New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 761262 | 99 (1.010) | 8 (0.090) | 6/148 | NT | 7.8% | coding (440/927 nt) | yciC_2 | Putative metal chaperone YciC |
? | USA300TCH1516_ALE | = 761280 | 98 (1.080) | coding (458/927 nt) | yciC_2 | Putative metal chaperone YciC |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GCCGATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGATT > USA300TCH1516_ALE/761191‑761368 | gCCGATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTg > 1:1386628‑M2/1‑90 (MQ=255) gATTATTTATGGAGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaa < 1:3185280‑M2/91‑5 (MQ=255) attattTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaac > 1:1605470‑M2/1‑86 (MQ=255) ttatttatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaact < 1:2257974‑M2/91‑7 (MQ=255) atttatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGCAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTaa > 1:3127907/1‑91 (MQ=255) tttatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAg < 1:3078841/91‑1 (MQ=255) ttatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGt < 1:705087/91‑1 (MQ=255) tatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTg < 1:2035861/91‑1 (MQ=255) tatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTg < 1:2035795/91‑1 (MQ=255) atGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGa > 1:131224/1‑91 (MQ=255) atGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGa < 1:1476888/91‑1 (MQ=255) tGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGAc > 1:3528306/1‑91 (MQ=255) tGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGAc < 1:1570255/91‑1 (MQ=255) gtgtATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACAt < 1:2267710/91‑1 (MQ=255) gtgtATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACAt < 1:738648/91‑1 (MQ=255) tgtATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATg < 1:2424339/91‑1 (MQ=255) ttAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGatta > 1:661626/1‑91 (MQ=255) tAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGattat < 1:4049746/91‑1 (MQ=255) aGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGattatt < 1:2269746/91‑1 (MQ=255) aTGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGTCATGattattat < 1:3201821/91‑1 (MQ=255) gCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGAttattatta > 1:1581771/1‑91 (MQ=255) gCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCCCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGAttattatta > 1:4149930/1‑91 (MQ=255) cGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaa > 1:2094883/1‑91 (MQ=255) gACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaat < 1:2400472/91‑1 (MQ=255) gACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaat > 1:3192309/1‑91 (MQ=255) gACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaat < 1:2138098/91‑1 (MQ=255) aCTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaata > 1:950858/1‑91 (MQ=255) aCTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaata < 1:386568/91‑1 (MQ=255) aCTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaata > 1:105701/1‑91 (MQ=255) cGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATaaaa > 1:3011686/1‑91 (MQ=255) ttttAGAGCGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGa < 1:2083697/91‑1 (MQ=255) ttttAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGa < 1:1287115/91‑1 (MQ=255) tttAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGGAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGAt < 1:3924758/91‑1 (MQ=255) aGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCtt > 1:2201081/1‑91 (MQ=255) aaCGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTtat < 1:3040356/91‑1 (MQ=255) aaCGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTtat > 1:176665/1‑91 (MQ=255) aaCGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTtat < 1:3040115/91‑1 (MQ=255) aCGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTtata > 1:2839587/1‑91 (MQ=255) tcatcaATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACt < 1:2400945/91‑1 (MQ=255) atcaATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGCAGAACAGTTGAACCTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtga > 1:3305322/1‑91 (MQ=255) caATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaactgtattttcggtatattgatgacgttctaaaaatcgagtcgcatc < 1:892859‑M2/91‑51 (MQ=255) caATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtgatg > 1:2799732/1‑91 (MQ=255) aaTATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtgatga < 1:1291698/91‑1 (MQ=255) aaTATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtgatga < 1:3924231/91‑1 (MQ=255) aaTATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtgatga < 1:348262/91‑1 (MQ=255) tataCCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACa < 1:195964/91‑1 (MQ=255) tataCCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACa < 1:434310/91‑1 (MQ=255) taCCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATACAATTGATCTTATAACTGATGACAGt > 1:3872768/1‑91 (MQ=255) aCCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGGAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGTTCTTATAACTGATGACAGTc < 1:1897859/91‑1 (MQ=255) aCCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTc < 1:1897944/91‑1 (MQ=255) ccGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCt < 1:1335060/91‑1 (MQ=255) ccGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCt > 1:2203346/1‑91 (MQ=255) ccGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCt > 1:4075278/1‑91 (MQ=255) ccGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCt > 1:751589/1‑91 (MQ=255) ccGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCt > 1:1265761/1‑91 (MQ=255) gAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTg < 1:502405/91‑1 (MQ=255) gAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTg < 1:502394/91‑1 (MQ=255) gAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTg < 1:2396500/91‑1 (MQ=255) gAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTg > 1:1834235/1‑91 (MQ=255) aaaaTACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTga > 1:3146440/1‑91 (MQ=255) aaaTACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTgag < 1:3058439/91‑1 (MQ=255) aaaTACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTgag < 1:3058772/91‑1 (MQ=255) aaaTACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTgag > 1:3692284/1‑91 (MQ=255) aTACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGaa < 1:3844261/91‑1 (MQ=255) aTACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGaa < 1:3517044/91‑1 (MQ=255) tACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGaaa < 1:3996216/91‑1 (MQ=255) tACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGaaa < 1:848078/91‑1 (MQ=255) aCAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaactgtattttcggtatattgatgacgttctaaaaatcgagtcgcatctaatacaccataaat < 1:1813050‑M2/91‑66 (MQ=255) aCAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGaaaa < 1:3393972/91‑1 (MQ=255) aCAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGaaaa < 1:3393955/91‑1 (MQ=255) aGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAAtt > 1:3417786/1‑91 (MQ=255) gTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaactgtattttcggtatattgatgacgttctaaaaatcgagtcgcatctaatacaccataaataat < 1:3419097‑M2/91‑69 (MQ=255) gTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaactgtattttcggtatattgatgacgttctaaaaatcgagtcgcatctaatacaccataaataat < 1:258896‑M2/91‑69 (MQ=255) gTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTg < 1:4104168/91‑1 (MQ=255) tttCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaactgtattttcggtatattgatgacgttctaaaaatcgagtcgcatctaatacaccataaataatc < 1:275820‑M2/91‑70 (MQ=255) tttCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaactgtattttcggtatattgatgacgttctaaaaatcgagtcgcatctaatacaccataaataatc < 1:94310‑M2/91‑70 (MQ=255) tttCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGa < 1:593493/91‑1 (MQ=255) tCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATa < 1:714734/91‑1 (MQ=255) cGCTGATGGAAGATCAGTTgaaactgtattttcggtatattgatgacgttctaaaaatcgagtcgcatctaatacaccataaataatcggc < 1:3178959‑M2/91‑73 (MQ=255) gCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAg > 1:2729231/1‑91 (MQ=255) gCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAg > 1:2285566/1‑91 (MQ=255) tGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCa < 1:2011669/91‑1 (MQ=255) tGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCa < 1:2628140/91‑1 (MQ=255) gATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCaa > 1:119772/1‑91 (MQ=255) tGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAAtt < 1:2861991/91‑1 (MQ=255) tGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAAtt < 1:2451114/91‑1 (MQ=255) tGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAAtt < 1:2455351/91‑1 (MQ=255) tGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAAtt > 1:1049374/1‑91 (MQ=255) tGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAAtt < 1:1606941/91‑1 (MQ=255) ggAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTa < 1:257160/91‑1 (MQ=255) aGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGt < 1:2212064/91‑1 (MQ=255) aGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGt < 1:455106/91‑1 (MQ=255) aGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGt > 1:3096213/1‑91 (MQ=255) gATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTa < 1:3029319/91‑1 (MQ=255) gATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTa > 1:956040/1‑91 (MQ=255) gATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTa > 1:958541/1‑91 (MQ=255) aTCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTAt < 1:1870922/91‑1 (MQ=255) tCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATg < 1:1445508/91‑1 (MQ=255) cAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGa > 1:1255442/1‑91 (MQ=255) gTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGAtt > 1:4138082/1‑91 (MQ=255) | GCCGATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGATT > USA300TCH1516_ALE/761191‑761368 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |