| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1292484 = | 149 (0.730) | 13 (0.080) | 6/128 | NT | 9.3% | intergenic (+38/‑348) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1292539 = | 134 (0.820) | intergenic (+93/‑293) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A | |||||
TAACTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1292589‑1292484‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttatagggagcatatTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAAAGTTACGTTATATGGACATGATTTTGTATAAAATTTTGTGGTGG > USA300TCH1516_ALE/1292539‑1292628 TAACTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATAT < 2:3900530/91‑1 AACTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAGGTGCAATATT < 2:3043233/91‑1 AACTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATT < 2:776031/91‑1 AACTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATT < 1:2319914/91‑1 AACTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATT < 1:1362744/91‑1 AACTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATT < 1:1486169/91‑1 AACTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATT < 1:2319749/91‑1 AACTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATT < 2:152336/91‑1 AACTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATT < 2:2128370/91‑1 AACTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCGATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATT < 1:466606/91‑1 CTTTTAATAGGTACTCTATTCTAATAAAAAACC‑AAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTAT > 2:1165978/1‑91 CTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTA < 1:3765915/91‑1 CTTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTA < 1:3765930/91‑1 TTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTAT < 2:908730/91‑1 TTTTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTAT > 1:3922320/1‑91 TTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAG < 2:889329/91‑1 TTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAG > 2:308126/1‑91 TTAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAG > 1:1709181/1‑91 TAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACCCTTAAAAAGTGCAATATTCATAGG > 2:598384/1‑91 TAATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGG > 2:3157658/1‑91 ATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAACAGCTAGCATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAACAAGTGCCATATTTATAGGGA > 2:1478523/1‑91 ATAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGA < 1:1195422/91‑1 TAGGTAATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAG < 1:1550632/91‑1 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AATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATAT < 1:298615/91‑1 AATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATAT < 2:3408899/91‑1 AATCTATTCTAATAAAAAACCAAAAGCTAGTATCAAATATGCTCCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATAT < 2:3408900/91‑1 CCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATT > 1:583816/1‑91 CCCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATT > 2:731433/1‑91 CCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGATTATATTACCTATTA > 2:1898254/1‑91 CCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTA > 1:2689986/1‑91 CCTATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATATATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTCTTAGAATAGCTTCCCTATTA > 2:900608/1‑91 TATAAAGTAGACACTTAAAAAGTGCAATATTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATTACCTATTAAA > 2:2384392/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |