| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1225501 | 222 (1.090) | 12 (0.070) | 8/142 | NT | 5.5% | intergenic (+93/‑413) | priA/USA300HOU_RS06095 | Primosomal protein N'/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1225529 | 215 (1.190) | intergenic (+121/‑385) | priA/USA300HOU_RS06095 | Primosomal protein N'/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
TTACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTTATATGGCTTTATAACTTACGTGATTTTGGTTTGATAAGGAATTTAT > USA300TCH1516_ALE/1225411‑1225591 | ttACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAAGATA > 1:3062043‑M1/1‑91 (MQ=255) tAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAAc > 1:2890446/1‑91 (MQ=255) aaTTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACt < 1:1408600/91‑1 (MQ=255) attattAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTg > 2:83350/1‑91 (MQ=255) attattAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTg > 1:3239641/1‑91 (MQ=255) ttattaGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGt < 1:3031209/91‑1 (MQ=255) ttattaGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGt < 1:2437006/91‑1 (MQ=255) tattaGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAACAAGGGCAGAATATACAACTGtt > 2:3183842/1‑91 (MQ=255) tattaGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGtt < 1:2999532/91‑1 (MQ=255) attaGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTa < 2:2201117/91‑1 (MQ=255) taGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGACAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAAc < 2:2242012/91‑1 (MQ=255) caGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAATGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAAc < 2:3916549/90‑1 (MQ=255) aGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACt > 1:3093080/1‑91 (MQ=255) gAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTa > 1:954024/1‑91 (MQ=255) 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tGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAATAAAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGtt < 2:939127/91‑1 (MQ=255) tACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGATTATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATAaactgctaatttaaatagttaacagttgta < 2:3422575‑M1/91‑31 (MQ=255) tACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAGGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTta < 1:1365080‑M2/91‑3 (MQ=255) gAGTATTTGAACCAGTGTTTGAACATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTATTAACTATTTAAATTAGCAGTTtaaat < 2:2642579‑M2/91‑6 (MQ=255) aGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTtatatt < 1:2669546‑M2/91‑7 (MQ=255) aGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTtatatt > 2:1329015‑M2/1‑85 (MQ=255) gTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTtatattc < 2:761907‑M2/91‑8 (MQ=255) gTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTtatattc > 1:3568518‑M2/1‑84 (MQ=255) aTTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTtatattctg > 2:1170718‑M2/1‑82 (MQ=255) tttGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGt > 1:12586/1‑91 (MQ=255) tttGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGt > 1:3770167/1‑91 (MQ=255) tttGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGACAGAATATAaactgctaatttaaatagttaacagttgtatattctgc < 1:2615335‑M1/91‑39 (MQ=255) ttGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTc < 1:1545128/91‑1 (MQ=255) ttGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTc > 2:2004817/1‑91 (MQ=255) ttGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTc < 1:1091399/91‑1 (MQ=255) ttGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTc > 1:48957/1‑91 (MQ=255) 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gtgtTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTtata > 1:2027607/1‑91 (MQ=255) gtTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTTATATg < 2:3453942/91‑1 (MQ=255) tttGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTTATATgg > 1:3800605/1‑91 (MQ=255) tttGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTTATATgg > 1:2784204/1‑91 (MQ=255) tGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTTATATGGCt > 2:3832916/1‑91 (MQ=255) gAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTTATATGGCtt < 2:2089371/91‑1 (MQ=255) aaTATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTTATATGGCttt < 2:2025677/91‑1 (MQ=255) tatTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTTATATGGCTTtat < 2:615687/91‑1 (MQ=255) 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taCAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTTATATGGCTTTATAACTTACGTGATTTTGGTTTGATAAGGAATtta > 1:1710980/1‑91 (MQ=255) aaactgctaatttaaatagttaacagttgtatattctgccctttttctgtacttaaagtaaatattcaaacactggttcaaatactcgtac < 1:1320439‑M1/91‑91 (MQ=255) aaactgctaatttaaatagttaacagttgtatattctgccctttttctgtacttaaagtaaatattcaaacactggttcaaatactcgtac < 1:2194522‑M1/91‑91 (MQ=255) aCAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTtatattctgccctttttcggtacttaaagtaaatattcaaacactggttcaaatactcgtac < 1:3946477‑M2/91‑63 (MQ=255) aCAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTTATATGGCTTTATAACTTACGTGATTTTGGTTTGATAAGGAATttat > 1:3415888/1‑91 (MQ=255) aCAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTTATATGGCTTTATAACTTACGTGATTTTGGTTTGATAAGGAATttat > 2:1268990/1‑91 (MQ=255) | TTACTAATTATTAGAAACAAGTTCAGTATGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTTATATGGCTTTATAACTTACGTGATTTTGGTTTGATAAGGAATTTAT > USA300TCH1516_ALE/1225411‑1225591 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |