New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2306983 = | 83 (0.840) | 4 (0.050) | 4/144 | NT | 5.4% | coding (654/1371 nt) | USA300HOU_RS11770 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2307053 = | 65 (0.730) | coding (584/1371 nt) | USA300HOU_RS11770 | hypothetical protein |
ACACTAAATGTCGTTGAAATAACTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTAAAAATAGGACCC > USA300TCH1516_ALE/2306963‑2307142 | acacTAAATGTCGTTGAAATAACTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTc > 1:3899480/1‑91 (MQ=255) acacTAAATGTCGTTGAAATAACTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTc > 1:4124179/1‑91 (MQ=255) tGTCGTTGAAATAACTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCa > 1:829385/1‑91 (MQ=255) tGTCGTTGAAATAACTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCa > 1:829341/1‑91 (MQ=255) gTTGAAATAACTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATaa > 1:2051774/1‑91 (MQ=255) gTTGAAATAACTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGCAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATaa > 1:3532884/1‑91 (MQ=255) ttGAAATAACTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATaaa > 1:3308874/1‑91 (MQ=255) tGAAATAACTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAat < 1:4126151/91‑1 (MQ=255) aaaTAACTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAatga < 1:2221623/91‑1 (MQ=255) aaTAACTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAatgat > 1:1607926/1‑91 (MQ=255) aaTAACTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAatgat > 1:1262102/1‑91 (MQ=255) tAACTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGc > 1:1356303/1‑91 (MQ=255) AACTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCt < 1:2950793‑M1/91‑1 (MQ=255) AACTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCt < 1:3064045‑M1/91‑1 (MQ=255) CTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTaa < 1:1287175‑M1/91‑1 (MQ=255) CTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTaa < 1:1360240‑M1/91‑1 (MQ=255) CTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTaa < 1:1360737‑M1/91‑1 (MQ=255) tgttggtgtcttaattacaagtagacaatatggtgaaggatattattctcgtcgtgaggcaacagttCCGTCTCCAATAAATGATGCTaaa > 1:1675569‑M2/68‑91 (MQ=255) ttggtgtcttaattacaagtagacaatatggtgaaggatattattctcgtcgtgaggcaacagttCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAAtt > 1:2961554‑M2/66‑91 (MQ=255) tggtgtcttaattacaagtagacaatatggtgaaggatattattctcgtcgtgaggcaacagttCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTa > 1:630090‑M2/65‑91 (MQ=255) TGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTa > 1:3115967‑M1/1‑91 (MQ=255) TGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTa > 1:3441032‑M1/1‑91 (MQ=255) TGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTa > 1:1958781‑M1/1‑91 (MQ=255) ggtgtcttaattacaagtagacaatatggtgaaggatattattctcgtcgtgaggcaacagttCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTAt > 1:601899‑M2/64‑91 (MQ=255) GCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTAt < 1:3035025‑M1/91‑1 (MQ=255) ccTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATc > 1:909411/1‑91 (MQ=255) cACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAGTTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTAc > 1:3598706/1‑91 (MQ=255) cACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTACTTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTAc > 1:3597319/1‑91 (MQ=255) cACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTAc > 1:2805551/1‑91 (MQ=255) cgacgaGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCg < 1:3161195/91‑1 (MQ=255) cgacgaGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCg > 1:2629718/1‑91 (MQ=255) cgaTAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCg < 1:3212668/91‑1 (MQ=255) cgaGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCg > 1:771161/1‑91 (MQ=255) gagaATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGa > 1:900485/1‑91 (MQ=255) gagaATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGa > 1:1020550/1‑91 (MQ=255) gagaATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGa < 1:3412616/91‑1 (MQ=255) gagaATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTACAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGa < 1:434165/91‑1 (MQ=255) aataatATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACg < 1:1229391/91‑1 (MQ=255) aataatATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACg < 1:2287541/91‑1 (MQ=255) ataataTCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGt < 1:3525055/91‑1 (MQ=255) taataTCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTc < 1:1263348/91‑1 (MQ=255) aataTCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTcc > 1:118134/1‑91 (MQ=255) tatCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTg > 1:824225/1‑91 (MQ=255) tatCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTg > 1:4022930/1‑91 (MQ=255) atCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTgg > 1:1020983/1‑91 (MQ=255) tCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGc < 1:3351489/91‑1 (MQ=255) ccTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCa < 1:1788475/91‑1 (MQ=255) tCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATg < 1:310752/91‑1 (MQ=255) tCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATg < 1:312090/91‑1 (MQ=255) tCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATg > 1:2915227/1‑91 (MQ=255) tCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATg < 1:285811/91‑1 (MQ=255) aCCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGta > 1:1991369/1‑91 (MQ=255) ccATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGtaa > 1:670100/1‑91 (MQ=255) atatTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTGCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGtaaat < 1:3678324/91‑1 (MQ=255) tatTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGtaaata > 1:2941585/1‑91 (MQ=255) ttGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGtaaataaa > 1:754177/1‑91 (MQ=255) ttGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGtaaataaa > 1:1471903/1‑91 (MQ=255) gTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAgg < 1:3945032/91‑1 (MQ=255) gTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAgg < 1:3944865/91‑1 (MQ=255) gTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAgg < 1:1521553/91‑1 (MQ=255) cTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGtc < 1:3676587/91‑1 (MQ=255) tACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATCAATGATGCTAAATCATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGtct > 1:3494742/1‑91 (MQ=255) tACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGtct > 1:3494510/1‑91 (MQ=255) tACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGtct > 1:3494863/1‑91 (MQ=255) tACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGtct > 1:836272/1‑91 (MQ=255) cTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCa > 1:3934253/1‑91 (MQ=255) ttGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCAt > 1:2782757/1‑91 (MQ=255) ttGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCAt > 1:3222792/1‑91 (MQ=255) ttGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCAt > 1:3222783/1‑91 (MQ=255) tGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATa > 1:2527468/1‑91 (MQ=255) tGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATa > 1:2481963/1‑91 (MQ=255) tAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAAc < 1:1723313/91‑1 (MQ=255) aaTTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAAcc < 1:786534/91‑1 (MQ=255) aTTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCg < 1:1513959/91‑1 (MQ=255) aTTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCg < 1:4057862/91‑1 (MQ=255) ttAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAATGGTCTCATAACCgg < 1:1010631/91‑1 (MQ=255) tAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGt < 1:1256227/91‑1 (MQ=255) tAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGt < 1:1853732/91‑1 (MQ=255) tAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGt < 1:1830589/91‑1 (MQ=255) aGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCt < 1:3156972/91‑1 (MQ=255) gACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTa < 1:3241393/91‑1 (MQ=255) gACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTa < 1:1899975/91‑1 (MQ=255) gACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTa < 1:2151005/91‑1 (MQ=255) gACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTa > 1:2484889/1‑91 (MQ=255) acacCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTaa > 1:819660/1‑91 (MQ=255) ccAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTaaaaa > 1:2977750/1‑91 (MQ=255) caacagttCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTAAAAAt > 1:1803338‑M2/9‑91 (MQ=255) caacagttCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTAAAAAt < 1:2888748‑M2/83‑1 (MQ=255) caacagttCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTAAAAAt < 1:2888736‑M2/83‑1 (MQ=255) caacagttCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTAAAAAt < 1:1745437‑M2/83‑1 (MQ=255) acagttCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTAAAAATAg > 1:1682193‑M2/7‑91 (MQ=255) cagttCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTAAAAATAgg < 1:2511539‑M2/86‑1 (MQ=255) cagttCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTAAAAATAgg > 1:525261‑M2/6‑91 (MQ=255) agttCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTAAAAATAGGa > 1:769546‑M2/5‑91 (MQ=255) tCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTAAAAATAGGAccc < 1:2159297‑M2/90‑1 (MQ=255) tCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTAAAAATAGGAccc < 1:3234877‑M2/90‑1 (MQ=255) | ACACTAAATGTCGTTGAAATAACTGTTGCCTCACGACGAGAATAATATCCTTCACCATATTGTCTACTTGTAATTAAGACACCAACAGTTCCGTCTCCAATAAATGATGCTAAATTATCTACCGTCGAACGTCCTGGCAATGTAAATAAAGGTCTCATAACCGGTCTAAAAATAGGACCC > USA300TCH1516_ALE/2306963‑2307142 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |