| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 595612 | 71 (0.720) | 6 (0.070) | 4/150 | NT | 8.1% | coding (644/2082 nt) | fusA | Elongation factor G |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 595639 | 69 (0.750) | coding (671/2082 nt) | fusA | Elongation factor G | |||||
AGAAATTGAAATTCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGCTACTACTAACGTAGAATTCT > USA300TCH1516_ALE/595553‑595728 | agaaATTGAAATTCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAatta < 1:1336311‑M2/91‑5 (MQ=255)agaaATTGAAATTCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAatta < 1:4026596‑M2/91‑5 (MQ=255) gaaattgaaattCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAattaa > 1:3095060‑M2/1‑86 (MQ=255) gaaattgaaattCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAattaa < 1:871729‑M2/91‑6 (MQ=255) gaaattgaaattCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAattaa < 1:871748‑M2/91‑6 (MQ=255) gaaattgaaattCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAattaa > 1:1723947‑M2/1‑86 (MQ=255) gaaattgaaattCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAattaa < 1:1722398‑M2/91‑6 (MQ=255) gaaattgaaattCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAattaa < 1:1722315‑M2/91‑6 (MQ=255) gaaattgaaattCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAattaa < 1:1722314‑M2/91‑6 (MQ=255) gaaattgaaattCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAattaa < 1:90224‑M2/91‑6 (MQ=255) aaattgaaattCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAAt > 1:2768399/1‑91 (MQ=255) aattgaaattCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATg > 1:932132/1‑91 (MQ=255) aaatgaaattCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATg < 1:923461/88‑1 (MQ=255) attgaaattCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATgg < 1:459011/91‑1 (MQ=255) gaaattCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGTAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGaaa > 1:3432238/1‑91 (MQ=255) aaattCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGaaaa > 1:3681538/1‑91 (MQ=255) aattCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGaaaaa > 1:2797376/1‑91 (MQ=255) ccGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCt > 1:729263/1‑91 (MQ=255) ccGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCt > 1:728790/1‑91 (MQ=255) aaGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTgg > 1:875975/1‑91 (MQ=255) aGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGt > 1:579357/1‑91 (MQ=255) cACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACg < 1:1262911/91‑1 (MQ=255) cACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACg < 1:827912/91‑1 (MQ=255) cACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACg < 1:909598/91‑1 (MQ=255) cACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACg < 1:1308806/91‑1 (MQ=255) cTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACgaa < 1:3561468/91‑1 (MQ=255) agatagaGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACgaagaa > 1:3689526/1‑91 (MQ=255) gatagaGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGaaa < 1:3382507/91‑1 (MQ=255) atagaGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAAt < 1:2055324/91‑1 (MQ=255) atagaGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAAt < 1:2055203/91‑1 (MQ=255) tagaGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAAtt > 1:1231599/1‑91 (MQ=255) agagCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAAttt > 1:3230282/1‑91 (MQ=255) agCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCa < 1:252727/91‑1 (MQ=255) agCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCa > 1:2583245/1‑91 (MQ=255) cTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGt < 1:2690293/91‑1 (MQ=255) tGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGtt > 1:3409895/1‑91 (MQ=255) agaagCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCt < 1:488218/91‑1 (MQ=255) agaagCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCt < 1:1129862/91‑1 (MQ=255) agaagCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCt < 1:491559/91‑1 (MQ=255) agaagCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCt < 1:3034558/91‑1 (MQ=255) agaagCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCt < 1:2647986/91‑1 (MQ=255) gaagCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTg < 1:1377154/91‑1 (MQ=255) gaagCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTg < 1:1867084/91‑1 (MQ=255) gaagCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTg < 1:1377025/91‑1 (MQ=255) gaagCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTg < 1:1867293/91‑1 (MQ=255) gaagCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTg > 1:2156182/1‑91 (MQ=255) aagCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGa < 1:2866839/91‑1 (MQ=255) aagCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGa < 1:2867023/91‑1 (MQ=255) agCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGCATCAATGGAAAAATCTCTTGGTGACGAAGAAATTTCCGTTTCTGaa > 1:2697390/1‑91 (MQ=255) gCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAAt < 1:2117123/91‑1 (MQ=255) cTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCCGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAAtt > 1:735004/1‑91 (MQ=255) cTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAAtt > 1:2267608/1‑91 (MQ=255) cTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAAtt > 1:2380923/1‑91 (MQ=255) cTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAAtt > 1:2839504/1‑91 (MQ=255) tCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTa > 1:1342331/1‑91 (MQ=255) cGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTaa > 1:2826392/1‑91 (MQ=255) gTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTaaa > 1:2411054/1‑91 (MQ=255) gCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAaag < 1:3891494/91‑1 (MQ=255) aGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAaagaag < 1:2077769/91‑1 (MQ=255) ttAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAattaagctagcacgagcttcttcagctctatctaagtggtcttcgggaatttcagtttc < 1:3451012‑M2/91‑60 (MQ=255) aTCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAattaagctagcacgagcttcttcagctctatctaagtggtcttcgggaatttcaatttcttc < 1:540014‑M2/91‑63 (MQ=255) tCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCg > 1:2656086/1‑91 (MQ=255) cGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAattaagctagcacgagcttcttcagctctatctaagtggtcttcgggaatttcaatttcttcaa < 1:737424‑M2/91‑65 (MQ=255) cGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGc < 1:3773284/91‑1 (MQ=255) cGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGc < 1:242052/91‑1 (MQ=255) cGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGc < 1:241592/91‑1 (MQ=255) gAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGcc > 1:667200/1‑91 (MQ=255) gAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGcc < 1:3645601/91‑1 (MQ=255) aGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCaa > 1:2986894/1‑91 (MQ=255) cAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGc < 1:354598/91‑1 (MQ=255) cAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGc > 1:4106575/1‑91 (MQ=255) aGTTGCAGAAACTAGCGACGAattaagctagcacgagcttcttcagctctatctaagtggtcttcgggaatttcaatttcttcaatttcag < 1:943485‑M2/91‑71 (MQ=255) aGTTGCAGAAACTAGCGACGAattaagctagcacgagcttcttcagctctatctaagtggtcttcgggaatttcaatttcttcaatttcag < 1:1308679‑M2/91‑71 (MQ=255) aGTTGCAGAAACTAGCGACGAattaagctagcacgagcttcttcagctctatctaagtggtcttcgggaatttcaatttcttcaatttcag < 1:1308680‑M2/91‑71 (MQ=255) ttGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGctac > 1:93325/1‑91 (MQ=255) gCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGctacta > 1:3778949/1‑91 (MQ=255) gCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGctacta > 1:1966420/1‑91 (MQ=255) agtaaCTAGCGACGAATTAATGGAAAAATAGCTTGGTGACGAAGTAATTTCAGTTTCTGAATGAAAGGAAGCTATCCGCCAAGctactact < 1:2009328/88‑1 (MQ=255) aaCTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGCTACTACTAAc > 1:3707254/1‑91 (MQ=255) aaCTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGCTACTACTAAc > 1:1436477/1‑91 (MQ=255) aCTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGCTACTACTAACg < 1:4061613/91‑1 (MQ=255) cTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGCTACTACTAACGt > 1:1095130/1‑91 (MQ=255) cTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGCTACTACTAACGt > 1:1095331/1‑91 (MQ=255) cTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGCTACTACTAACGt < 1:2006919/91‑1 (MQ=255) tAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGCTACTACTAACGTa < 1:2837385/91‑1 (MQ=255) aGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGCTACTACTAACGTAg < 1:912203/91‑1 (MQ=255) aGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGCTACTACTAACGTAg < 1:2978712/91‑1 (MQ=255) aGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGCTACTACTAACGTAg > 1:3470152/1‑91 (MQ=255) cgacgaATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGCTACTACTAACGTAGaa < 1:2927156/91‑1 (MQ=255) gaATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGCTACTACTAACGTAGAATTCt > 1:398811/1‑91 (MQ=255) caaTTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGCTACTACTAACGTAGAATTCt < 1:2835008/90‑1 (MQ=255) | AGAAATTGAAATTCCCGAAGACCACTTAGATAGAGCTGAAGAAGCTCGTGCTAGCTTAATCGAAGCAGTTGCAGAAACTAGCGACGAATTAATGGAAAAATATCTTGGTGACGAAGAAATTTCAGTTTCTGAATTAAAAGAAGCTATCCGCCAAGCTACTACTAACGTAGAATTCT > USA300TCH1516_ALE/595553‑595728 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |