New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2014149 | 107 (1.090) | 9 (0.100) | 7/148 | NT | 7.6% | intergenic (+49/+212) | USA300HOU_RS10140/USA300HOU_RS10150 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2014182 | 119 (1.310) | intergenic (+82/+179) | USA300HOU_RS10140/USA300HOU_RS10150 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
GCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTAAAACTATGAATGCTTTTACAAAATCTAAAATTTATATTGTTGCTAACAAACTACCTTTAATGACTCGAAATATC > USA300TCH1516_ALE/2014092‑2014272 | gCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGt < 1:2385376/91‑1 (MQ=255) aaaatAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTcc > 1:886585‑M2/2‑89 (MQ=255) aaaTAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTccg < 1:2717393‑M2/91‑4 (MQ=255) atTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGtttt < 1:2745732/91‑1 (MQ=255) tttCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGttttt > 1:595379/1‑91 (MQ=255) ttCAAGTTATTGTTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGtttttt < 1:3766844/91‑1 (MQ=255) ttCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGtttttt > 1:3741020/1‑91 (MQ=255) ttCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGtttttt > 1:209024/1‑91 (MQ=255) ttCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGtttttt < 1:252010/91‑1 (MQ=255) aaGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAAt > 1:2774908/1‑91 (MQ=255) aGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATg < 1:934791/91‑1 (MQ=255) gTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTGTTTTAATGt > 1:3969872/1‑91 (MQ=255) attattCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTaaa < 1:400301/91‑1 (MQ=255) attattCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTaaa > 1:1125174/1‑91 (MQ=255) 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aaTCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTAAAACTATGAATGCTTTTa < 1:2489180/91‑1 (MQ=255) aaTCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTAAAACTATGAATGCTTTTa > 1:714798/1‑91 (MQ=255) aaTCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTAAAACTATGAATGCTTTTa > 1:915605/1‑91 (MQ=255) aaTCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTACGGTTTTTTAATGTAAAACTATGAATGCTTTTa > 1:3675993/1‑91 (MQ=255) aTCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTAAAACTATGAATGCTTTTAc > 1:594629/1‑91 (MQ=255) aTCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTAAAACTATGAATGCTTTTAc < 1:2432839/91‑1 (MQ=255) tCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTccggttgttcattttttatagattaactttagtgaa < 1:2921381‑M2/91‑37 (MQ=255) tCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTAAAACTATGAATGCTTTTACa > 1:2826498/1‑91 (MQ=255) tCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTAAAACTATGAATGCTTTTACa > 1:1330147/1‑91 (MQ=255) tCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTAAAACTATGAATGCTTTTACa > 1:3166255/1‑91 (MQ=255) tCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTAAAACTATGAATGCTTTTACa > 1:433515/1‑91 (MQ=255) cTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTAAAACTATGAATGCTTTTACaa < 1:975017/91‑1 (MQ=255) cTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTAAAACTATGAATGCTTTTACaa > 1:262815/1‑91 (MQ=255) taAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTAAAACTATGAATGCTTTTACAAAAt > 1:1619348/1‑91 (MQ=255) aaaaaaTGACCAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTAAAACTATGAATGCTTTTGCAAAATc > 1:2080936/1‑91 (MQ=255) gAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTAAAACTATGAATGCTTTTACAAAATCTAAAAtt > 1:3657615/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |