New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2252658 = | 74 (0.750) | 5 (0.050) | 4/148 | NT | 6.3% | intergenic (+94/+58) | luxS/USA300HOU_RS11525 | S‑ribosylhomocysteine lyase/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2252704 = | 80 (0.880) | intergenic (+140/+12) | luxS/USA300HOU_RS11525 | S‑ribosylhomocysteine lyase/hypothetical protein |
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
ATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGTTTA > USA300TCH1516_ALE/2252615‑2252794 | aTCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGatttat > 1:2546698/1‑91 (MQ=255) aTCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGatttat > 1:2546588/1‑91 (MQ=255) tCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGatttatt > 1:2025066/1‑91 (MQ=255) cGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGatttattt < 1:1203557/91‑1 (MQ=255) cGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGatttattt > 1:2284101/1‑91 (MQ=255) gCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTg > 1:596911/1‑91 (MQ=255) gCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTg < 1:703198/91‑1 (MQ=255) cATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTgag > 1:4114339/1‑91 (MQ=255) cATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTgag < 1:335007/91‑1 (MQ=255) tCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCa < 1:1686811/91‑1 (MQ=255) ccAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCAc < 1:1242040/91‑1 (MQ=255) ccAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCAc < 1:2861039/91‑1 (MQ=255) ccAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCAc < 1:2861393/91‑1 (MQ=255) ccAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCAc < 1:3026802/91‑1 (MQ=255) cAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACt < 1:274552/91‑1 (MQ=255) cAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACt < 1:1007077/91‑1 (MQ=255) cAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACt < 1:2109191/91‑1 (MQ=255) aaCTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACta < 1:2640498/91‑1 (MQ=255) aaCTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACta > 1:1759437/1‑91 (MQ=255) aaCTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACta > 1:3839448/1‑91 (MQ=255) aaCTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACta < 1:3485576/91‑1 (MQ=255) actgcttttTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACtat < 1:1745637‑M2/82‑1 (MQ=255) tgcttttTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATaa > 1:405469‑M2/8‑91 (MQ=255) tgcttttTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATaa > 1:405397‑M2/8‑91 (MQ=255) tgcttttTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATaa < 1:3157420‑M2/84‑1 (MQ=255) ttttTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAAttt < 1:1201481‑M2/87‑1 (MQ=255) tTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCtt > 1:1238932‑M2/2‑91 (MQ=255) tTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCtt < 1:671458‑M2/90‑1 (MQ=255) tTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCtt < 1:1554723‑M2/90‑1 (MQ=255) tattatGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTa < 1:323603/91‑1 (MQ=255) tattatGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTa > 1:3895457/1‑91 (MQ=255) tatGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAAtt < 1:522744/91‑1 (MQ=255) tGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAg > 1:1538167/1‑91 (MQ=255) tGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAg > 1:3618075/1‑91 (MQ=255) gCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGt < 1:470216/91‑1 (MQ=255) ttCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTcc < 1:547057/91‑1 (MQ=255) tCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTccc > 1:4126386/1‑91 (MQ=255) aaaGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCAt < 1:4034414/91‑1 (MQ=255) aaGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCTCAtt > 1:1742357/1‑91 (MQ=255) tCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAac < 1:94958/91‑1 (MQ=255) cAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAaca > 1:3840142/1‑91 (MQ=255) cAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAaca > 1:1574514/1‑91 (MQ=255) cAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAaca < 1:1403663/91‑1 (MQ=255) aaaaaaTCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAacac < 1:2175199/91‑1 (MQ=255) aaaaaTCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACg < 1:751284/91‑1 (MQ=255) aaaaaTCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACg > 1:919391/1‑91 (MQ=255) aaaaaTCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACg > 1:1629196/1‑91 (MQ=255) aaaaaTCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACg > 1:451159/1‑91 (MQ=255) aaaaaTCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACg < 1:749309/91‑1 (MQ=255) aatcggacaaatgttaaagattttactttttcatttgttcgatttATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAAc > 1:1779603‑M2/46‑91 (MQ=255) aatcggacaaatgttaaagattttactttttcatttgttcgatttATCTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCGCATTAACACGAAc > 1:4147761‑M2/46‑91 (MQ=255) AATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAAc < 1:1274129‑M1/91‑1 (MQ=255) TCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTg > 1:3464162‑M1/1‑91 (MQ=255) cggacaaatgttaaagattttactttttcatttgttcgatttATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGc > 1:1931022‑M2/43‑91 (MQ=255) 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tAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAat < 1:3389599/91‑1 (MQ=255) aaaTCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAatat > 1:2908991/1‑91 (MQ=255) aaaTCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAatat < 1:3930636/91‑1 (MQ=255) aaTCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAAtata > 1:1746373/1‑91 (MQ=255) tCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGt < 1:3780859/91‑1 (MQ=255) tttAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTg < 1:699327/91‑1 (MQ=255) tttAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTg < 1:699256/91‑1 (MQ=255) ttAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATATTTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAGATATAGTTGc < 1:3249388/91‑1 (MQ=255) 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cgatttATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAAt < 1:2809894‑M2/85‑1 (MQ=255) cgatttATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAAt > 1:3741257‑M2/7‑91 (MQ=255) atttATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTg < 1:2580096‑M2/87‑1 (MQ=255) tATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGttt > 1:1144961‑M2/2‑91 (MQ=255) atttGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGTTTa < 1:3697125/91‑1 (MQ=255) atttGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGGCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGTTTa < 1:519545/91‑1 (MQ=255) | ATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGTTTA > USA300TCH1516_ALE/2252615‑2252794 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |