| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1182701 | 194 (0.950) | 14 (0.080) | 4/136 | NT | 7.9% | intergenic (+31/‑102) | USA300HOU_RS05900/yfnB | Antibacterial protein 3/Putative HAD‑hydrolase YfnB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1182728 | 163 (0.940) | intergenic (+58/‑75) | USA300HOU_RS05900/yfnB | Antibacterial protein 3/Putative HAD‑hydrolase YfnB | |||||
Only 100 of 356 total aligned reads displayed.
AGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAGATACATAGACAATATAGG > USA300TCH1516_ALE/1182611‑1182791 | atatttttatatcccaatttccccatctcctatattgtctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaaTAAAATAAACTg > 1:2778005‑M1/80‑91 (MQ=255)aGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTG < 1:252182‑M1/91‑1 (MQ=255) gTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTgg < 2:3279055/91‑1 (MQ=255) gTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTgg < 2:1284286/91‑1 (MQ=255) aTCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGt > 2:762384/1‑91 (MQ=255) aTCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGt > 1:872808/1‑91 (MQ=255) tCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTg > 1:1110448/1‑91 (MQ=255) tCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTg > 1:649786/1‑91 (MQ=255) tCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTg < 2:2005073/91‑1 (MQ=255) aGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCa > 2:1727194/1‑91 (MQ=255) aGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCa < 2:2977957/91‑1 (MQ=255) gACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCAt < 1:1563580/91‑1 (MQ=255) cATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATAc < 2:495774/91‑1 (MQ=255) cATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATAc < 2:728194/91‑1 (MQ=255) tagcaaCGATGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTACTATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGAATACTTTAAt > 1:1885740/5‑91 (MQ=255) tagcaaCGATGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAAt > 1:1450330/5‑91 (MQ=255) gcaaCGATGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGt > 1:3190353/3‑91 (MQ=255) aaCGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTa < 2:3763965/91‑1 (MQ=255) gtgtGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCa < 1:55260/91‑1 (MQ=255) gtgGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACt < 2:1359611/91‑1 (MQ=255) tGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTc > 2:3105539‑M2/1‑90 (MQ=255) tGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTc > 2:3086060‑M2/1‑90 (MQ=255) gggTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTca > 2:2811507‑M2/1‑89 (MQ=255) ggTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcag < 2:303348‑M2/91‑4 (MQ=255) gTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcagt > 1:3918278‑M2/1‑87 (MQ=255) tttACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGagtgcataacattaaagtatgctcacccagtt < 2:3208116‑M1/91‑33 (MQ=255) tttACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGagtgcataacattaaagtatgctcacccagtt < 1:92426‑M1/91‑33 (MQ=255) tttACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGagtgcataacattaaagtatgctcacccagtt < 2:1732582‑M1/91‑33 (MQ=255) tttACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcagtt > 2:2088540‑M2/1‑86 (MQ=255) tttACTAGGTAAATTATGTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcagtt > 1:3388821‑M2/1‑86 (MQ=255) ttACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcagttt < 2:341998‑M2/91‑7 (MQ=255) ttACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcagttt > 1:1753739‑M2/1‑85 (MQ=255) tACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcagttta < 2:1605888‑M2/91‑8 (MQ=255) tACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcagttta > 1:3715189‑M2/1‑84 (MQ=255) tACTAGGTAAAGTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcagttta > 1:3577204‑M2/1‑84 (MQ=255) aCTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGagtgcataacattaacgtatgctcacccagtttat < 2:3452839‑M1/91‑36 (MQ=255) aCTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGagtgcataacattaaagtatgctcacccagtttat < 1:2513734‑M1/91‑36 (MQ=255) aCTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGagtgcataacattaaagtatgctcacccagtttat < 1:1525041‑M1/91‑36 (MQ=255) tctatgtatctaaatcttaacagaggctcaaatttctgcaaaTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGtttattt > 2:2618178‑M1/43‑91 (MQ=255) tAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTcagtttattt > 1:1463962‑M2/1‑81 (MQ=255) gTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGTGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGtttattttat > 2:1278454/1‑91 (MQ=255) tAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTttattttatt > 2:383159/1‑91 (MQ=255) tAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTttattttatt < 1:1615798/91‑1 (MQ=255) tAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTttattttatt > 2:117738/1‑91 (MQ=255) aaaTTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGagtgcataacattaaagtatgctcacccagtttattttaaag < 2:890980‑M1/91‑43 (MQ=255) ttattTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCa < 2:2596917/91‑1 (MQ=255) tttGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGaa > 1:1731219/1‑91 (MQ=255) tttGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGaa > 1:2069620/1‑91 (MQ=255) tttGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGaa > 2:1516564/1‑91 (MQ=255) tttGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGaa > 2:574722/1‑91 (MQ=255) ttGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGaaa > 1:268203/1‑91 (MQ=255) ggATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAAtt < 1:2000099/91‑1 (MQ=255) aTTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTg < 1:1068132/91‑1 (MQ=255) aTTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTg < 1:3279262/91‑1 (MQ=255) taatataataACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGcc > 1:3658143/1‑91 (MQ=255) tataataACTAATATTCTTTAAAATACACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCctct > 2:2241278/1‑91 (MQ=255) tataataACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCctct < 2:1391556/91‑1 (MQ=255) tataataACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCctct > 1:2288690/1‑91 (MQ=255) tataataACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCctct > 1:30758/1‑91 (MQ=255) tataataACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCctct > 1:3438543/1‑91 (MQ=255) ataataACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTg > 2:2848180/1‑91 (MQ=255) taataaCTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTCTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGt > 2:3290841/1‑91 (MQ=255) 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AACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAGATACATAGACAata < 2:3116326‑M1/91‑1 (MQ=255) AACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAGATACATAGACAata < 1:1828042‑M1/91‑1 (MQ=255) aCTGagtgcataacattaaagtatgctcacccagtttattttaaagaatattagttattatattagaatccaaataatttacctagtaaac > 2:3383147‑M1/1‑4 (MQ=255) aCTGagtgcataacattaaagtatgctcacccagtttattttaaagaatattagttattatattagaatccaaataatttacctagtaaac < 1:1051958‑M1/91‑88 (MQ=255) ACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAGATACATAGACAatat < 1:2181715‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAGATACATAGACAatat < 1:3854564‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAGATACATAGACAatat > 2:2477984‑M1/1‑91 (MQ=255) cTGagtgcataacattaaagtatgctcacccagtttattttaaagaatattagttattatattagaatccaaataatttacctagtaaacc < 1:1716598‑M1/91‑89 (MQ=255) tGagtgcataacattaaagtatgctcacccagtttattttaaagaatattagttattatattagaatccaaataatttacctagtaaaccc < 2:3869700‑M1/91‑90 (MQ=255) tGagtgcataacattaaagtatgctcacccagtttattttaaagaatattagttattatattagaatccaaataatttacctagtaaaccc < 1:120094‑M1/91‑90 (MQ=255) TGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAGATACATAGACAATATAg < 2:101123‑M1/91‑1 (MQ=255) TGGGTGAGCATACTGTAATGTTATGCACTCAGGTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTGAAGATTTAGAGGCATAGACAATATAg > 2:2355226‑M1/1‑91 (MQ=255) gagtgcataacattaaagtatgctcacccagtttattttaaagaatattagttattatattagaatccaaataatttacctagtaaaccca > 1:2332934‑M1/1‑1 (MQ=255) GGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAGATACATAGACAATATAgg < 2:2045547‑M1/91‑1 (MQ=255) | AGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAATTATTTGGATTCTAATATAATAACTAATATTCTTTAAAATAAACTGGGTGAGCATACTTTAATGTTATGCACTCAGTTTATTTTATTTGCAGAAATTTGAGCCTCTGTTAAGATTTAGATACATAGACAATATAGG > USA300TCH1516_ALE/1182611‑1182791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |