New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2636356 = | 100 (1.020) | 5 (0.060) | 5/138 | NT | 6.5% | intergenic (‑409/+60) | fnbA_2/gntT | Fibronectin‑binding protein A/High‑affinity gluconate transporter |
? | USA300TCH1516_ALE | 2636404 = | 58 (0.680) | intergenic (‑457/+12) | fnbA_2/gntT | Fibronectin‑binding protein A/High‑affinity gluconate transporter |
GTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAG > USA300TCH1516_ALE/2636315‑2636494 | gTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACt < 1:294524/91‑1 (MQ=255) gTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACt > 1:1278373/1‑91 (MQ=255) ttCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACtt < 1:1149704/91‑1 (MQ=255) tCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTa < 1:3234550/91‑1 (MQ=255) tCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTa < 1:3234219/91‑1 (MQ=255) cGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTaa > 1:37397/1‑91 (MQ=255) ttCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATAtt < 1:2631856/91‑1 (MQ=255) attcattagcttatttgtttaactaaatattaaaTAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATAtt > 1:3387585‑M1/35‑91 (MQ=255) cTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTa > 1:2190183/1‑91 (MQ=255) cTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTa > 1:1821192/1‑91 (MQ=255) tGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAg > 1:3603794/1‑91 (MQ=255) tGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAg > 1:1469618/1‑91 (MQ=255) tGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAg > 1:1676025/1‑91 (MQ=255) tGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAg > 1:3908184/1‑91 (MQ=255) 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tATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTaa > 1:22291/1‑91 (MQ=255) aTTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTaaa < 1:2393711/91‑1 (MQ=255) tttCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAAc < 1:3648988/91‑1 (MQ=255) cAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACaaa > 1:1020645/1‑91 (MQ=255) cAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACaaa < 1:1774303/91‑1 (MQ=255) cAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACaaa < 1:1743703/91‑1 (MQ=255) aGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAAt > 1:2359877/1‑91 (MQ=255) gACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATa > 1:388470/1‑91 (MQ=255) aCGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATaa < 1:2773340/91‑1 (MQ=255) cGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAg < 1:2626329/91‑1 (MQ=255) tCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATg < 1:1820534/91‑1 (MQ=255) tGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGaa < 1:1286651/91‑1 (MQ=255) aatattaagtaaacgtgtttttaggtaattgcaatatattgccttgaaacacgtttaTTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAAt > 1:3387585‑M2/58‑91 (MQ=255) aTAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATaa < 1:281736/91‑1 (MQ=255) aTAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATaa < 1:3775407/91‑1 (MQ=255) aTAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATaa < 1:281687/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATaaaa > 1:3654381/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATaaaa < 1:2237418/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATaaaa > 1:925921/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATaaaa > 1:690838/1‑91 (MQ=255) aaaTAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATg < 1:47547/91‑1 (MQ=255) aaaTAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATg < 1:1154637/91‑1 (MQ=255) TAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAg < 1:1327195‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAg > 1:579808‑M1/1‑91 (MQ=255) AAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAga < 1:4122343‑M1/91‑1 (MQ=255) AAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAga < 1:3643987‑M1/91‑1 (MQ=255) ACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTGATGAATAGAATGAAgatg < 1:3902291‑M1/91‑1 (MQ=255) CGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAgatga < 1:274124‑M1/91‑1 (MQ=255) gtgtttttaggtaattgcaatatattgccttgaaacacgtttaCTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAgatgat > 1:12483‑M2/44‑91 (MQ=255) GTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAgatgat > 1:2960911‑M1/1‑91 (MQ=255) GTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAgatgat > 1:69348‑M1/1‑91 (MQ=255) GTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAgatgat < 1:1115007‑M1/91‑1 (MQ=255) tgtttttaggtaattgcaatatattgccttgaaacacgtttaCTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATa > 1:3066322‑M2/43‑91 (MQ=255) TGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATa > 1:304709‑M1/1‑91 (MQ=255) TGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATa < 1:2465816‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATa < 1:2579346‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATa < 1:2579702‑M1/91‑1 (MQ=255) GTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATAc > 1:3095276‑M1/1‑91 (MQ=255) GTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATAc < 1:1092061‑M1/91‑1 (MQ=255) GTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATAc > 1:3456403‑M1/1‑91 (MQ=255) 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tatatTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGaaa > 1:88980/1‑91 (MQ=255) atatTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAaat < 1:2894170/91‑1 (MQ=255) atatTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAaat < 1:3010873/91‑1 (MQ=255) atatTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAaat < 1:3011231/91‑1 (MQ=255) tatTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAaata > 1:3282023/1‑91 (MQ=255) tatTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATGTAGTTAAACAAATAAGCCAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAaata < 1:618895/91‑1 (MQ=255) atTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAaataa < 1:3817287/91‑1 (MQ=255) tGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATc > 1:1391335/1‑91 (MQ=255) 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tACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCt < 1:626684/91‑1 (MQ=255) aCCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATTCCTGAAACGGAAATAATCGTTTCta > 1:3863571/1‑91 (MQ=255) aCCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCta < 1:3795060/91‑1 (MQ=255) aCCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCta < 1:2534671/91‑1 (MQ=255) ccTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCtaa > 1:1025352/1‑91 (MQ=255) cTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCtaat < 1:2992831/91‑1 (MQ=255) tAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCtaata < 1:2753940/91‑1 (MQ=255) aacacgtttaCTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGa > 1:1236857‑M2/11‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |