| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2647507 | 72 (0.730) | 17 (0.220) | 10/124 | NT | 21.5% | intergenic (+62/+35) | USA300HOU_RS13610/ydhC | putative membrane protein/Inner membrane transport protein YdhC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2647518 | 68 (0.890) | intergenic (+73/+24) | USA300HOU_RS13610/ydhC | putative membrane protein/Inner membrane transport protein YdhC | |||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CGTAAGAGAGTAAAATAATATTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACTATCTTTATATAAAGAAATATTACTATTAACATG > USA300TCH1516_ALE/2647428‑2647605 | cGTAAGAGAGTAAAATAATATTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGa < 1:960239/91‑1 (MQ=255) gTAAGAGAGTAAAATAATATTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAa < 1:477251‑M2/91‑2 (MQ=255) tAAGAGAGTAAAATAATATTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAaa > 1:2458574‑M2/1‑89 (MQ=255) aaGAGAGTAAAATAATATTGTTGTTAGCATAAAGGCACGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAaat < 1:3499896‑M2/91‑4 (MQ=255) agagagTAAAATAATATTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAaatg < 1:2010058‑M2/91‑5 (MQ=255) gagTAAAATAATATTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAaatgatt < 1:3545898‑M2/91‑8 (MQ=255) gTAAAATAATATTGTTGTTAGCATAAAGGCATGCATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAaatgattca > 1:3393340‑M2/1‑82 (MQ=255) tAAAATAATATTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAaatgattcac > 1:351767‑M2/1‑81 (MQ=255) aaaaTAATATTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAaatgattcact < 1:4121077‑M2/91‑12 (MQ=255) aaaTAATATTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAaatgattcactg < 1:2299616‑M2/91‑13 (MQ=255) aaaTAATATTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTGTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAaatgattcactg > 1:1930454‑M2/1‑79 (MQ=255) ataataTTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTGTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAaatgattcactgct > 1:3541306‑M2/1‑77 (MQ=255) aataTTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTTTACATGTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAaatgattcactgcttt > 1:300528‑M2/1‑75 (MQ=255) aataTTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAaatgattcactgcttt > 1:1458554‑M2/1‑75 (MQ=255) aataTTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAaatgattcactgcttt > 1:43740‑M2/1‑75 (MQ=255) atTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCtttttt < 1:2254928/91‑1 (MQ=255) atTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCtttttt < 1:943849/91‑1 (MQ=255) atTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCtttttt < 1:2995223/91‑1 (MQ=255) ttgttgTTAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTa < 1:1131760/91‑1 (MQ=255) tgttgtTAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTaa < 1:343139/91‑1 (MQ=255) gttgttAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAg > 1:2009945/1‑91 (MQ=255) gttgttAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAg > 1:3559866/1‑91 (MQ=255) gttgttAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAg < 1:1943331/91‑1 (MQ=255) ttgttAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGt < 1:2846403/91‑1 (MQ=255) tgttAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGtt < 1:917286/91‑1 (MQ=255) aGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTAtt < 1:178614/91‑1 (MQ=255) aGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTAtt < 1:1427643/91‑1 (MQ=255) gCATAAAGGCATGAACTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTAttt < 1:2532396/91‑1 (MQ=255) aaaGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCa < 1:3640064/91‑1 (MQ=255) aaGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCAt < 1:2475212/91‑1 (MQ=255) aaGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCAt < 1:2474655/91‑1 (MQ=255) aGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATa < 1:3235383/91‑1 (MQ=255) gCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACt < 1:3157514/91‑1 (MQ=255) cATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACtt < 1:3819682/91‑1 (MQ=255) cATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACtt < 1:2651733/91‑1 (MQ=255) cATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACtt < 1:567012/91‑1 (MQ=255) tGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCAATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTa > 1:3602323/1‑91 (MQ=255) aaTTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTCTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGc > 1:3883432/1‑91 (MQ=255) aTTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCt > 1:1404251/1‑91 (MQ=255) aTTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCt < 1:3317889/91‑1 (MQ=255) ttttAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTg < 1:3133742/91‑1 (MQ=255) ttttAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTg > 1:3905518/1‑91 (MQ=255) ttttAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTg > 1:3905960/1‑91 (MQ=255) ttttAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTg < 1:4037710/91‑1 (MQ=255) ttAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGaa > 1:1889361/1‑91 (MQ=255) tAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGaaa < 1:2243792/91‑1 (MQ=255) tAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGaaa > 1:429788/1‑91 (MQ=255) aaaTTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAg > 1:335392/1‑91 (MQ=255) aaaTTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAg > 1:123679/1‑91 (MQ=255) aaaTTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAg < 1:1667340/91‑1 (MQ=255) aaTTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGt < 1:1439633/91‑1 (MQ=255) aaTTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGt > 1:440447/1‑91 (MQ=255) tttCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCa > 1:3285989/1‑91 (MQ=255) tttCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCa < 1:3412744/91‑1 (MQ=255) tttCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCa > 1:1577078/1‑91 (MQ=255) tttCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCa < 1:1429485/91‑1 (MQ=255) ttCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCaa < 1:3988979/91‑1 (MQ=255) tCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAAc > 1:1701215/1‑91 (MQ=255) cTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACt < 1:2660366/91‑1 (MQ=255) cTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACt < 1:1637005/91‑1 (MQ=255) ataAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACTAt > 1:4021755/1‑91 (MQ=255) aaCAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACTATCtt < 1:4007369/91‑1 (MQ=255) aaCAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACTATCtt > 1:808462/1‑91 (MQ=255) aCAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACTATCttt > 1:1022356/1‑91 (MQ=255) aaGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACTATCTTtatata < 1:2254404/91‑1 (MQ=255) aaGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACTATCTTtatata < 1:2003879/91‑1 (MQ=255) aaGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACTATCTTtatata < 1:1469439/91‑1 (MQ=255) aGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACTATCTTTATATaa > 1:2522497/1‑91 (MQ=255) gCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGACAGTCAACTATCTTTATATaaa > 1:1304751/1‑91 (MQ=255) gCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACTATCTTTATATaaa > 1:1042008/1‑91 (MQ=255) 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ccATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACTATCTTTATATAAAGAAATATTACTAt > 1:3911797/1‑91 (MQ=255) cTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACTATCTTTATATAAAGAAATATTACTATTAAc > 1:772531/1‑91 (MQ=255) tATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACTATCTTTATATAAAGAAATATTACTATTAACa < 1:1591987/91‑1 (MQ=255) aTTGAaatgattcactgctttttgtttatagaaatttaaaattcatgcctttatgctaacaacaatattattttactctcttacgtttgcc < 1:1258391‑M2/91‑87 (MQ=255) ttGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACTATCTTTATATAAAGAAATATTACTATTAACATg < 1:1828632/91‑1 (MQ=255) ttGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACTATCTTTATATAAAGAAATATTACTATTAACATg > 1:1330376/1‑91 (MQ=255) | CGTAAGAGAGTAAAATAATATTGTTGTTAGCATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATAAACAAAAAGCAGTGAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTTTTAAGTTTATTTGGCATACTTTAGCTGAAAGTCAACTATCTTTATATAAAGAAATATTACTATTAACATG > USA300TCH1516_ALE/2647428‑2647605 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |