑1 (MQ=255) tAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGtt < 1:2241959/91‑1 (MQ=255) aGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTg < 1:1282880/91‑1 (MQ=255) aGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTg > 1:3398354/1‑91 (MQ=255) aGATTTGCGCTGTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTg < 1:3764295/91‑1 (MQ=255) aTTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGaa < 1:4071318/91‑1 (MQ=255) | TTCTTCACAATCCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAA > USA300TCH1516_ALE/1838189‑1838369 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |