New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 691792 | 107 (1.090) | 8 (0.100) | 5/132 | NT | 7.4% | coding (30/1056 nt) | USA300HOU_RS03335 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 691823 | 113 (1.390) | intergenic (‑2/+59) | USA300HOU_RS03335/USA300HOU_RS03340 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
GGAATTACTCGGCGTTGTTCTTTAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑TTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCTTTTTTT > USA300TCH1516_ALE/691733‑691913 | ggAATTACTCGGCGTTGTTCTTTAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTCCTTGCTTATTATTTTCATaa > 1:3829884/1‑91 (MQ=255) ggAATTACTCGGCGTTGTTCTTTAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATaa > 1:727547/1‑91 (MQ=255) gAATTACTCGGCGTTGTTCTTTAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAa > 1:2273489‑M2/1‑90 (MQ=255) tACTCGGCGTTGTTCTTTAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAacgat > 1:1232057‑M2/1‑86 (MQ=255) aCTCGGCGTTGTTCTTTAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAacgatt < 1:1121284‑M2/91‑7 (MQ=255) aCTCGGCGTTGTTCTTTAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAacgatt > 1:3660891‑M2/1‑85 (MQ=255) aCTCGGCGTTGTTCTTTAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAacgatt > 1:451530‑M2/1‑85 (MQ=255) cTCGGCGTTGTTCTTTAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAacgattt > 1:357921‑M2/1‑84 (MQ=255) tCGGCGTTGTTCTTTAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAacgatttt > 1:1318848‑M2/1‑83 (MQ=255) gCGTTGTTCTTTAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAacgattttcta > 1:1799043‑M2/1‑80 (MQ=255) gCGTTGTTCTTTAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAacgattttcta < 1:3374578‑M2/91‑12 (MQ=255) gttCTTTAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATc > 1:2499203/1‑91 (MQ=255) gttCTTTAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATc > 1:2500945/1‑91 (MQ=255) gttCTTTAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATc > 1:2616084/1‑91 (MQ=255) tttAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCttt < 1:695800/91‑1 (MQ=255) tttAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCttt < 1:695841/91‑1 (MQ=255) tttAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCttt < 1:3357573/91‑1 (MQ=255) ttAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTa < 1:3971922/91‑1 (MQ=255) ttAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTa < 1:3300066/91‑1 (MQ=255) tAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTAc > 1:3122872/1‑91 (MQ=255) tAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTAc > 1:3124318/1‑91 (MQ=255) tAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTAc < 1:3725903/91‑1 (MQ=255) tAGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTAc < 1:200557/91‑1 (MQ=255) aGGAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACg < 1:1672449/91‑1 (MQ=255) gAATATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGaa < 1:1881759/91‑1 (MQ=255) aaTATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGaaa > 1:1709612/1‑91 (MQ=255) aaTATCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGaaa > 1:3058946/1‑91 (MQ=255) atatCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAAt < 1:3450444/91‑1 (MQ=255) atCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAAttt > 1:2632519/1‑91 (MQ=255) atCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAAttt > 1:1851006/1‑91 (MQ=255) atCAAAATGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAAttt < 1:432394/91‑1 (MQ=255) aaaTGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTtaa < 1:2352807/91‑1 (MQ=255) aaTGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTtaat < 1:3921444/91‑1 (MQ=255) aaTGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTtaat > 1:3746248/1‑91 (MQ=255) aaTGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTtaat < 1:3920497/91‑1 (MQ=255) tGCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTAATTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTtaataa > 1:3285051/1‑91 (MQ=255) gCTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATaaa > 1:1408579/1‑91 (MQ=255) cTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATaaaa < 1:3520452/91‑1 (MQ=255) cTTTCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATaaaa < 1:3520433/91‑1 (MQ=255) tttCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATaaaaa > 1:1293970/1‑91 (MQ=255) ttCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAAt > 1:1104470/1‑91 (MQ=255) tCCGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCACAgattttctaaaaacggaaagcattttgatattcctaaagaa > 1:954227‑M2/1‑50 (MQ=255) ccGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATca > 1:3309213/1‑91 (MQ=255) cGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATcac > 1:2753479/1‑91 (MQ=255) cGTTTTTAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATcac > 1:2753792/1‑91 (MQ=255) tttttAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACAt < 1:252875/91‑1 (MQ=255) ttttAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATc < 1:3245764/91‑1 (MQ=255) ttAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATccc > 1:259088/1‑91 (MQ=255) tAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAacgattttctaaaaacggaaagcattttgatattcctaaagaacaacgc < 1:1335940‑M2/91‑50 (MQ=255) tAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAacgattttctaaaaacggaaagcattttgatattcctaaagaacaacgc < 1:1335479‑M2/91‑50 (MQ=255) tAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCa > 1:2968495/1‑91 (MQ=255) tAGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCa < 1:1306080/91‑1 (MQ=255) aGAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAg < 1:2208998/91‑1 (MQ=255) gAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGt < 1:1430930/91‑1 (MQ=255) gAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGt < 1:3476277/91‑1 (MQ=255) gAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGt < 1:1473902/91‑1 (MQ=255) gAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGt < 1:4009032/91‑1 (MQ=255) gAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGt < 1:916695/91‑1 (MQ=255) gAAAATCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGt < 1:916894/91‑1 (MQ=255) aaaTCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTa < 1:2924385/91‑1 (MQ=255) aaaTCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTa < 1:2283864/91‑1 (MQ=255) aaTCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAacgattttctaaaaacggaaagcattttgatattcctaaagaacaacgccgagt < 1:1159739‑M2/91‑55 (MQ=255) aaTCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAacgattttctaaaaacggaaagcattttgatattcctaaagaacaacgccgagt < 1:1155798‑M2/91‑55 (MQ=255) tCGTGTTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTCTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑ttt < 1:2375169/91‑1 (MQ=255) gtTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑ttttttt > 1:3388183/1‑91 (MQ=255) gtTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑ttttttt > 1:3387902/1‑91 (MQ=255) gtTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑ttttttt > 1:1918882/1‑91 (MQ=255) gtTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑ttttttt > 1:3392680/1‑91 (MQ=255) gtTAAAATGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTAAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑ttttttt > 1:3334700/1‑91 (MQ=255) aaaaTGTACTTGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑TTTTTTTAac < 1:1490740/91‑1 (MQ=255) 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ttGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑CTTTTTTAACACTTATCtt > 1:1257738/1‑91 (MQ=255) tGCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑TTTTTTTAACACTTATcaaa < 1:2293425/91‑4 (MQ=255) gCTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑TTTTTTTAACACTTATCtttt > 1:377976/1‑91 (MQ=255) cTTATTATTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑TTTTTTTAACACTTATCTTTTg > 1:59573/1‑91 (MQ=255) tattatTTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑TTTTTTTAACACTTATCTTTTGAt < 1:3752138/91‑1 (MQ=255) ttattTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑TTTTTTTAACACTTATCTTTTGATaa < 1:3521452/91‑1 (MQ=255) tattTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑TTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAg < 1:3170008/91‑1 (MQ=255) attTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑TTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGt < 1:2218031/91‑1 (MQ=255) attTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑TTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGt > 1:3560636/1‑91 (MQ=255) attTTCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑TTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGt < 1:1576286/91‑1 (MQ=255) ttttCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑TTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTg < 1:3574793/91‑1 (MQ=255) tCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑TTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCtt < 1:4129304/91‑1 (MQ=255) tCATAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑TTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCtt > 1:48890/1‑91 (MQ=255) gtAAAGGATTTTAGAAAATCGTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑TTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCtttt > 1:3550772/2‑91 (MQ=38) tAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTATTTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCtttt < 1:1947261/91‑1 (MQ=255) tAAACGATTTTCTAAAATCCTTTACGAAATTTTTAATAAAAATCACATCCCAGTTA‑TTTTTTTAACACTTATCTTTTGATAAGTGCttttt < 1:3737981/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |