New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2429428 = | 84 (0.850) | 5 (0.050) | 5/152 | NT | 5.4% | coding (219/948 nt) | lytR_2 | Transcriptional regulator LytR |
? | USA300TCH1516_ALE | 2429460 = | 94 (1.010) | coding (187/948 nt) | lytR_2 | Transcriptional regulator LytR |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
ATCACTACGCTCTCCGCCACCCTTTTTCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGTAATAAAAATTTTAGCAGCTACATA > USA300TCH1516_ALE/2429371‑2429550 | gatacacaatccgttagatcgcaatcattcagaattaagagataaaaaagtgagttTAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAAc > 1:1294745‑M1/57‑91 (MQ=255) cACTACGCTCTCCGCCACCCTTTTTCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACt < 1:1744407/91‑1 (MQ=255) cACTACGCTCTCCGCCACCCTTTTTCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACt < 1:1379108/91‑1 (MQ=255) cTACGCTCTCCGCCACCCTTTTTCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCa < 1:887294/91‑1 (MQ=255) tACGCTCTCCGCCACCCTTTTTCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCAc < 1:2399462/91‑1 (MQ=255) cacaatccgttagatcgcaatcattcagaattaagagataaaaaagtgagttTAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCAc > 1:323602‑M1/53‑91 (MQ=255) aCGCTCTCCGCCACCCTTTTTCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACt > 1:2269689/1‑91 (MQ=255) gCTCTCCGCCACCCTTTTTCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACttt > 1:2539597/1‑91 (MQ=255) gCCACCCTTTTTCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTAtct < 1:287480/91‑1 (MQ=255) ccACCCTTTTTCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTAtctc < 1:1392871/91‑1 (MQ=255) ccACCCTTTTTCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTAtctc < 1:1389912/91‑1 (MQ=255) ccACCCTTTTTCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTAtctc > 1:911036/1‑91 (MQ=255) cACCCTTTTTCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATctct > 1:2002823/1‑91 (MQ=255) cACCCTTTTTCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATctct < 1:3693460/91‑1 (MQ=255) aCCCTTTTTCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCtt > 1:2022480/1‑91 (MQ=255) aCCCTTTTTCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCtt < 1:899314/91‑1 (MQ=255) ttttCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTTATTc > 1:814376/1‑91 (MQ=255) ttttCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTc < 1:358804/91‑1 (MQ=255) tttCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGGGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCt < 1:3295107/91‑1 (MQ=255) ttCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTg > 1:1863605/1‑91 (MQ=255) ttCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTg > 1:1863592/1‑91 (MQ=255) ttCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTg > 1:554502/1‑91 (MQ=255) ttCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTg > 1:554466/1‑91 (MQ=255) ttCTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTg > 1:3953881/1‑91 (MQ=255) cTTACGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGaa < 1:1459666/91‑1 (MQ=255) aCGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGa > 1:4102407/1‑91 (MQ=255) aCGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGa > 1:3608968/1‑91 (MQ=255) aCGATCAGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGa > 1:4102262/1‑91 (MQ=255) aGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGACTGATTGCGa > 1:3972633/1‑91 (MQ=255) aGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGACTGATTGCGa > 1:3972822/1‑91 (MQ=255) aGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGACTGATTGCGa > 1:3973014/1‑91 (MQ=255) aGCATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGa > 1:1014325/1‑91 (MQ=255) cATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATc > 1:2199431/1‑91 (MQ=255) cATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATc > 1:1013829/1‑91 (MQ=255) cATCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATc > 1:1014479/1‑91 (MQ=255) tCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTa < 1:1109214/91‑1 (MQ=255) tCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTa < 1:2380022/91‑1 (MQ=255) tCTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTa > 1:2053015/1‑91 (MQ=255) cTGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTACACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTaa > 1:3098273/1‑91 (MQ=255) tGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAAc > 1:658387/1‑91 (MQ=255) tGAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAAc > 1:1077245/1‑91 (MQ=255) gAATCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACg > 1:2564116/1‑91 (MQ=255) tCGACACCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGAt < 1:2223841/91‑1 (MQ=255) acacCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATtgt > 1:3263444/1‑91 (MQ=255) cacCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATtgtg > 1:1354876/1‑91 (MQ=255) cacCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATtgtg > 1:2257770/1‑91 (MQ=255) acCAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTgtgt > 1:593874/1‑91 (MQ=255) ccAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTa > 1:225264/1‑91 (MQ=255) ccAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTa > 1:4034197/1‑91 (MQ=255) ccAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTa < 1:1042056/91‑1 (MQ=255) ccAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTa > 1:4034186/1‑91 (MQ=255) cAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTAt > 1:2691123/1‑91 (MQ=255) cAAATAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTAt < 1:1779702/91‑1 (MQ=255) gtttaaacgatggtgatccattcacaatcgctttaAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATc > 1:1294745‑M2/36‑91 (MQ=255) aaTAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCt < 1:3082249/91‑1 (MQ=255) aaTAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCt > 1:1074026/1‑91 (MQ=255) aTAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCtt > 1:1951890/1‑91 (MQ=255) aTAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCtt < 1:1553905/91‑1 (MQ=255) TAAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCtta > 1:1101651‑M1/1‑91 (MQ=255) aaacgatggtgatccattcacaatcgctttaAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCttat > 1:2586158‑M2/32‑91 (MQ=255) AAAGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCttat > 1:3735778‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCttatta < 1:3318027‑M1/91‑1 (MQ=255) gatggtgatccattcacaatcgctttaAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTAcc > 1:3173492‑M2/28‑91 (MQ=255) cGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTAcc < 1:1573314/91‑1 (MQ=255) cGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTAcc > 1:2516151/1‑91 (MQ=255) cGATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTAcc > 1:2516141/1‑91 (MQ=255) gATTGTGAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCa < 1:2320433/91‑1 (MQ=255) atggtgatccattcacaatcgtttaAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAg > 1:311794‑M2/26‑91 (MQ=255) gAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGtaata < 1:3126912/91‑1 (MQ=255) gAATGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGtaata < 1:4154127/91‑1 (MQ=255) aTGGATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGTAATaaa < 1:565081/91‑1 (MQ=255) ggATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGTAATaaaaa < 1:4070401/91‑1 (MQ=255) ggATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGTAATaaaaa > 1:689650/1‑91 (MQ=255) ggATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGTAATaaaaa > 1:1858512/1‑91 (MQ=255) gATCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGTAATAAAAAt < 1:2692636/91‑1 (MQ=255) aTCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGTAATAAAAAtt > 1:854269/1‑91 (MQ=255) aTCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGTAATAAAAAtt > 1:855484/1‑91 (MQ=255) tCACCATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGTAATAAAAAttt < 1:935387/91‑1 (MQ=255) 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cATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGTAATAAAAATTTTagc < 1:887220/91‑1 (MQ=255) cATCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGTAATAAAAATTTTagc < 1:887033/91‑1 (MQ=255) aTCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGTAATAAAAATTTTagca > 1:3047346/1‑91 (MQ=255) tcgattaAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGTAATAGAAATTTTagcag < 1:3209283‑M2/84‑1 (MQ=255) tCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGGTCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGTAATAAAAATTTTagcag < 1:3402493/91‑1 (MQ=255) tCGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGTAATAAAAATTTTagcag < 1:3402557/91‑1 (MQ=255) cGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGTAATAAAAATTTTagcagc > 1:3816779/1‑91 (MQ=255) cGTTTAAACTCACTTTTTTATCTCTTAATTCTGAATGATTGCGATCTAACGGATTGTGTATCTTATTACCAGTAATAAAAATTTTagcagc > 1:771939/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |