| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1217678 = | 142 (0.700) | 10 (0.060) | 6/128 | NT | 7.2% | intergenic (+7/‑430) | USA300HOU_RS06060/USA300HOU_RS06065 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1217746 = | 145 (0.890) | intergenic (+75/‑362) | USA300HOU_RS06060/USA300HOU_RS06065 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
ATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCG > USA300TCH1516_ALE/1217588‑1217768 | tgtgattccagtattagtcctattactcgtattcttaattggttggattttaataaagttaattatccgctaataaattttttatataata < 1:760422‑M1/1‑1 (MQ=255) taAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAACCATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAA > 2:3054301‑M1/1‑91 (MQ=255) taAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAA > 2:675199‑M1/1‑91 (MQ=255) taAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAA > 1:3264686‑M1/1‑91 (MQ=255) taAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAA > 1:3847872‑M1/1‑91 (MQ=255) gtgattccagtattagtcctattactcgtattcttaattggttggattttaataaagttaattatccgctaataaattttttatataataa < 2:1308851‑M1/2‑1 (MQ=255) gtgattccagtattagtcctattactcgtattcttaattggttggattttaataaagttaattatccgctaataaattttttatataataa < 2:3797716‑M1/2‑1 (MQ=255) tgattccagtattagtcctattactcgtattcttaattggttggattttaataaagttaattatccgctaataaattttttatataataaa > 2:583448‑M1/89‑91 (MQ=255) aaaaaaTAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACTAATTTAATAACAAAAA > 2:3035852‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaaaTAAAACAACTATAGATCAGAATTATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAA < 1:1304979‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAA > 1:2624821‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAA > 1:2610074‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAA > 2:3541801‑M1/1‑91 (MQ=255) attccagtattagtcctattactcgtattcttaattggttggattttaataaagttaattatccgctaataaattttttatataatAAAAg > 2:3603083‑M1/87‑91 (MQ=255) 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aTAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTA < 1:3880834‑M1/91‑1 (MQ=255) aTAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTA > 1:1909491‑M1/1‑91 (MQ=255) cagtattagtcctattactcgtattcttaattggttggattttaataaagttaattatccgctaataaattttttatataatAAAAGCtat < 2:921898‑M1/9‑1 (MQ=255) cagtattagtcctattactcgtattcttaattggttggattttaataaagttaattatccgctaataaattttttatataatAAAAGCtat > 2:1978430‑M1/83‑91 (MQ=255) agtattagtcctattactcgtattcttaattggttggattttaataaagttaattatccgctaataaattttttatataatAAAAGCtata > 1:3047205‑M1/82‑91 (MQ=255) agtattagtcctattactcgtattcttaattggttggattttaataaagttaattatccgctaataaattttttatataatAAAAGCtata < 2:2409758‑M1/10‑1 (MQ=255) gtattagtcatattactcgtattcttaattggttggattttaataaagttaattatccgctaataaattttttatataatAAACGCTATAg < 1:1977045‑M1/11‑1 (MQ=255) aacaacTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGT > 2:2026362‑M1/1‑91 (MQ=255) 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agtcctattactcgtattcttaattggttggattttaataaagttaattatccgctaataaattttttatataatAAAAGCTATAGTGttt < 1:2948617‑M1/16‑1 (MQ=255) acTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTT < 1:2649155‑M1/91‑1 (MQ=255) acTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTT < 1:3098564‑M1/91‑1 (MQ=255) gATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATc > 2:342916/1‑91 (MQ=255) gATCAGAATGATGATGTATTTAAACATGGAAAGGATATATTACGTAAAGAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATc < 2:246125/91‑1 (MQ=255) tCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAg > 2:2939962/1‑91 (MQ=255) aTAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGCACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAggg > 1:679011/1‑91 (MQ=255) aTAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAggg < 1:3764550/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |