| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1227656 | 179 (0.880) | 12 (0.060) | 8/148 | NT | 6.4% | coding (125/489 nt) | def1 | Peptide deformylase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1227672 | 183 (0.970) | coding (141/489 nt) | def1 | Peptide deformylase 1 | |||||
GCATCCTATTTTAACGAAAAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1227561‑1227656‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgcacaTAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCTTGCGC < USA300TCH1516_ALE/1227672‑1227583 GCATCCTATTTTAACGAAAAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTAT > 1:436170/1‑91GCATCCTATTTTAACGAAAAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATAAATAAATAAAAAGATTATTACAAGATATAGAAGATACAATGTAT < 2:308566/91‑1 CATCCTATTTTAACGAAAAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATG < 2:3056099/91‑1 CATCCTATTTTAACGAAAAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATG > 2:1916873/1‑91 CATCCTATTTTAACGAAAAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATG < 2:1152609/91‑1 CATCCTATTTTAACGAAAAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATG > 1:900066/1‑91 CATCCTATTTTAACGAAAAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATG < 1:2956347/91‑1 CATCCTATTTTAACGAAAAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATG < 1:380626/91‑1 CATCATAATATAAAGAAAAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATG < 2:3056011/91‑1 ATCCTATTTTAACGAAAAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGC > 1:13411/1‑91 ATCCTATTTTAACGAAAAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGC > 2:3000758/1‑91 ATCCTATTTTAACGAAAAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGC < 2:1059634/91‑1 ATCCTATTTTAACGAAAAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGC > 1:799845/1‑91 TCCTATTTTAACGAAAAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCA < 2:3655957/91‑1 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AAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGACTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACATAAGCCAGCAGCT < 1:2759060/91‑1 AAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGACTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACATAAGCCAGCAGCT < 1:1905088/91‑1 AAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACATAAGCCAGCAGCTT < 1:223143/91‑1 GCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACATAAGCCAGCAGCTTCTTGT < 2:2555623/91‑1 CAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACATAAGCCAGCAGCTTCTTGTG < 1:728344/91‑1 CAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACATAAGCCAGCAGCTTCTTGTG < 1:728333/91‑1 CAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACATAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATA < 1:3840139/91‑1 AGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACATAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATAC < 2:2363216/91‑1 TGCACATAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCT < 1:3472212/91‑1 TGCACATAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCT > 2:1805721/1‑91 GCACATAAGCCGGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCTT > 2:125523/1‑91 GCACATAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAGTGTTTTAACTGCTT < 2:3354726/91‑1 GCACATAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCTT > 1:3745899/1‑91 CACATAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCTTG > 2:2282707/1‑91 CACATAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCTTG > 1:2206435/1‑91 CACATAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCTTG > 1:3849189/1‑91 CACATAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCTTG > 1:3849036/1‑91 ACATAAGTCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCTTGC < 2:563350/91‑1 ACATAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCTTGC > 1:722140/1‑91 ACATAAGCCAGCAACTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCTTGC < 2:287989/91‑1 CATAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCTTGCG < 2:1813789/91‑1 CATAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCTTGCG > 2:1027391/1‑91 CATAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCTTGCG < 1:3427461/91‑1 CATAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCTTGCG < 1:2068419/91‑1 ATAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCTTGCGC > 1:2670627/1‑91 ATAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCTTGCGC < 1:11621/91‑1 GCATCCTATTTTAACGAAAAAAGCGCAAGCAGTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1227561‑1227656‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgcacaTAAGCCAGCAGCTTCTTGTGCATACATTGTATCTTCTAAATCTTGTAATAATCTTTTTAACGAATCATCAAATGTTTTAACTGCTTGCGC < USA300TCH1516_ALE/1227672‑1227583 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |