| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | USA300TCH1516_ALE | 1217746 = | 145 (0.890) | intergenic (+75/‑362) | USA300HOU_RS06060/USA300HOU_RS06065 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
ATAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTATAGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1217783‑1217678‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacactatagcttttATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACA > USA300TCH1516_ALE/1217746‑1217835 ATAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTA > 1:1581914/1‑91 TAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAA < 2:2082822/91‑1 TAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAA > 2:2793884/1‑91 AAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAA > 1:545847/1‑91 AAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAAC < 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USA300TCH1516_ALE/1217746‑1217835 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |