| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2533537 = | 78 (0.790) | 9 (0.100) | 6/142 | NT | 11.4% | intergenic (+33/+64) | femA_3/tcyC_2 | Aminoacyltransferase FemA/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2533595 = | 70 (0.800) | intergenic (+91/+6) | femA_3/tcyC_2 | Aminoacyltransferase FemA/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC | |||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
ATATCGCTCCAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATTCTTCTGTTTTCGGACGATTGAACATCTCTTCTGGAGCCCCTTGTTCT > USA300TCH1516_ALE/2533506‑2533685 | atatCGCTCCAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTAt < 1:3891575/91‑1 (MQ=255)agatCGCTCCAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCGCGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTAt < 1:3891016/89‑1 (MQ=255) atCGCTCCAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTAttt < 1:3817541/91‑1 (MQ=255) tCGCTCCAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTg > 1:2303953/1‑91 (MQ=255) ccAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGattat < 1:1990950/91‑1 (MQ=255) ccAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGattat > 1:3240025/1‑91 (MQ=255) ccAAGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGattat > 1:3240194/1‑91 (MQ=255) aaGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTAttc < 1:728556/91‑1 (MQ=255) aaGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTAttc < 1:3705175/91‑1 (MQ=255) aaGATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGC‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTAttc > 1:3495450/1‑91 (MQ=255) gATTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTAttctt < 1:2644459/91‑1 (MQ=255) aTTATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTAttcttc > 1:479478/1‑91 (MQ=255) ttATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCa < 1:1584316/91‑1 (MQ=255) ttATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCa < 1:3652565/91‑1 (MQ=255) ataaatgaagaataatcaaatagaaccacgtatcatgttttagtatggcgatgaagccatatacatgatgcgtggttctATTTGATTAttc > 1:177151‑M2/80‑91 (MQ=255) tATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCAt > 1:1928086/1‑91 (MQ=255) tATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCAt > 1:130761/1‑91 (MQ=255) tATGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCAt > 1:3408802/1‑91 (MQ=255) tGACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCAttt < 1:1549452/91‑1 (MQ=255) gACAACATAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCAtttc > 1:1256968/1‑90 (MQ=255) gaataatcaaatAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTtat > 1:177151‑M1/13‑91 (MQ=255) acaacaTAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTCGTCCTATTTGATTATTCTTCATTtat > 1:1617057/1‑91 (MQ=255) caTAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACa < 1:2810290/91‑1 (MQ=255) caTAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACa < 1:2810247/91‑1 (MQ=255) aatcaaatAGAACCACGTATCATGTTTTAGTATGGCTTCATCGTCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTtat > 1:2352157‑M1/9‑91 (MQ=255) tAACAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACAtt > 1:3608359/1‑91 (MQ=255) aaCAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACAttt < 1:610578/91‑1 (MQ=255) aaCAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACAttt < 1:610565/91‑1 (MQ=255) aCAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTa > 1:2718507/1‑91 (MQ=255) aCAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTa > 1:2883111/1‑91 (MQ=255) aCAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTa > 1:2409380/1‑91 (MQ=255) aCAAAGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTa > 1:1179298/1‑91 (MQ=255) aaaGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAg < 1:1640983/91‑1 (MQ=255) aaaGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAg > 1:3226967/1‑91 (MQ=255) aaGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGa > 1:1374564/1‑91 (MQ=255) aaGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGa < 1:2027173/91‑1 (MQ=255) AGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGaa < 1:3932949‑M1/91‑1 (MQ=255) AGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGaa < 1:3362145‑M1/91‑1 (MQ=255) AGAACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGaa > 1:2454479‑M1/1‑91 (MQ=255) AACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAAc > 1:3801821‑M1/1‑91 (MQ=255) AACCACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAAc < 1:2720305‑M1/91‑1 (MQ=255) CCACGCATCATGA‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGt < 1:3197786‑M1/91‑1 (MQ=255) ACGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCt > 1:1354238‑M1/1‑91 (MQ=255) CGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCtt > 1:1849876‑M1/1‑91 (MQ=255) CGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCtt > 1:2132235‑M1/1‑91 (MQ=255) CGCATCATGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCtt > 1:4045940‑M1/1‑91 (MQ=255) catcatGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTaa < 1:1794892/91‑1 (MQ=255) catcatGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTaa > 1:3729839/1‑91 (MQ=255) acgtatcatgttttagtatggcgatgaagccatatacatgatgcgtggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCt > 1:4093847‑M2/53‑91 (MQ=255) acgtatcatgttttagtatggcgatgaagccatatacatgatgcgtggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCt > 1:2294483‑M2/53‑91 (MQ=255) tcatGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAtt < 1:2762234/91‑1 (MQ=255) cgtatcatgttttagtatggcgatgaagccatatacatgatgcgtggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCtt > 1:1423780‑M2/52‑91 (MQ=255) atGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttct > 1:2928079/1‑91 (MQ=255) atGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttct > 1:2928424/1‑91 (MQ=255) atGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttct < 1:149078/91‑1 (MQ=255) atGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttct > 1:2930188/1‑91 (MQ=255) tGT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttctt > 1:2492945/1‑91 (MQ=255) gT‑‑‑A‑TATGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttcttc > 1:3876003/1‑91 (MQ=255) t‑‑‑a‑taTGGCTTCATCGCCATACTAAAACATGATACGTGGTTCTATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAATtcttct > 1:862568/1‑91 (MQ=255) catgttttagtatggcgatgaagccatatacatgatgcgtggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttc > 1:398170‑M2/47‑91 (MQ=255) tgttttagtatggcgatgaagccatatacatgatgcgtggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttctt > 1:934969‑M2/45‑91 (MQ=255) tgttttagtatggcgatgaagccatatacatgatgcgtggttctATTTGATTATTCTTCATTTATAACATTTAAGAAACGTCTTAAttctt > 1:934853‑M2/45‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |