| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2609395 = | 79 (0.800) | 6 (0.070) | 5/136 | NT | 9.1% | intergenic (‑225/+336) | USA300HOU_RS13450/USA300HOU_RS13455 | hypothetical protein/putative lipoprotein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2609451 = | 53 (0.630) | intergenic (‑281/+280) | USA300HOU_RS13450/USA300HOU_RS13455 | hypothetical protein/putative lipoprotein | |||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
AAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTG > USA300TCH1516_ALE/2609361‑2609541 | aaaTATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCttttt < 1:88535/91‑1 (MQ=255)aaaTATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCttttt > 1:2818288/1‑91 (MQ=255)aaaTATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCttttt < 1:2725780/91‑1 (MQ=255)aaaTATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCttttt > 1:2329834/1‑91 (MQ=255) aaTATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCtttttt > 1:2643611/1‑91 (MQ=255) atatGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttg > 1:579885/1‑91 (MQ=255) tatGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttgt < 1:3496229/91‑1 (MQ=255) tatGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttgt < 1:1897381/91‑1 (MQ=255) tatGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttgt < 1:1897270/91‑1 (MQ=255) atGATAAAATGTAGCTGTTCGGTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAAGATGAGGGTCCTGTATCACATGAGAATCTTTTttgtg < 1:3743455/91‑2 (MQ=255) atGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttgtt > 1:880359/1‑91 (MQ=255) atGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttgtt < 1:3409193/91‑1 (MQ=255) tGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttgttg < 1:2795486/91‑1 (MQ=255) tGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttgttg > 1:1791477/1‑91 (MQ=255) gATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGc < 1:522494/91‑1 (MQ=255) aTAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCg > 1:1064438/1‑91 (MQ=255) tAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCgg < 1:147721/91‑1 (MQ=255) gTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTta > 1:818801/1‑91 (MQ=255) aGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTtata < 1:1161936/91‑1 (MQ=255) gATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTTTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTatat < 1:3496033/91‑1 (MQ=255) gATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTatat > 1:1909283/1‑91 (MQ=255) gATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTGCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTatat < 1:3586519/91‑1 (MQ=255) gTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATtaa < 1:762429/91‑1 (MQ=255) tAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACGTTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATgg < 1:1970043/91‑1 (MQ=255) tAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATgg < 1:2301353/91‑1 (MQ=255) gACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCa < 1:1403134/91‑1 (MQ=255) gACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCa > 1:2012753/1‑91 (MQ=255) gACATTAAAAGCTTCCAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCGTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCa > 1:3536929/1‑91 (MQ=255) aTTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCatga < 1:4121162/91‑1 (MQ=255) ttAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCatgaa < 1:2821408/91‑1 (MQ=255) AAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCatgaatga < 1:1939846‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCatgaatga < 1:1941673‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCAtgaatgaa < 1:1408578‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCAtgaatgaa < 1:2849017‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAAc > 1:3557210‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAAc < 1:1585551‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGc > 1:3945842‑M1/1‑91 (MQ=255) ttctaatgtgatacaggaacctcatattccgtatcatgttagaagcttttTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCa > 1:2024497‑M2/51‑91 (MQ=255) TTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCa > 1:2220110‑M1/1‑91 (MQ=255) TTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCa > 1:3025252‑M1/1‑91 (MQ=255) tctaatgtgatacaggaacctcatattccgtatcatgttagaagcttttTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCAt > 1:2732046‑M2/50‑91 (MQ=255) tctaatgtgatacaggaacctcatattccgtatcatgttagaagcttttTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCAt > 1:1375852‑M2/50‑91 (MQ=255) CTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATg < 1:3049314‑M1/91‑1 (MQ=255) CTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATg > 1:2224238‑M1/1‑91 (MQ=255) CTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATg > 1:2408146‑M1/1‑91 (MQ=255) CTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATg > 1:661717‑M1/1‑91 (MQ=255) CTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTCTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATg < 1:4152686‑M1/91‑1 (MQ=255) taatgtgatacaggaacctcatattccgtatcatgttagaagcttttTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGc > 1:850854‑M2/48‑91 (MQ=255) TAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGc < 1:2114866‑M1/91‑1 (MQ=255) ACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTg < 1:1875375‑M1/91‑1 (MQ=255) gatacaggaacctcatattccgtatcatgttagaagcttttTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCtt > 1:168949‑M2/42‑91 (MQ=255) gATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCtt > 1:1765244/1‑91 (MQ=255) tACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAg < 1:2485215/91‑1 (MQ=255) tACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAg > 1:1591869/1‑91 (MQ=255) aCGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGc > 1:956766/1‑91 (MQ=255) aCGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGc < 1:2433108/91‑1 (MQ=255) caggaacctcatattccgtatcacattagaagcttttTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCt > 1:3374486‑M2/38‑91 (MQ=255) cGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCt < 1:1229228/91‑1 (MQ=255) cGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCt > 1:3651009/1‑91 (MQ=255) gAATATGAGGTTCCTGTCTCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTcc < 1:3553922/91‑1 (MQ=255) gAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTcc > 1:309616/1‑91 (MQ=255) caaTATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTcc < 1:693653/90‑1 (MQ=255) aaTATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCa > 1:1161013/1‑91 (MQ=255) atatGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCaa < 1:612258/91‑1 (MQ=255) atatGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCaa < 1:348861/91‑1 (MQ=255) tatGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCGCCAAg < 1:1663803/91‑1 (MQ=255) atGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGa > 1:3224635/1‑91 (MQ=255) tGAGGTTCCTGTATCGCATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGaa > 1:3537693/1‑91 (MQ=255) tGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGaa < 1:268863/91‑1 (MQ=255) aGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATc > 1:1624946/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |