| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1225501 | 222 (1.090) | 12 (0.070) | 8/142 | NT | 5.5% | intergenic (+93/‑413) | priA/USA300HOU_RS06095 | Primosomal protein N'/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1225529 | 215 (1.190) | intergenic (+121/‑385) | priA/USA300HOU_RS06095 | Primosomal protein N'/hypothetical protein | |||||
ATGTAACATTACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1225403‑1225501‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cagaatataAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTATATTCTGCCCTTTTTCTGTACTTAAAGTAAATATTCAAACACTGGTTCAAATACTCGTAC < USA300TCH1516_ALE/1225529‑1225440 ATGTAACATTACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGC > 2:132005/1‑91ATGTAACATTACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGC < 1:2935058/91‑1 TGTAACATTACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCA > 2:1971031/1‑91 TGTAACATTACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCA > 1:1504055/1‑91 GTAACATTACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTTTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAG < 2:7820/91‑1 GTAACATTACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTTTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAG < 2:8135/91‑1 GTAACATTACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTCACTATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAG > 1:3165464/1‑91 TAACATTACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGA < 2:3125170/91‑1 TAACATTACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGA < 2:3125203/91‑1 TAACATTACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTAGTTGAACCAGTGTTTGACTATTTACTTTAAGTACCGAAAAAGGGCAGA > 2:279987/1‑91 AACATTACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAA < 1:2045280/91‑1 ACATTACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAAT > 2:3902706/1‑91 ACATTACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAAT > 2:2079408/1‑91 CATTACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATA < 2:2396539/91‑1 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TACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGATTATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATAAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTA < 2:3422575/91‑1 TACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATAAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTA < 2:2014586/91‑1 TATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGACAGAATATAAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTATATTCT < 2:3206858/91‑1 TTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGACAGAATATAAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTATATTCTGC < 1:2615335/91‑1 TTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGACAGAATATAAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTATATTCTGC < 1:2615052/91‑1 TTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGACAGAATATAAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTATATTCTGC < 1:2614900/91‑1 TGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATAAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTATATTCTGCCC < 1:3088378/91‑1 AACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGACAGAATATAAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTATATTCTGCCCTT < 1:463035/91‑1 AACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGACAGAATATAAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTATATTCTGCCCTT < 1:462987/91‑1 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attTAAACTGCTAATTTAAATAGTTAATAGTTGTATATTCTGCCCTTTTTCTGTACTTAAAGTAAATGTTCAAACACTGGTTCAAATACTC < 2:2642579/88‑1 ATATAAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTATATTCTGCCCTTTTTCTGTACTTAAAGTAAATATTCAAACACTGGTTCAAATACTC > 1:1542554/1‑91 ATATAAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTATATTCTGCCCTTTTTCTGTACTTAAAGTAAATATTCAAACACTGGTTCAAATACTC > 1:1018277/1‑91 TATAAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTATATTCTGCCCTTTTTCTGTACTTAAAGTAAATATTCAAACACTGGTTCAAATACTCG < 1:3774961/91‑1 ATAAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTATATTCTGCCCTTTTTCTGTACTTAAAGTAAATATTCAAACACTGGTTCAAATACTCGT < 1:670771/91‑1 TAAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTATATTCTGCCCTTTTTTTTTACTTAAAGTAAATATTCAGACACTGGTTCAAATAATCGTA > 2:3085299/1‑91 TAAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTATATTCTGCCCTTTTTTTTTACTTAAAGTAAATATTCAAACACTGCTTCAAATACTCGTA > 2:3688570/1‑91 TAAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTATATTCTGCCCTTTTTCTGTACTTAAAGTAAATATTCAAACACTGGTTCAAATACTCGTA < 2:2749648/91‑1 TAAACTGCTAATTTAAATAGTTAACAGTTGTATATTCTGCCCTTTTTCTGTACTTAAAGTAAATATTCAAACACTGGTTCAAATACTCGTA < 1:1303599/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |