| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1182701 | 194 (0.950) | 14 (0.080) | 4/136 | NT | 7.9% | intergenic (+31/‑102) | USA300HOU_RS05900/yfnB | Antibacterial protein 3/Putative HAD‑hydrolase YfnB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1182728 | 163 (0.940) | intergenic (+58/‑75) | USA300HOU_RS05900/yfnB | Antibacterial protein 3/Putative HAD‑hydrolase YfnB | |||||
AATTAGGCACAAGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1182600‑1182701‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taaaataaactgAGTGCATAACATTAAAGTATGCTCACCCAGTTTATTTTAAAGAATATTAGTTATTATATTAGAATCCAAATAATTTACCTAGTAAACCCA < USA300TCH1516_ALE/1182728‑1182639 AATTAGGCACAAGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTT < 1:2959323/91‑1AATTAGGCACAAGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTT > 1:2588955/1‑91AATTAGGCACAAGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTT < 1:2311175/91‑1 TAGGCACAAGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAA < 2:867218/91‑1 TAGGCACAAGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAA < 2:3005927/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |