| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2609406 | 71 (0.720) | 13 (0.160) | 8/136 | NT | 18.7% | intergenic (‑236/+325) | USA300HOU_RS13450/USA300HOU_RS13455 | hypothetical protein/putative lipoprotein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2609438 | 53 (0.630) | intergenic (‑268/+293) | USA300HOU_RS13450/USA300HOU_RS13455 | hypothetical protein/putative lipoprotein | |||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTA > USA300TCH1516_ALE/2609348‑2609526 | ttAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATcaca > 1:679672/1‑91 (MQ=255) gcatgcgttcattcatgccattattaatataagcaccgcaacaaAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTa > 1:850854‑M1/45‑91 (MQ=255) ataaGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAtta < 1:3437088‑M2/91‑4 (MQ=255) ataaGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAtta > 1:4153274‑M2/1‑88 (MQ=255) ataaGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAtta < 1:247‑M2/91‑4 (MQ=255) ataaGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAtta < 1:3388065‑M2/91‑4 (MQ=255) ataaGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAtta > 1:1622618‑M2/1‑88 (MQ=255) ataaGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAtta < 1:812329‑M2/91‑4 (MQ=255) atgcgttcattcatgccattattaatataagcaccgcaacaaAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGa > 1:1375852‑M1/43‑91 (MQ=255) atgcgttcattcatgccattattaatataagcaccgcaacaaAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGa > 1:2732046‑M1/43‑91 (MQ=255) aaGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTATCATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAttaga > 1:3500440‑M2/1‑86 (MQ=255) aaGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAttaga > 1:2184370‑M2/1‑86 (MQ=255) tgcgttcattcatgccattattaatataagcaccgcaacaaAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGaa > 1:2024497‑M1/42‑91 (MQ=255) aGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAttagaa < 1:111285‑M2/91‑7 (MQ=255) aGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAtcagaa < 1:3448929‑M2/91‑7 (MQ=255) cAGCAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAtttgaagct > 1:3220511‑M2/1‑82 (MQ=255) aGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAttagaagctt > 1:1929322‑M2/1‑81 (MQ=255) aGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAttagaagctt < 1:378161‑M2/91‑11 (MQ=255) aaaTATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCttttt < 1:88535/91‑1 (MQ=255) aaaTATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCttttt > 1:2818288/1‑91 (MQ=255) aaaTATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCttttt < 1:2725780/91‑1 (MQ=255) aaTATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCtttttt > 1:2643611/1‑91 (MQ=255) atatGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttg < 1:717070/91‑1 (MQ=255) atatGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttg > 1:579885/1‑91 (MQ=255) tatGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttgt < 1:3496412/91‑1 (MQ=255) tatGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttgt < 1:1897270/91‑1 (MQ=255) atGATAAAATGTAGCTGTTCGGTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAAGATGAGGGTCCTGTATCACATGAGAATCTTTTttgtg < 1:3743455/91‑2 (MQ=255) atGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttgtt > 1:880359/1‑91 (MQ=255) atGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttgtt < 1:3409193/91‑1 (MQ=255) tGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttgttg < 1:2795486/91‑1 (MQ=255) tGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttgttg > 1:1791477/1‑91 (MQ=255) gATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGc < 1:522494/91‑1 (MQ=255) aTAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCg > 1:1064438/1‑91 (MQ=255) tAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCgg < 1:147721/91‑1 (MQ=255) gTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCATGttagaagcttttaatgtctaaagaaca < 1:112212‑M2/91‑28 (MQ=255) gTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTta > 1:818801/1‑91 (MQ=255) aGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTtata < 1:1161936/91‑1 (MQ=255) gATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTTTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTatat < 1:3496033/91‑1 (MQ=255) gATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTatat > 1:1909283/1‑91 (MQ=255) tAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACGTTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATgg < 1:1970043/91‑1 (MQ=255) tAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATgg < 1:2301353/91‑1 (MQ=255) tAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATgg > 1:1412976/1‑91 (MQ=255) tAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATgg < 1:1969579/91‑1 (MQ=255) gACATTAAAAGCTTCCAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCGTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCa > 1:3536929/1‑91 (MQ=255) ttAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCatgaa < 1:2821408/91‑1 (MQ=255) tAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAttagaagcttttaatgtctaaagaacatctacattttatcatattt < 1:2120450‑M2/91‑47 (MQ=255) tAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAttagaagcttttaatgtctaaagaacatctacattttatcatattt < 1:1468914‑M2/91‑47 (MQ=255) aaaGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAttagaagcttttaatgtctaaagaacatctacattttatcatattttc < 1:4079451‑M2/91‑49 (MQ=255) aaaGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAttagaagcttttaatgtctaaagaacatctacattttatcatattttc < 1:4079639‑M2/91‑49 (MQ=255) AAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCatgaatga < 1:1941673‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCatgaatga > 1:317481‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCAtgaatgaa < 1:1408578‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCAtgaatgaa < 1:2849017‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAAc > 1:3557210‑M1/1‑91 (MQ=255) gCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAttagaagcttttaatgtctaaagaacatctacattttatcatattttctga < 1:1415524‑M2/91‑52 (MQ=255) CTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGc > 1:3964956‑M1/1‑91 (MQ=255) CTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGc > 1:3945842‑M1/1‑91 (MQ=255) ttCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACAttagaagcttttaatgtctaaagaacatctacattttatcatattttctgact < 1:1897592‑M2/91‑54 (MQ=255) CTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATg < 1:3049314‑M1/91‑1 (MQ=255) CTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATg > 1:2224238‑M1/1‑91 (MQ=255) CTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATg > 1:2408146‑M1/1‑91 (MQ=255) CTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATg > 1:2408145‑M1/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |