| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1225501 | 222 (1.090) | 12 (0.070) | 8/142 | NT | 5.5% | intergenic (+93/‑413) | priA/USA300HOU_RS06095 | Primosomal protein N'/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1225529 | 215 (1.190) | intergenic (+121/‑385) | priA/USA300HOU_RS06095 | Primosomal protein N'/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
TGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTTATATGGCTTTATAACTTACGTGATTTTGGTTTGATAAGGAATTTATTAGTATTTTCATTTACGAATTCTGATTT > USA300TCH1516_ALE/1225439‑1225619 | tGTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAATAAAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGtt < 2:939127/91‑1 (MQ=255) gTACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTt < 1:1320439‑M2/91‑2 (MQ=255) tACGATTATTTGAACCAGTGTCTGAATATTTACTTTAAGTAAAAAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTta > 2:3085299‑M2/1‑89 (MQ=255) tACGAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTta < 2:2749648‑M2/91‑3 (MQ=255) gAGTATTTGAACCAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTtatat > 1:1018277‑M2/1‑86 (MQ=255) gAGTATTTGAACCAGTGTTTGAACATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTATTAACTATTTAAATTAGCAGTTtaaat < 2:2642579‑M2/91‑6 (MQ=255) 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ccAGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCttttt < 2:1607696/91‑1 (MQ=255) aGTGTTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTtat < 1:937273/91‑1 (MQ=255) gtgtTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTtata > 1:975001/1‑91 (MQ=255) gtgtTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTtata > 1:2027607/1‑91 (MQ=255) tgtTTGAATATTTACTTTAAATACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTTatat < 2:1380770/91‑1 (MQ=255) gtTTTAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTTATATg < 2:2907274/91‑1 (MQ=255) gtTTGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTTATATg < 2:3453942/91‑1 (MQ=255) tttGAATATTTACTTTAAGTACAGAAAAAGGGCAGAATATACAACTGTTAACTATTTAAATTAGCAGTTTATATTCTGTCTTTTTATATgg > 1:3800605/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |