| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 474042 = | 71 (0.720) | 5 (0.050) | 5/150 | NT | 6.9% | intergenic (+24/+266) | USA300HOU_RS02255/USA300HOU_RS02260 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 474087 = | 68 (0.740) | intergenic (+69/+221) | USA300HOU_RS02255/USA300HOU_RS02260 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
CCTGAAAAAAATTAATAGCTAAACTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTAAAAAAACAACTTAAATTACT > USA300TCH1516_ALE/473997‑474175 | ccTGAAAAAAATTAATAGCTAAACTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGcttc > 1:486009/1‑91 (MQ=255)ccTGAAAAAAATTAATAGCTAAACTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGcttc > 1:582372/1‑91 (MQ=255) cTGAAAAAAATTAATAGCTAAACTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGcttct < 1:3134939/91‑1 (MQ=255) cTGAAAAAAATTAATAGCTAAACTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGcttct < 1:3135144/91‑1 (MQ=255) gAAAAAAATTAATAGCTAAACTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCttt < 1:281407/91‑1 (MQ=255) aaaaaaTTAATAGCTAAACTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCttttt > 1:305384/1‑91 (MQ=255) aaaTTAATAGCTAAACTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAAt > 1:2813690/1‑91 (MQ=255) tAATAGCTAAACTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTtat < 1:1650524/91‑1 (MQ=255) tAATAGCTAAACTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTtat < 1:1087707/91‑1 (MQ=255) aaTAGCTAAACTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTtata > 1:191804/1‑91 (MQ=255) aaTAGCTAAACTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTtata < 1:1364256/91‑1 (MQ=255) aTAGCTAAACTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTatat < 1:3765996/91‑1 (MQ=255) tAGCTAAACTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTAtatt > 1:3912162/1‑91 (MQ=255) aaaCTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTcc > 1:4006870/1‑91 (MQ=255) aaaCTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTcc > 1:4006684/1‑91 (MQ=255) aaCTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTccc < 1:3337449/91‑1 (MQ=255) cTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCAt > 1:1445113/1‑91 (MQ=255) tACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATg < 1:1223095/91‑1 (MQ=255) aCATATCATACTACTAAATAAAGCGCCCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGt < 1:3870173/91‑1 (MQ=255) cATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTa < 1:2201196/91‑1 (MQ=255) cATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTa < 1:2048717/91‑1 (MQ=255) atCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAg < 1:13701/91‑1 (MQ=255) atCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAg > 1:1251402/1‑91 (MQ=255) tCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGt < 1:1069903/91‑1 (MQ=255) cATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTa > 1:2696350/1‑91 (MQ=255) ctaAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTGGaa > 1:3739566/1‑91 (MQ=255) ctaAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGaa > 1:4120696/1‑91 (MQ=255) ctaAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGaa > 1:845954/1‑91 (MQ=255) ctaAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGaa > 1:4121466/1‑91 (MQ=255) ctaAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTAGaa > 1:3739683/1‑91 (MQ=255) aaataaaGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAAcc > 1:516617/1‑91 (MQ=255) aaataaaGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAAcc < 1:109208/91‑1 (MQ=255) aataaaGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCg > 1:3120268/1‑91 (MQ=255) aataaaGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCg > 1:3120779/1‑91 (MQ=255) ataaaGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGa < 1:3172699/91‑1 (MQ=255) ataaaGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGa > 1:3005354/1‑91 (MQ=255) aagcggcctagtgtcagttgtgaatatactgaacattggtcacttCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATc > 1:3599863‑M2/46‑91 (MQ=255) AAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATc > 1:356467‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATc > 1:4129495‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATc < 1:1237760‑M1/91‑1 (MQ=255) GCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGa < 1:1471653‑M1/91‑1 (MQ=255) GCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGa > 1:3830520‑M1/1‑91 (MQ=255) cggcctagtgtcagttgtgaatatactgaacattggtcgcttCTTTTCAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGaa > 1:4144429‑M2/43‑91 (MQ=255) gcctagtgtcagttgtgaatatactgaacattggtcgcttCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAat > 1:108155‑M2/41‑91 (MQ=255) aCCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAat > 1:2115981/1‑91 (MQ=255) aCCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAat > 1:1954654/1‑91 (MQ=255) ccAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAata < 1:2159417/91‑1 (MQ=255) ccAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAata < 1:2159403/91‑1 (MQ=255) cAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAatat > 1:384192/1‑91 (MQ=255) cAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAatat < 1:1556976/91‑1 (MQ=255) tagtgtcagttgtgaatatactgaacattggtcgcttCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATc > 1:1801514‑M2/38‑91 (MQ=255) aaTGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATc < 1:3418317/91‑1 (MQ=255) agtgtcagttgtgaatatactgaacattggtcgcttCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATca > 1:976102‑M2/37‑91 (MQ=255) aTGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAGATATca < 1:3226066/91‑1 (MQ=255) tGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATcac < 1:1744442/91‑1 (MQ=255) gTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATcaca > 1:3792857/1‑91 (MQ=255) tCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACAct > 1:4062451/1‑91 (MQ=255) aGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACActct > 1:702413/1‑91 (MQ=255) aGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACActct > 1:702397/1‑91 (MQ=255) atatTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCaa < 1:974581/91‑1 (MQ=255) tatTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAAt > 1:345380/1‑91 (MQ=255) atTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAAtt < 1:2338508/91‑1 (MQ=255) ttCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTg < 1:3949422/91‑1 (MQ=255) tCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGt < 1:3797265/91‑1 (MQ=255) acaACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTaa < 1:2919288/91‑1 (MQ=255) acaACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTaa < 1:2919099/91‑1 (MQ=255) acaACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTaa < 1:2919055/91‑1 (MQ=255) caACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTaaa > 1:462047/1‑91 (MQ=255) caACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTaaa > 1:186400/1‑91 (MQ=255) caACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTaaa > 1:464157/1‑91 (MQ=255) caACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTaaa > 1:1122143/1‑91 (MQ=255) aaCTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTaaaa > 1:3145965/1‑91 (MQ=255) cTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTaaaaaa > 1:1250642/1‑91 (MQ=255) tGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTaaaaaaa > 1:2483153/1‑91 (MQ=255) tGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTaaaaaaa > 1:2483395/1‑91 (MQ=255) gACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTAAAAAaac < 1:3947006/91‑1 (MQ=255) gACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTAAAAAaac < 1:3812650/91‑1 (MQ=255) acacTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTAAAAAaaca > 1:1433305/1‑91 (MQ=255) acacTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCCCAATTGTAAAAAaaca > 1:1354216/1‑91 (MQ=255) acacTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAAGTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTAAAAAaaca > 1:4142989/1‑91 (MQ=255) acacTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAACTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAGTTGTAAAAAaaca > 1:4142617/1‑91 (MQ=255) acTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTAAAAAaacaac > 1:4049835/1‑91 (MQ=255) acTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTAAAAAaacaac > 1:3156867/1‑91 (MQ=255) aGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTAAAAAAACAACTTa > 1:3344119/1‑91 (MQ=255) aGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTAAAAAAACAACTTa > 1:1287154/1‑91 (MQ=255) ggCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTAAAAAAACAACTTaa > 1:113615/1‑91 (MQ=255) ccGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATCGTAAAAAAACAACTTAAAt < 1:4026475/91‑1 (MQ=255) gcttCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTAAAAAAACAACTTAAATTa < 1:2951816‑M2/87‑1 (MQ=255) gcttCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTAAAAAAACAACTTAAATTa < 1:1871228‑M2/87‑1 (MQ=255) cttCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTAAAAAAACAACTTAAATTAc > 1:665370‑M2/4‑91 (MQ=255) cttCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTAAAAAAACAACTTAAATTAc > 1:3893283‑M2/4‑91 (MQ=255) ttCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTAAAAAAACAACTTAAATTACt > 1:3272173‑M2/3‑91 (MQ=255) | CCTGAAAAAAATTAATAGCTAAACTACATATCATACTACTAAATAAAGCGACCAATGTTCAGTATATTCACAACTGACACTAGGCCGCTTCTTTTTAATTTATATTATTCCCATGTAAAGTAATTCGAACCGAATCGAAATATCACACTCTCAATTGTAAAAAAACAACTTAAATTACT > USA300TCH1516_ALE/473997‑474175 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |