| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1279942 | 194 (0.950) | 16 (0.090) | 10/146 | NT | 8.0% | intergenic (+35/‑227) | cdsA/USA300HOU_RS06360 | Phosphatidate cytidylyltransferase/Putative zinc metalloprotease |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1279967 | 193 (1.040) | intergenic (+60/‑202) | cdsA/USA300HOU_RS06360 | Phosphatidate cytidylyltransferase/Putative zinc metalloprotease | |||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
TTGACAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAA > USA300TCH1516_ALE/1279852‑1280032 | aCAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACACCTCAATAAACATAAAGATGAGTTGCt > 2:3428993/1‑91 (MQ=255) aCAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCt > 1:3435790/1‑91 (MQ=255) aCAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCt < 1:3882748/91‑1 (MQ=255) aCAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTGATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCt < 2:3119990/91‑1 (MQ=255) cTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTgaga < 1:3533372/91‑1 (MQ=255) ttATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATa < 2:2026484/91‑1 (MQ=255) tATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATaa > 2:2686497/1‑91 (MQ=255) aTGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAAt > 1:246949/1‑91 (MQ=255) aTGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAAt < 1:2196889/91‑1 (MQ=255) tGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAAtt > 2:1884885/1‑91 (MQ=255) tttGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTa > 1:2100149/1‑91 (MQ=255) ttGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTaa < 2:1303344/91‑1 (MQ=255) tgtgTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAAt > 2:1697468/1‑91 (MQ=255) tgtgTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAAt > 1:2726374/1‑91 (MQ=255) tgtgTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAAt > 1:1848904/1‑91 (MQ=255) tgtgTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAAt > 2:3618452/1‑91 (MQ=255) tgtTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGa < 2:2595682/91‑1 (MQ=255) gtTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTctgagattcattaaattat < 1:964292‑M1/91‑20 (MQ=255) tACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAGCAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTctgagattcattaaattatct < 1:3946698‑M1/91‑22 (MQ=255) tACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAAtc < 1:888998/91‑1 (MQ=255) tACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAAtc > 1:1100233/1‑91 (MQ=255) tACCAGTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTctgggattcattaaattatct < 1:1739627‑M1/91‑22 (MQ=255) ccATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAAtctc > 2:175290/1‑91 (MQ=255) cATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTctgagattcattaaattatctcag < 2:2999752‑M1/91‑25 (MQ=255) cATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTctgagattcattaaattatctcag < 1:2895167‑M1/91‑25 (MQ=255) cATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCa < 1:674838/91‑1 (MQ=255) attattAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAg < 1:1071948/91‑1 (MQ=255) attattAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAg < 2:777525/91‑1 (MQ=255) ttattaAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGa < 1:119184‑M2/91‑2 (MQ=255) attaAATCTTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGaac > 2:3512519‑M2/1‑88 (MQ=255) ttaAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGaact < 1:722412‑M2/91‑5 (MQ=255) ttaAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGaact < 2:1573436‑M2/91‑5 (MQ=255) taAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTctgagattcattaaattatctcagcaactc < 2:768179‑M1/91‑31 (MQ=255) taAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGaactc < 1:1383251‑M2/91‑6 (MQ=255) taAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGaactc > 1:422028‑M2/1‑86 (MQ=255) aaaTATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGaactcc > 1:1532533‑M2/1‑85 (MQ=255) aaaTATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGaactcc > 1:1533129‑M2/1‑85 (MQ=255) atatTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCtt > 2:3943414/1‑91 (MQ=255) atatTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCtt > 1:2116953/1‑91 (MQ=255) atatTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCtt > 2:1433650/1‑91 (MQ=255) ttttATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTg < 1:1507870/91‑1 (MQ=255) ttattaATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGaa > 2:1804835/1‑91 (MQ=255) ttattaATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGaa > 1:3724945/1‑91 (MQ=255) tattaATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGaaa > 2:3791364/1‑91 (MQ=255) tattaATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGaaa < 1:3584545/91‑1 (MQ=255) attaATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGaaaa > 2:739473/1‑91 (MQ=255) aaTACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATta > 2:2084791/1‑91 (MQ=255) tACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATtata > 1:277740/1‑91 (MQ=255) tACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATtata > 2:483392/1‑91 (MQ=255) aCAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATAc > 1:1005957/1‑91 (MQ=255) aCAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATAc > 1:2866247/1‑91 (MQ=255) aTCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCa > 2:1216817/1‑91 (MQ=255) ttAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAata < 2:2551958/91‑1 (MQ=255) ttAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAata > 2:3847156/1‑91 (MQ=255) ttAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAata > 1:2064032/1‑91 (MQ=255) tAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAatat > 2:1863773/1‑91 (MQ=255) aTGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTa > 2:1082013/1‑91 (MQ=255) aTGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTa > 1:1649134/1‑91 (MQ=255) aTGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTa < 2:3702122/91‑1 (MQ=255) gCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAAc > 2:2282513/1‑91 (MQ=255) cggagaACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACt < 2:627042/89‑1 (MQ=255) cTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACt < 2:1923264/91‑1 (MQ=255) cTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACt < 2:2122574/91‑1 (MQ=255) agaACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTg > 1:1609565/1‑91 (MQ=255) agaACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTg > 2:1451499/1‑91 (MQ=255) aaCAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaa > 2:2707764/1‑91 (MQ=255) aaCAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaa > 1:2305994/1‑91 (MQ=255) aCAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaaa > 2:324972/1‑91 (MQ=255) aaTCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAtt > 1:3264273/1‑91 (MQ=255) aaTCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAtt > 1:274157/1‑91 (MQ=255) tCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATtat > 2:920091/1‑91 (MQ=255) tAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGc < 2:915177/91‑1 (MQ=255) aaCGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCaa > 2:1584663/1‑91 (MQ=255) aCGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAat < 1:2406478/91‑1 (MQ=255) cGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAata > 2:1550001/1‑91 (MQ=255) aaaGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTa > 1:792804/1‑91 (MQ=255) aaGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTaa < 2:2205230/91‑1 (MQ=255) aaGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTaa < 2:2830604/91‑1 (MQ=255) agagGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAAc < 1:3333579/91‑1 (MQ=255) agagGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAAc < 2:1494631/91‑1 (MQ=255) gaggagTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACt < 1:820300/91‑1 (MQ=255) ggagTTctgagattcattaaattatctcagcaactcctctttacgtttattgatttgttctcagcattaagattgtattaataaaatattt < 2:3741342‑M1/91‑86 (MQ=255) ggagTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGaactcctttttacgtttattgatttgttctcagcattaagattgtattaataaaatattt < 1:3801309‑M2/91‑61 (MQ=255) ggagTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACttt > 2:2906682/1‑91 (MQ=255) ggagTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACttt > 1:539404/1‑91 (MQ=255) ggagTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACttt > 1:1712595/1‑91 (MQ=255) gagTTctgagattcattaaattatctcagcaactcctctttacgtttattgatttgttctcagcattaagattgtattaataaaatattta < 1:3573070‑M1/91‑87 (MQ=255) gagTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTg > 2:2781759/1‑91 (MQ=255) agTTctgagattcattaaattatctcagcaactcctctttacgtttattgatttgttctcagcattaagattgtattaataaaatatttaa < 2:1018548‑M1/91‑88 (MQ=255) agTTctgagattcattaaattatctcagcaactcctctttacgtttattgatttgttctcagcattaagattgtattaataaaatatttaa < 2:1616666‑M1/91‑88 (MQ=255) agTTctgagattcattaaattatctcagcaactcctctttacgtttattgatttgttctcagcattaagattgtattaataaaatatttaa < 1:37989‑M1/91‑88 (MQ=255) agTTctgagattcattaaattatctcagcaactcctctttacgtttattgatttgttctcagcattaagattgtattaataaaatatttaa > 1:3130071‑M1/1‑4 (MQ=255) agTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGa > 1:1843402/1‑91 (MQ=255) agTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGa > 2:2412182/1‑91 (MQ=255) agTGGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGa < 2:596076/91‑1 (MQ=255) gTTctgagattcattaaattatctcagcaactcctctttacgtttattgatttgttctcagcattaagattgtattaataaaatatttaat < 2:3089750‑M1/91‑89 (MQ=255) gTTctgagattcattaaattatctcagcaactcctctttacgtttattgatttgttctcagcattaagattgtattaataaaatatttaat > 2:2169677‑M1/1‑3 (MQ=255) gTTctgagattcattaaattatctcagcaactcctctttacgtttattgatttgttctcagcattaagattgtattaataaaatatttaat > 2:2169787‑M1/1‑3 (MQ=255) ttGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGACAATTATACGCAATATTAACTTTGaca > 2:1101606/1‑89 (MQ=255) ttGCTGAGATAATTGAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaaa < 2:1371986/91‑1 (MQ=255) | TTGACAGCTTTATGTTTGTGTTACCATTATTAAATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAA > USA300TCH1516_ALE/1279852‑1280032 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |