New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2375690 | 104 (1.060) | 7 (0.080) | 5/146 | NT | 6.7% | coding (334/2136 nt) | topB | DNA topoisomerase 3 |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2375715 | 101 (1.130) | coding (309/2136 nt) | topB | DNA topoisomerase 3 |
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TGAGCTAATCCATAATCGACGGATTGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCTTTTACTGTTTTAAATTGTTTGCTTGTTTTACCAATAACAACAGT > USA300TCH1516_ALE/2375625‑2375804 | tGAGCTAATCCATAATCGACGGATTGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCt < 1:1894000/91‑1 (MQ=255) gAGCTAATCCATAATCGACGGATTGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTg > 1:394134‑M2/1‑90 (MQ=255) gAGCTAATCCATAATCGACGGATTGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTg < 1:766067‑M2/91‑2 (MQ=255) aTCCATAATCGACGGATTGGCTTTTTGTTACCAACTTCATCCAAAAGCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTgttgcaa < 1:3304268‑M2/91‑8 (MQ=255) tCCATAATCGACGGATTGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCaat < 1:2249412/91‑1 (MQ=255) cATAATCGACGGATTGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCaataa > 1:1534007/1‑91 (MQ=255) aTAATCGACGGATTGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCaataat < 1:2134009/91‑1 (MQ=255) tAATCGACGGATTGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCaataata > 1:3107759/1‑91 (MQ=255) aTCGACGGATTGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCaataataat > 1:1681117/1‑91 (MQ=255) tCGACGGATTGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAataataata > 1:269301/1‑91 (MQ=255) tCGACGGATTGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAataataata > 1:270576/1‑91 (MQ=255) gACGGATTGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATc < 1:1056845/91‑1 (MQ=255) ggATTGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCttt < 1:3384350/91‑1 (MQ=255) ggATTGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCttt < 1:3384040/91‑1 (MQ=255) ttGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCAc < 1:2013514/91‑1 (MQ=255) ttGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCAc < 1:4076842/91‑1 (MQ=255) tGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACt > 1:1238785/1‑91 (MQ=255) tGGCTTTTTGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACt > 1:4038228/1‑91 (MQ=255) tttttGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTttat < 1:3382032/91‑1 (MQ=255) tttttGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTttat < 1:2440066/91‑1 (MQ=255) tttttGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTttat < 1:2366266/91‑1 (MQ=255) tttttGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTttat < 1:2168309/91‑1 (MQ=255) ttttGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTttatt < 1:1861830/91‑1 (MQ=255) tttGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTttatta > 1:1796406/1‑91 (MQ=255) ttGTTACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTtattat < 1:634075/91‑1 (MQ=255) tACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTaa > 1:955156/1‑91 (MQ=255) tACCAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTaa > 1:955259/1‑91 (MQ=255) ccAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTaaaa > 1:2558947/1‑91 (MQ=255) cAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAAt < 1:2164239/91‑1 (MQ=255) cAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAAt < 1:2051095/91‑1 (MQ=255) cAACTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAAt < 1:648908/91‑1 (MQ=255) aaCTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAAtt > 1:3259016/1‑91 (MQ=255) aaCTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAAtt < 1:3886554/91‑1 (MQ=255) aaCTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAAtt > 1:3259164/1‑91 (MQ=255) aaCTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAAtt > 1:3259289/1‑91 (MQ=255) aCTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTa < 1:453266/91‑1 (MQ=255) aCTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTa > 1:346620/1‑91 (MQ=255) cTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTaa > 1:1997898/1‑91 (MQ=255) cTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTaa > 1:1963454/1‑91 (MQ=255) cTTTATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTaa < 1:2755349/91‑1 (MQ=255) tttATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAAc > 1:506488/1‑91 (MQ=255) tttATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAAc > 1:506527/1‑91 (MQ=255) ttATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACg < 1:3258010/91‑1 (MQ=255) ttATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACg > 1:2914927/1‑91 (MQ=255) ttATCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACg < 1:572396/91‑1 (MQ=255) aTCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCt < 1:3589589/91‑1 (MQ=255) aTCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCt > 1:1409239/1‑91 (MQ=255) tCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCtt < 1:482845/91‑1 (MQ=255) tCCAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCtt < 1:1197515/91‑1 (MQ=255) ccAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCttt > 1:3632289/1‑91 (MQ=255) ccAAAATCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCttt > 1:3632330/1‑91 (MQ=255) aaaTCAATCTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCTTTTAc < 1:2786902/91‑1 (MQ=255) tcaatcTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCTTTTACTGt > 1:3660622/1‑91 (MQ=255) caatcTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCTTTTACTGtt < 1:1882384/91‑1 (MQ=255) aatcTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCTTTTACTGttt < 1:3952266/91‑1 (MQ=255) aatcTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCTTTTACTGttt < 1:961201/91‑1 (MQ=255) atcTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCTTTTACTGtttt < 1:2911115/91‑1 (MQ=255) atcTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCTTTTACTGtttt > 1:895197/1‑91 (MQ=255) tcTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCTTTTACTGTTTTa > 1:3116486/1‑91 (MQ=255) tcTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCTTTTACTGTTTTa > 1:3112690/1‑91 (MQ=255) tcTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCTTTTACTGTTTTa < 1:3333497/91‑1 (MQ=255) tcTTGCAACTAGTTCACCTTCTCGTCCAGCATCTGTTGCAATAATAATATCTTTCACTTTATTATCTAAAATTAACGCTTTTACTGTTTTa > 1:1224738/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |