New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_012417 | 1040 = | 1110 (0.110) | 199 (0.030) | 26/124 | NT | 16.6% | coding (155/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein |
? | NC_012417 | 1090 = | 1144 (0.150) | coding (105/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein |
Only 100 of 10603 total aligned reads displayed.
TGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTT > NC_012417/1000‑1180 | gACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACaaa > 1:1486455/1‑91 (MQ=255) cactaatgtcttTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACaaa > 1:1223101‑M2/13‑91 (MQ=255) ctaatgtcttTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACg < 1:1813858‑M2/81‑1 (MQ=255) ctaatgtcttTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACg > 1:3008508‑M2/11‑91 (MQ=255) atgtcttTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCaa > 1:3044297‑M2/8‑91 (MQ=255) atgtcttTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCaa > 1:2336215‑M2/8‑91 (MQ=255) atgtcttTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCaa < 1:2418591‑M2/84‑1 (MQ=255) tgtcttTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAat < 1:2729032‑M2/85‑1 (MQ=255) tgtcttTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAat < 1:659958‑M2/85‑1 (MQ=255) ggtattttaaagtgatatcatacaaagctGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAat > 1:2376582‑M1/30‑91 (MQ=255) tcttTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAatat < 1:924425‑M2/87‑1 (MQ=255) ttttGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATtg < 1:505403/91‑1 (MQ=255) ttgttgATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtg < 1:2766705‑M2/91‑3 (MQ=255) tgttgATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgt > 1:2234413‑M2/1‑88 (MQ=255) 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aaaaaaGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtcacaaaaataagac < 1:2970055‑M2/91‑18 (MQ=255) aaaaaaGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAACATATTGtgtcacaaaaataagac < 1:312138‑M2/91‑18 (MQ=255) aaaaaGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtcacaaaaataagaca < 1:1520715‑M2/91‑19 (MQ=255) aaaaGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtcacaaaaataagacag > 1:2156561‑M2/1‑72 (MQ=255) aaaaGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtcacaaaaataagacag > 1:764302‑M2/1‑72 (MQ=255) aaaGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtcacaaaaataagacagt > 1:4068580‑M2/1‑71 (MQ=255) aaaGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtcacaaaaataagacagt < 1:3079098‑M2/91‑21 (MQ=255) aaGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtcacaaaaataagacagta > 1:3825587‑M2/1‑70 (MQ=255) 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TTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGatat > 1:1558724‑M1/1‑91 (MQ=255) TTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGatat < 1:345125‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATc < 1:2457504‑M1/91‑1 (MQ=255) GTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCa > 1:166483‑M1/1‑91 (MQ=255) tgACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGtgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaa < 1:472569‑M2/91‑41 (MQ=255) TGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCAc < 1:378585‑M1/91‑1 (MQ=255) TGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCAc < 1:1884148‑M1/91‑1 (MQ=255) TGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATAGCAc < 1:3337976‑M1/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |