New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2442806 = | 67 (0.680) | 6 (0.080) | 6/128 | NT | 9.0% | intergenic (+3/+55) | glvR/USA300HOU_RS12585 | HTH‑type transcriptional regulator GlvR/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2442855 = | 67 (0.850) | intergenic (+52/+6) | glvR/USA300HOU_RS12585 | HTH‑type transcriptional regulator GlvR/hypothetical protein |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGATATTC > USA300TCH1516_ALE/2442765‑2442944 | tataATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTa > 1:1437161/1‑91 (MQ=255) ataATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTAt > 1:3488819/1‑91 (MQ=255) taATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATc > 1:1866136/1‑91 (MQ=255) aaTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCa > 1:2694342/1‑91 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCCTAACTTCCTTTTATCAt > 1:3553486/1‑91 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt > 1:4714/1‑91 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt < 1:837495/91‑1 (MQ=255) tGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAtt > 1:2486719/1‑91 (MQ=255) tGAGTATGTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAtt < 1:2095034/91‑1 (MQ=255) cacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgaaAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAtt > 1:494416‑M1/37‑91 (MQ=255) gTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTa < 1:3005322/91‑1 (MQ=255) gTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTa < 1:4076414/91‑1 (MQ=255) aTTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAtt < 1:3751732/91‑1 (MQ=255) tttACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttg > 1:1602279/1‑91 (MQ=255) actacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttgttg > 1:2490036/1‑91 (MQ=255) actacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttgttg > 1:2656667/1‑91 (MQ=255) tacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtg > 1:2873661/1‑91 (MQ=255) tacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtg < 1:694931/91‑1 (MQ=255) tacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtg < 1:3734236/91‑1 (MQ=255) acATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtgt < 1:401602/91‑1 (MQ=255) acATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtgt > 1:1968314/1‑91 (MQ=255) cATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtgtt < 1:3094002/91‑1 (MQ=255) cATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtgtt > 1:845895/1‑91 (MQ=255) cATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtgtt < 1:3242940/91‑1 (MQ=255) aTAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtgttg > 1:158963/1‑91 (MQ=255) aaTGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGAt > 1:1819071/1‑91 (MQ=255) aTGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATg > 1:1492652/1‑91 (MQ=255) aTGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATg > 1:1492620/1‑91 (MQ=255) aTGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATg > 1:1492501/1‑91 (MQ=255) tGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGt < 1:548630/91‑1 (MQ=255) tGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGt < 1:1140709/91‑1 (MQ=255) gATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGtt > 1:1906233/1‑91 (MQ=255) gATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGtt > 1:1906546/1‑91 (MQ=255) atTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCg < 1:1617938/91‑1 (MQ=255) atTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCg > 1:2637489/1‑91 (MQ=255) tttCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGa < 1:1090433/91‑1 (MQ=255) tttCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTACGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGa < 1:3851470/91‑1 (MQ=255) tCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATa > 1:2798509/1‑91 (MQ=255) tAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTgg < 1:1660521/91‑1 (MQ=255) tAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTgg < 1:242102/91‑1 (MQ=255) tAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTgg < 1:1364592/91‑1 (MQ=255) tAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTgg < 1:1364576/91‑1 (MQ=255) aGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGt < 1:4110933/91‑1 (MQ=255) aGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGt > 1:3922785/1‑91 (MQ=255) aGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGt > 1:3921944/1‑91 (MQ=255) gAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTa < 1:2083016/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTAc < 1:2166635/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTAc < 1:2860251/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTAc > 1:2800294/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTAc > 1:196943/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTAc > 1:1218434/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTAc > 1:1098236/1‑91 (MQ=255) aaaaaGGAAGTTGTGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACa > 1:3202323/1‑91 (MQ=255) AAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACAt > 1:2945669‑M1/1‑91 (MQ=255) AGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCtt > 1:3267365‑M1/1‑91 (MQ=255) GGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTa < 1:4072463‑M1/91‑1 (MQ=255) GAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTAt > 1:2195146‑M1/1‑91 (MQ=255) AGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCa > 1:3744899‑M1/1‑91 (MQ=255) AGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCa < 1:1945699‑M1/91‑1 (MQ=255) AGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCa > 1:807471‑M1/1‑91 (MQ=255) AGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCa > 1:807483‑M1/1‑91 (MQ=255) gttatgataggctcaaggccattaaatcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCaa > 1:995924‑M2/42‑91 (MQ=255) TTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCaaa < 1:966335‑M1/91‑1 (MQ=255) TTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCaaa < 1:824202‑M1/91‑1 (MQ=255) TATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAAc > 1:2791012‑M1/1‑91 (MQ=255) atgataggctcaaggccattaaatcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACa > 1:1793572‑M2/39‑91 (MQ=255) ATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACa < 1:1667623‑M1/91‑1 (MQ=255) tgataggctcaaggccattaaatcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACAt > 1:642589‑M2/38‑91 (MQ=255) ATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCa > 1:3939144‑M1/1‑91 (MQ=255) TTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCaa > 1:2481146‑M1/1‑91 (MQ=255) ttAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAAt < 1:936039/91‑1 (MQ=255) aggctcaaggccattaaatcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAAt > 1:2238758‑M2/34‑91 (MQ=255) aaTGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTc < 1:2860800/91‑1 (MQ=255) aaTGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTc < 1:2860283/91‑1 (MQ=255) aTGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCg > 1:1278661/1‑91 (MQ=255) ttGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCa < 1:139746/91‑1 (MQ=255) ttGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCa < 1:974500/91‑1 (MQ=255) gAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATg < 1:3495957/91‑1 (MQ=255) 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atcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCAt < 1:1333992‑M2/75‑1 (MQ=255) atcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCAt > 1:1363251‑M2/17‑91 (MQ=255) tcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATg < 1:224207‑M2/76‑1 (MQ=255) tcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATg < 1:559864‑M2/76‑1 (MQ=255) ataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGc > 1:2199961‑M2/14‑91 (MQ=255) ataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGc > 1:2199815‑M2/14‑91 (MQ=255) taacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGca < 1:3033471‑M2/79‑1 (MQ=255) acttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGcatc > 1:3156834‑M2/11‑91 (MQ=255) acttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGcatc > 1:3157398‑M2/11‑91 (MQ=255) tccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATg < 1:3627961‑M2/84‑1 (MQ=255) cctgttATCGTTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGa < 1:3727320‑M2/85‑1 (MQ=255) cttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGat > 1:1693683‑M2/6‑91 (MQ=255) cttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGat < 1:2315429‑M2/86‑1 (MQ=255) tATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGATATTc > 1:3631313‑M2/2‑91 (MQ=255) | TATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGATATTC > USA300TCH1516_ALE/2442765‑2442944 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |