New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1182701 | 194 (0.950) | 14 (0.080) | 4/136 | NT | 7.9% | intergenic (+31/‑102) | USA300HOU_RS05900/yfnB | Antibacterial protein 3/Putative HAD‑hydrolase YfnB |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1182728 | 163 (0.940) | intergenic (+58/‑75) | USA300HOU_RS05900/yfnB | Antibacterial protein 3/Putative HAD‑hydrolase YfnB |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
GTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAGATACATAGACAATATAGGAGATGGGGAAATTGGGATATAAAAATA > USA300TCH1516_ALE/1182638‑1182818 | gtgGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACt < 2:1359611/91‑1 (MQ=255) tGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTc > 2:3105539‑M2/1‑90 (MQ=255) tGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTc > 2:3086060‑M2/1‑90 (MQ=255) gggTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTca > 2:2811507‑M2/1‑89 (MQ=255) tttACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcagtt > 1:294179‑M2/1‑86 (MQ=255) tttACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcagtt > 2:2088540‑M2/1‑86 (MQ=255) tttACTAGGTAAATTATGTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcagtt > 1:3388821‑M2/1‑86 (MQ=255) ttACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcagttt > 2:3592134‑M2/1‑85 (MQ=255) ttACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcagttt < 2:342963‑M2/91‑7 (MQ=255) ttACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcagttt > 2:2583962‑M2/1‑85 (MQ=255) tACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcagttta > 1:3715189‑M2/1‑84 (MQ=255) tgtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaaTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGtttat > 1:3569943‑M1/45‑91 (MQ=255) tctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaaTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGtttattt > 2:2618088‑M1/43‑91 (MQ=255) tAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcagtttattt < 2:2993009‑M2/91‑11 (MQ=255) 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aaTTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTg < 1:2821561/91‑1 (MQ=255) ttattTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCGTTAGAATAAACTGGGTGGGCATGCTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCa < 2:1493317/91‑1 (MQ=255) tttGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGaa > 1:2069620/1‑91 (MQ=255) tGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAAt > 1:2506759/1‑91 (MQ=255) tGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAAt > 1:1231404/1‑91 (MQ=255) tGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTGAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTCGCAGAAAt > 2:3444565/1‑91 (MQ=255) gATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAAttt < 1:781986/91‑1 (MQ=255) gATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAAttt > 2:1465478/1‑91 (MQ=255) aTTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTg < 1:3279262/91‑1 (MQ=255) ttCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGa < 2:1120538/91‑1 (MQ=255) ttCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGa < 1:1064144/91‑1 (MQ=255) taatataataACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACGCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGcc < 2:3108213/91‑1 (MQ=255) taatataataACTAATATCCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTAAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTAAGcc > 2:1182305/1‑91 (MQ=255) aatataataACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTACGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCct > 2:3908279/1‑91 (MQ=255) atataataACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCctc > 1:1462898/1‑91 (MQ=255) atataataACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCctc > 1:2213883/1‑91 (MQ=255) atataataACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCctc > 1:2443164/1‑91 (MQ=255) tataataACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCctct > 1:3438543/1‑91 (MQ=255) tataataACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCctct > 1:2288690/1‑91 (MQ=255) taataaCTAATATTCTTTCAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAATATATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCCGt > 2:3290793/1‑91 (MQ=255) taataaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGt > 2:3290856/1‑91 (MQ=255) taataaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGt < 2:2676250/91‑1 (MQ=255) aataaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGtt > 2:945814/1‑91 (MQ=255) aataaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGtt < 1:3134392/91‑1 (MQ=255) aataaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAAGGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGtt < 2:3543676/91‑1 (MQ=255) ataaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTa > 2:3493987/1‑91 (MQ=255) taaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTaa < 2:2761807/91‑1 (MQ=255) taaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTaa < 2:3221069/91‑1 (MQ=255) aaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAg > 1:2886345/1‑91 (MQ=255) cTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGAt > 1:3018846/1‑91 (MQ=255) cTAATATTCTTTAAAATAAACCGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGATAAGAt > 2:3760761/1‑91 (MQ=255) aaTATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGAttt > 2:656783/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |