| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1217678 = | 142 (0.700) | 10 (0.060) | 6/128 | NT | 7.2% | intergenic (+7/‑430) | USA300HOU_RS06060/USA300HOU_RS06065 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1217746 = | 145 (0.890) | intergenic (+75/‑362) | USA300HOU_RS06060/USA300HOU_RS06065 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
ACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACAT > USA300TCH1516_ALE/1217656‑1217836 | aCAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTtta > 2:7292/1‑91 (MQ=255)aCAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTtta > 2:599474/1‑91 (MQ=255) aaGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTttatt > 1:2431483/1‑91 (MQ=255) caaCAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTtattat < 2:3930062/90‑1 (MQ=255) taaattttttatataatAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATtata > 1:553913‑M1/18‑91 (MQ=255) aCAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATtatat > 2:2766079/1‑91 (MQ=255) cAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATtatata > 1:2736770/1‑91 (MQ=255) cAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATtatata > 1:2888957/1‑91 (MQ=255) aaaTTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATaa > 1:2122406/1‑91 (MQ=255) aaaTTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATaa > 1:1638160/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATaaa > 1:2385575/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATaaa < 2:882292/91‑1 (MQ=255) aTTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATaaaa > 2:1958725/1‑91 (MQ=255) tttAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTCAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATaaaaa > 2:2245776/1‑91 (MQ=255) ttaaaaaaCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATaaaaa < 2:2197268/88‑1 (MQ=255) ttAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATaaaaaa < 1:3811676/91‑1 (MQ=255) ttAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTCTATTATATaaaaaa < 2:2170339/91‑1 (MQ=255) tAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAAt > 1:2039156/1‑91 (MQ=255) tAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAAt > 2:2892598/1‑91 (MQ=255) aaaaaCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAAtt > 1:1093446/1‑91 (MQ=255) aaaaaCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAAtt > 2:3569894/1‑91 (MQ=255) aaaaaCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAAtt > 1:2974666/1‑91 (MQ=255) aaaaCAAAAAAGCTATATTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAAttt < 2:1468449/91‑1 (MQ=255) aaaaCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAAttt > 1:1544322/1‑91 (MQ=255) aaaaCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAAttt < 2:1883503/91‑1 (MQ=255) aaaCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATtta > 2:824474/1‑91 (MQ=255) aCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATttatt > 2:1841524/1‑91 (MQ=255) AAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCg > 1:94288‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCg > 1:3734010‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCgg < 2:3626029‑M1/91‑1 (MQ=255) 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aaaTATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTttat < 2:1288026/90‑1 (MQ=255) aaTATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTttatt < 1:3939551/91‑1 (MQ=255) aaTATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTttatt < 2:2823401/91‑1 (MQ=255) aaTATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTttatt < 1:1162391/91‑1 (MQ=255) tCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTaaaa > 1:964164/1‑91 (MQ=255) tCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTaaaa < 1:18031/91‑1 (MQ=255) tCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTaaaa > 2:1528214/1‑91 (MQ=255) aGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGTGGATAATTAACATTATTAAAATc > 2:3024477/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |