| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1279942 | 194 (0.950) | 16 (0.090) | 10/146 | NT | 8.0% | intergenic (+35/‑227) | cdsA/USA300HOU_RS06360 | Phosphatidate cytidylyltransferase/Putative zinc metalloprotease |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1279967 | 193 (1.040) | intergenic (+60/‑202) | cdsA/USA300HOU_RS06360 | Phosphatidate cytidylyltransferase/Putative zinc metalloprotease | |||||
ACCGATTTGACAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1279846‑1279942‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aggagtt‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTTAATAA < USA300TCH1516_ALE/1279967‑1279878 ACCGATTTGACAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTTAAGA < 2:3285676/91‑1ACCGATTTGACAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGA > 1:371303/1‑91 CGATTTGACAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGG < 2:730304/91‑1 CGATTTGACAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGG < 2:696916/91‑1 CGATTTGACAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGG > 1:3891904/1‑91 CGATTTGACAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGG < 2:3589832/91‑1 GATTTGACAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGA > 1:622121/1‑91 ATTTGACAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAG > 1:1271546/1‑91 ATTTGACAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAG > 1:2518135/1‑91 ATTTGACAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAG < 1:2840332/91‑1 TTTGACAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGT > 1:2116442/1‑91 TTGACAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTT > 1:3439109/1‑91 GTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATTCATTAAAT < 1:2879392/91‑1 GTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATTCATTAAATTA < 1:1038319/91‑1 GTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTAT < 1:964292/91‑1 TACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAGCAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCT < 1:3946698/91‑1 TACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCT < 2:651283/91‑1 TACCAGTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTT‑CTGGGATTCATTAAATTATCT < 1:1739627/91‑1 CATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAG < 2:3376859/91‑1 CATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAG < 1:2895167/91‑1 CATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAG < 2:2999752/91‑1 CATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAG < 2:2997698/91‑1 CATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAG < 2:29817/91‑1 ATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGC < 1:3642385/91‑1 TAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTC < 2:768179/91‑1 AAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAAAGGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCC < 1:3801309/91‑1 ATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGT < 1:662181/91‑1 GAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATT < 1:3734251/91‑1 GGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATACAATATTT > 2:3873150/1‑91 GGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTT < 2:1448862/91‑1 GGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTT > 1:1532533/1‑91 GGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTT > 1:1533129/1‑91 GGAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTT < 2:3741342/91‑1 GAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTTA < 1:1383251/91‑1 GAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTTA > 1:422028/1‑91 GAGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTTA < 1:3573070/91‑1 AGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTTAA < 2:1018548/91‑1 AGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTTAA > 1:3130071/1‑91 AGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTTAA < 1:37989/91‑1 AGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTTAA < 1:722412/91‑1 AGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTTAA < 2:1616666/91‑1 AGTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTTAA < 2:1573436/91‑1 GTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTTAAT < 2:3089750/91‑1 GTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTTAAT > 2:2169787/1‑91 GTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTTAAT > 2:2169677/1‑91 GTT‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAAGATTTAAT > 2:3512519/1‑91 T‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTTAATAA < 1:119184/91‑1 T‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTTAATAA > 2:1084746/1‑91 ACCGATTTGACAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1279846‑1279942‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aggagtt‑CTGAGATTCATTAAATTATCTCAGCAACTCCTCTTTACGTTTATTGATTTGTTCTCAGCATTAAGATTGTATTAATAAAATATTTAATAA < USA300TCH1516_ALE/1279967‑1279878 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |