| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1870532 = | 77 (0.780) | 14 (0.160) | 8/144 | NT | 18.1% | intergenic (‑19/+531) | srkA/dat | Stress response kinase A/D‑alanine aminotransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1870584 = | 57 (0.640) | intergenic (‑71/+479) | srkA/dat | Stress response kinase A/D‑alanine aminotransferase | |||||
ATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTAAATTTAAATCGT > USA300TCH1516_ALE/1870495‑1870673 | aTTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTta > 1:229652/1‑91 (MQ=255) tGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTtata > 1:3573221/1‑91 (MQ=255) tggacataatatttgtaccagtatggtgttataAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAac > 1:1548631‑M1/34‑91 (MQ=255) atatAACTGTTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAac < 1:3727963/91‑1 (MQ=255) aTAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAac < 1:2336083/91‑1 (MQ=255) aTAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAac < 1:1121932/91‑1 (MQ=255) tAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAaca > 1:1681861/1‑91 (MQ=255) tAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAaca > 1:1435787/1‑91 (MQ=255) aaaCTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACAcc > 1:3609890/1‑91 (MQ=255) aaaCTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACAcc < 1:875205/91‑1 (MQ=255) cTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATa > 1:230001/1‑91 (MQ=255) gCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACt > 1:2116073/1‑91 (MQ=255) gCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACt > 1:273544/1‑91 (MQ=255) tCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTgg < 1:1218789/91‑1 (MQ=255) ccAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGt > 1:3663915/1‑91 (MQ=255) ccAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGt < 1:506066/91‑1 (MQ=255) cACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAAtatta > 1:2635716/1‑91 (MQ=255) gttataaattagaatatatggctcttgaaaaacctatttctagagccattttctaattTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCa > 1:1548631‑M2/59‑91 (MQ=255) aCTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCa > 1:3805444/1‑91 (MQ=255) cTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAg < 1:1050804/91‑1 (MQ=255) tttCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGa < 1:2152793/91‑1 (MQ=255) tCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATa > 1:832530/1‑91 (MQ=255) cAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATaa > 1:1188506/1‑91 (MQ=255) ttagaatatatggctcttgaaaaacctatttctagagccatatattctaattTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAat > 1:1228420‑M2/53‑91 (MQ=255) aattagaatatatggctcttgaaaaacctatttctagagccattttctaattTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAat > 1:2453219‑M2/53‑91 (MQ=255) attagaatatatggctcttgaaaaacctatttctagagccattttctaattTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAatt > 1:1431294‑M2/52‑91 (MQ=255) attagaatatatggctcttgaaaaacctatttctagagccattttctaattTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAatt > 1:3712414‑M2/52‑91 (MQ=255) attagaatatatggctcttgaaaaacctatttctagagccattttctaattTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAatt > 1:1431829‑M2/52‑91 (MQ=255) attagaatatatggctcttgaaaaacctatttctagagccattttctaattTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAatt > 1:63579‑M2/52‑91 (MQ=255) ttagaatatatggctcttgaaaaacctatttctagagccattttctaattTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAatta > 1:2091733‑M2/51‑91 (MQ=255) ttagaatatatggctcttgaaaaacctatttctagagccattttctaattTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAatta > 1:1422407‑M2/51‑91 (MQ=255) TTAGAAAATGGCTCTAGGAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAatta > 1:3547177‑M1/1‑91 (MQ=255) TTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAatta > 1:426349‑M1/1‑91 (MQ=255) GAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTATAAATATTATGTCCAGATAATTATTg < 1:3872609‑M1/91‑1 (MQ=255) GAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTg > 1:3608251‑M1/1‑91 (MQ=255) GAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTg < 1:3464874‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTaa < 1:1881313/91‑1 (MQ=255) aTGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTaaa < 1:1840276/91‑1 (MQ=255) aTGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTaaa > 1:1813311/1‑91 (MQ=255) tGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAAt > 1:2755092/1‑91 (MQ=255) ggCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATc > 1:1561991/1‑91 (MQ=255) ggCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATc > 1:1561883/1‑91 (MQ=255) ggCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATc > 1:1561884/1‑91 (MQ=255) gctcttgaaaaacctatttctagagccatatattctaattTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATcc > 1:2682330‑M2/41‑91 (MQ=255) gCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATcc < 1:3486509/91‑1 (MQ=255) gCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATcc > 1:2427202/1‑91 (MQ=255) ggctcttgaaaaacctatttctagagccattttctaattTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCt > 1:1105405‑M2/40‑91 (MQ=255) tctAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTc > 1:1437144/1‑91 (MQ=255) ctAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCa > 1:3437060/1‑91 (MQ=255) ctAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCa < 1:3379109/91‑1 (MQ=255) tAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCaa < 1:1887048/91‑1 (MQ=255) tgaaaaacctatttctagagccatatattctaattTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAAc > 1:2435214‑M2/36‑91 (MQ=255) aaaacctatttctagagccatatattctaattTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCaa > 1:3210758‑M2/33‑91 (MQ=255) aTAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAAt > 1:3878232/1‑91 (MQ=255) aTAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAAt < 1:1794873/91‑1 (MQ=255) aTAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAAt > 1:3878089/1‑91 (MQ=255) tAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATg > 1:3661373/1‑91 (MQ=255) tAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATg > 1:3661498/1‑91 (MQ=255) ggTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGcc < 1:1105619/91‑1 (MQ=255) ggTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGcc > 1:617087/1‑91 (MQ=255) ggTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGcc < 1:1105730/91‑1 (MQ=255) gTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCt < 1:3009877/91‑1 (MQ=255) gTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCt > 1:1366080/1‑91 (MQ=255) tttttCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTa > 1:606848/1‑91 (MQ=255) tttttCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTa > 1:690858/1‑91 (MQ=255) ctatttctagagccattttctaattTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTAc > 1:417065‑M2/26‑91 (MQ=255) tttCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACa > 1:2314710/1‑91 (MQ=255) tttCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACa > 1:2315384/1‑91 (MQ=255) tttCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACa > 1:2314573/1‑91 (MQ=255) cAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTa > 1:3891049/1‑91 (MQ=255) aaGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTac < 1:2614538/91‑1 (MQ=255) aaGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGACTACATTac > 1:3984019/1‑91 (MQ=255) gagCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTacac > 1:2581156/1‑91 (MQ=255) gagCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTacac > 1:496396/1‑91 (MQ=255) gagCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATGATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTacac > 1:3674659/1‑91 (MQ=255) gCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGa > 1:4096594/1‑91 (MQ=255) gCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGa < 1:1610408/91‑1 (MQ=255) gCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGa < 1:1610105/91‑1 (MQ=255) ccATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGAc < 1:928021/91‑1 (MQ=255) atatatTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTa > 1:2700746/1‑91 (MQ=255) atatTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTaaa > 1:3384341/1‑91 (MQ=255) atatTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTaaa < 1:2424217/91‑1 (MQ=255) atatTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTaaa < 1:1628816/91‑1 (MQ=255) tatTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTAAAt > 1:2154137/1‑91 (MQ=255) atTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTAAAtt > 1:2331495/1‑91 (MQ=255) ttctaattTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTAAAttt > 1:1457413‑M2/9‑91 (MQ=255) taattTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTAAATTTaaa < 1:1098310‑M2/86‑1 (MQ=255) aattTATAACACCATACTGGTACCAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTAAATTTAAAt > 1:1294503‑M2/5‑91 (MQ=255) aattTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTAAATTTAAAt > 1:446515‑M2/5‑91 (MQ=255) attTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTAAATTTAAATc < 1:2977396‑M2/88‑1 (MQ=255) tTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTAAATTTAAATCGt < 1:2338665‑M2/90‑1 (MQ=255) tTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTAAATTTAAATCGt < 1:1710151‑M2/90‑1 (MQ=255) | ATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTAAATTTAAATCGT > USA300TCH1516_ALE/1870495‑1870673 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |